Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 843,196 | T→G | 13.8% | F289V (TTT→GTT) | rlmF → | 23S rRNA m(6)A1618 methyltransferase, SAM‑dependent |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 843,196 | 0 | T | G | 13.8% | 1407.3 / 72.9 | 545 | F289V (TTT→GTT) | rlmF | 23S rRNA m(6)A1618 methyltransferase, SAM‑dependent |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (139/319); new base G (85/2); total (224/321) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.76e-35 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 557 total aligned reads displayed.
GAGCAAAGGCTTCGCGAAGCAGGTGATGTGGTTTACATCACTGGTATCTCGTGGTGAAAACTTACCGCCGTTGTATCGTGCCCTGACGGACGTGGGCGCGGTGAAGGTGGTTAAAAAAGAGATGGCCCAGGGGCAAAAGCAGAGTCGCTTTATTGCCTGGACCTTTATGAACGACGAGCAGCGCCGCCGTTTTGTCAATCGCCAGCGTTAAAGCGTTGGTTCCCCCGGCGGTAACGGTTCAGCCGGGGTCGCGCCCGGAGCAGGCAGCACCTGATAAGTCTGCACTGGCGCGCGAACG > NC_000913/843048‑843345 | agCAACGGCTTCGCGAAGCAGGTGATGTGGTTTACATCACTGGTATCTCGTGGTGAAAACTTACCGCCGTTGTATCGTGCCCTGACGGACGTGGGCGCGGTGAAGGTGGTTAAAAAAGAGATGGCCCAGGGGCAAAAGCAGAGTCGCttt < 2:11603698/150‑1 (MQ=255) agCAAAGGCTTCGCGAAGCAGGTGATGTGGTTTACATCACTGGTATCTCGTGGTGAAAACTTACCGCCGTTGTATCGTGCCCTGACGGACGTGGGCGCGGTGAAGGTGGTTAAAAAAGAGATGGCCCAGGGGCAAAAGCAGAGTCGCttt > 1:334407/1‑150 (MQ=255) cAAAGGCTTCGCGAAGCAGGTGATGTGGTTTACATCACTGGTATCTCGTGGTGAAAACTTACCGCCGTTGTATCGTGCCCTGACGGACGTGGGCGCGGTGAAGGTGGTTAAAAAAGAGATGGCCCAGGGGCAAAAGCAGAGTCGCTTTAt > 2:7439021/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |