| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,304,649 | C→T | 11.9% | intergenic (+256/+459) | eco → / ← mqo | ecotin, a serine protease inhibitor/malate dehydrogenase, FAD/NAD(P)‑binding domain |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,304,649 | 0 | C | T | 11.9% | 1288.1 / 137.9 | 509 | intergenic (+256/+459) | eco/mqo | ecotin, a serine protease inhibitor/malate dehydrogenase, FAD/NAD(P)‑binding domain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (138/301); new base T (24/35); total (172/337) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.83e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 518 total aligned reads displayed.
GGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCA‑ACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGT > NC_000913/2304500‑2304798 | ggCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCA‑ACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTc < 2:3144329/150‑1 (MQ=255) ccccccccgccgCGAAGTGCGCCACCCCGCAGGCCTGTTTAGGGGGTCTCGCCGCATCGGTC‑TCCACACGGCGCACACGGGTGCGTGCAGCGACGCTGGCGTTCCTTTTCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTgg < 2:10750806/144‑1 (MQ=0) cTACACTGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCA‑ACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGa < 1:9805631/150‑1 (MQ=255) cTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCA‑ACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGa < 1:2182233/150‑1 (MQ=255) cTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCA‑ACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGa < 2:7454264/150‑1 (MQ=255) cTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCA‑ACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGa > 2:4045918/1‑150 (MQ=255) acacCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCA‑ACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATAATGCGTACAACCCAGTGAATTGATACAACACGAATCTCGGATa > 1:11549373/1‑150 (MQ=11) cacCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGGAGGTCCGTGACGGCGGTGCCGCCGCAGCCGACCTCCA‑CCGCCCGCGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTGTTCTCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATaa < 2:7985297/150‑1 (MQ=11) 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1:11196921/1‑112 (MQ=32) gcATCCGACATCCA‑ACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTAcgc > 1:6255511/1‑112 (MQ=32) gcATCCGACATCCA‑ACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATg < 1:8283261/150‑1 (MQ=32) gcATCCGACATCCA‑ACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATg < 1:376839/150‑1 (MQ=32) gcATCCGACATCCA‑ACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCCAGCCGGTTGCCTGATg < 2:8900371/150‑1 (MQ=17) cATCCGACATCCA‑ACGCCCGAGCCGGTTGCCTTATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGc < 2:239406/150‑1 (MQ=17) cATCCGACATCCA‑ACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGc < 2:938639/150‑1 (MQ=32) tCCGACATCCA‑ACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATg < 2:11247732/147‑1 (MQ=32) cGACATCCA‑ACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCTGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACg < 2:4353028/150‑1 (MQ=17) cGACATCCA‑ACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGa < 1:11912153/143‑1 (MQ=32) cGACATCCA‑ACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGa > 2:11912153/1‑143 (MQ=32) gACATCCA‑ACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGc < 1:1998209/150‑1 (MQ=32) aCATCCT‑ACGCCCTAGCCGGTTGCCTGATGCGACTCTGGCGCGTCTTATCATGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCTGATAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCt < 2:6461737/150‑1 (MQ=11) cATCCA‑CCGCCCGAGCCGGGTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCGTAGCAGGCCTACACCGCTGTGACGTGCTCCCCCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTGACGCCGCCTCCGACATCTAACGCCCCAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTg < 2:3536723/150‑1 (MQ=11) tCCA‑ACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGgc < 2:1233165/150‑1 (MQ=32) ccA‑ACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCt < 1:5124734/115‑1 (MQ=32) cccacccccGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCCGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGGGCTCCACCCCGTAGGTCTGATTAGGGGGTTACGCCGGTTCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGgcg < 1:3221595/144‑1 (MQ=11) a‑aCGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTTAAGTGCTCCACACCGTAGGTAGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGcgcg > 2:7741453/1‑150 (MQ=12) aCGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGt < 1:6985959/150‑1 (MQ=32) aCGCCCGAGCCGGGTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGAGAAGGCGGTTTCGCCGCATCCGACATCGAACGCCCACGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGt < 2:8526051/150‑1 (MQ=11) ccGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCCAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACa < 1:1749589/150‑1 (MQ=17) ggTCGGCTAAGGCGGTTACTCCGCATCCGACATCTAACGCGCCAGCCGGTTGACTGATGCGAGTCTGGCTCGTCTTAACATGGCTACACGGCTGTGAAGTGCTCCCCCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCaa < 2:179635/150‑1 (MQ=11) gTCGGATCGGGCGGTTCGGCCGCCTCCGACATCTCCCGCCCCCGGCGGGGGCCGGCGGCGCCGCGGGCGCGTCTTATCCGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAAc < 1:909152/150‑1 (MQ=11) tCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCCCTACACCGCTGGGAAGTGCACCACCCCGGAGGTGGGATAAGGCGGTAACGCCGCATCCGACATCAAACg > 1:3072077/1‑150 (MQ=11) tCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGACTTATCAGGCAAACACCGCTGAGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTAGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACagcgatcg > 1:7305721/1‑143 (MQ=11) | GGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCA‑ACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGT > NC_000913/2304500‑2304798 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |