| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,147,021 | T→C | 100% | M174V (ATG→GTG) | alkA ← | 3‑methyl‑adenine DNA glycosylase II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,147,021 | 0 | T | C | 96.9% | 2884.5 / 41.8 | 792 | M174V (ATG→GTG) | alkA | 3‑methyl‑adenine DNA glycosylase II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (10/15); new base C (358/409); total (368/424) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 801 total aligned reads displayed.
AAAATAATTCGCCGTCCAGCGCCCGATACCCGGAAAAGTTTGCAGCGTTTTCATCGCCTGCTCCACATCGCCCGGTATTGTCATTGGTAAGGTGCCCTCCAGCGCCGCATTTGCCAGATGAATCAGCGCCTCTGCCCGTTTCAACGGCATACCTAACGCTTTTAATGCCTGCGGGTCTGCTGCTGCCAGCCGCTGAGGCGTCGGGAAGCAGATATACTCCGGAAAATCATCCAGCCGTTCGCCATAAAGCTGTGCCACTCTGGCGGTCAATTTTGCCGCCATCGCCACGCTCACCAGTT > NC_000913/2146872‑2147170 | ataatTCGCCGTCCAGCGCCCGATACCCGGAAAAGTTTGCAGCGTTTTCATCGCCTGCTCCACATCGCCCGGTATTGTCATTGGTAAGGTGCCCTCCAGCGCCGCATTTGCCAGATGAATCAGCGCCTCTGCCCGTTTCAACGGCACAcc > 1:7699588/1‑150 (MQ=255) taatTCGCCGTCCAGCGCCCGATACCCGGAAAAGTTTGCAGCGTTTTCATCGCCTGCTCCACATCGCCCGGTATTGTCATTGGTAAGGTGCCCTCCAGCGCCGCATTTGCCAGATGAATCAGCGCCTCTGCCCGTTTCAACGGCACACCt < 2:2245187/150‑1 (MQ=255) aatTCGCCGTCCAGCGCCCGATACCCGGAAAAGTTTGCAGCGTTTTCATCGCCTGCTCCACATCGCCCGGTATTGTCATTGGTAAGGTGCCCTCCAGCGCCGCATTTGCCAGATGAATCAGCGCCTCTGCCCGTTTCAACGGCACACCTa < 2:9113884/150‑1 (MQ=255) aatTCGCCGTCCAGCGCCCGATACCCGGAAAAGTTTGCAGCGTTTTCATCGCCTGCTCCACAGCGCCCGGTATGGTCATTGGTAAGGTGCCCTCCAGCGCCGCATTTGCCAGATGAATCAGCGCCTCTGCCCGTTTCAACGGCACACCTa > 2:287332/1‑150 (MQ=255) ttCGCCGTCCAGCGCCCGATACCCGGAAAAGTTTGCAGCGTTTTCATCGCCTGCTCCACATCGCCCGGTATTGTCATTGGTAAGGTGCCCTCCAGCGCCGCATTTGCCAGATGAATCAGCGCCTCTGCCCGTTTCAACGGCACACCTAAc > 1:6441788/1‑150 (MQ=255) ttCGCCGTCCAGCGCCCGATACCCGGAAAAGTTTGCAGCGTTTTCATCGCCTGCTCCACATCGCCCGGTATTGTCATTGGTAAGGTGCCCTCCAGCGCCGCATTTGCCAGATGAATCAGCGCCTCTGCCCGTTTCAACGGCACACCTAAc > 2:7958480/1‑150 (MQ=255) tCCAGCGCCCGATACCCGGAAAAGTTTGCAGCGTTTTCATCGCCTGCTCCACATCGCCCGGTATTGTCATTGGTAAGGTGCCCTCCAGCGCCGCATTTGCCAGATGAATCAGCGCCTCTGCCCGTTTCAACGGCACACCTAACGCTTTTa > 2:2773825/1‑150 (MQ=255) tCCAGCGCCCGATACCCGGAAAAGTTTGCAGCGTTTTCATCGCCTGCTCCACATCGCCCGGTATTGTCATTGGTAAGGTGCCCTCCAGCGCCGCATTTGCCAGATGAATCAGCGCCTCTGCCCGTTTCAACGGCACACCTAACGCTTTTa > 2:11715765/1‑150 (MQ=255) 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ccAGATGAATCAGCGCCTCTGCCCGTTTCAACGGCACACCTAACGCTTTTAATGCCTGCGGGTCTGCTGCTGCCAGCCGCTGAGGCGTCGGGAAGCAGATATACTCCGGAAAATCATCCAGCCGTTCGCCATAAAGCTGTGCCACTCTgg < 1:2781714/150‑1 (MQ=255) cAGATGAATCAGCGCCTCTGCCCGTTTCAACGGCACACCTAACGCTTTTAATGCCTGCGGGTCTGCTGCTGCCAGCCGCTGAGGCGTCGGGAAGCAGATATACTCCGGAAAATCATCCAGCCGTTCGCCATAAAGCTGTGCCACTCTGGc < 2:211938/150‑1 (MQ=255) aGATGAATCAGCGCCTCTGCCCGTTTCAACGGCATACCTAACGCTTTTAATGCCTGCGGGTCTGCTGCTGCCAGCCGCTGAGGCGTCGGGAAGCAGATATACTCCGGAAAATCATCCAGCCGTTCGCCATAAAGCTGTGCCACTCTGGCg < 1:9226269/150‑1 (MQ=255) aGATGAATCAGCGCCTCTGCCCGTTTCAACGGCACACCTAACGCTTTTAATGCCTGCGGGTCTGCTGCTGCCAGCCGCTGAGGCGTCGGGAAGCAGATATACTCCGGAAAATCATCCAGCCGTTCGCCATAAAGCTGTGCCACTCTGGCg > 1:9397777/1‑150 (MQ=255) aGATGAATCAGCGCCTCTGCCCGTTTCAACGGCACACCTAACGCTTTTAATGCCTGCGGGTCTGCTGCTGCCAGCCGCTGAGGCGTCGGGAAGCAGATATACTCCGGAAAATCATCCAGCCGTTCGCCATAAAGCTGTGCCACTCTGGCg > 2:9007048/1‑150 (MQ=255) 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tGCCCGTTTCAACGGCACACCTAACGCTTTTAATGCCTGCGGGTCTGCTGCTGCCAGCCGCTGAGGCGTCGGGAAGCAGATATACTCCGGAAAATCATCCAGCCGTTCGCCATAAAGCTGTGCCACTCTGGCGGTCAATTTTGCCGCCAt > 2:7829826/1‑150 (MQ=255) cccGTTTCAACGGCATACCTAACGCTTTTAATGCCTGCGGGTCTGCTGCTGCCAGCCGCTGAGGCGTCGGGAAGCAGATATACTCCGGAAAATCATCCAGCCGTTCGCCATAAAGCTGTGCCACTCTGGCGGTCAATTTTGCCGCCATCg > 2:9828274/1‑150 (MQ=255) ccGTTTCAACGGCACACCTAACGCTTTTAATGCCTGCGGGTCTGCTGCTGCCAGCCGCTGAGGCGTCGGGAAGCAGATATACTCCGGAAAATCATCCAGCCGTTCGCCATAAAGCTGTGCCACTCTGGCGGTCAATTTTGCCGCCATCGc > 1:4440583/1‑150 (MQ=255) ccGTTTCAACGGCACACCTAACGCTTTTAATGCCTGCGGGTCTGCTGCTGCCAGCCGCTGAGGCGTCGGGAAGCAGATATACTCCGGAAAATCATCCAGCCGTTCGCCATAAAGCTGTGCCACTCTGGCGGTCAATTTTGCCGCCATCGc > 2:5601505/1‑150 (MQ=255) cGTTTCAACGGCACACCTAACGCTTTTAATGCCTGCGGGTCTGCTGCTGCCAGCCGCTGAGGCGTCGGGAAGCAGATATACTCCGGAAAATCATCCAGCCGTTCGCCATAAAGCTGTGCCACTCTGGCGGTCAATTTTGCCGCCATCGcc < 2:852885/150‑1 (MQ=255) 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aaCGGCACACCTAACGCTTTTAATGCCTGCGGGTCTGCTGCTGCCAGCCGCTGAGGCGTCGGGAAGCAGATATACTCCGGAAAATCATCCAGCCGTTCGCCATAAAGCTGTGCCACTCTGGCGGTCAATTTTGCCGCCATCGCCACGCTc > 2:3390855/1‑150 (MQ=255) ggCACACCTAACGCTTTTAATGCCTGCGGGTCTGCTGCTGCCAGCCGCTGAGGCGTCGGGAAGCAGATATACTCCGGAAAATCATCCAGCCGTTCGCCATAAAGCTGTGCCACTCTGGCGGTCAATTTTGCCGCCATCGCCACGCTCAcc > 2:6329318/1‑150 (MQ=255) | AAAATAATTCGCCGTCCAGCGCCCGATACCCGGAAAAGTTTGCAGCGTTTTCATCGCCTGCTCCACATCGCCCGGTATTGTCATTGGTAAGGTGCCCTCCAGCGCCGCATTTGCCAGATGAATCAGCGCCTCTGCCCGTTTCAACGGCATACCTAACGCTTTTAATGCCTGCGGGTCTGCTGCTGCCAGCCGCTGAGGCGTCGGGAAGCAGATATACTCCGGAAAATCATCCAGCCGTTCGCCATAAAGCTGTGCCACTCTGGCGGTCAATTTTGCCGCCATCGCCACGCTCACCAGTT > NC_000913/2146872‑2147170 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |