| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,471,252 | T→C | 15.8% | N89S (AAC→AGC) | yfdK ← | CPS‑53 (KpLE1) prophage; conserved protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,471,252 | 0 | T | C | 15.8% | 2852.7 / inf | 1115 | N89S (AAC→AGC) | yfdK | CPS‑53 (KpLE1) prophage; conserved protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (425/507); new base C (96/79); total (527/588) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.59e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.45e-02 | |||||||||||
Only 100 of 1130 total aligned reads displayed.
TAGGCCATTCAATATCTGGCGCACTGGAAGTATCGACCAGCTCCAGTGCGTCCAGATAATCCAGCCACAAATTATATTGCGCCAGTTCCTCACCTTTCAGACGACCAATAGCCGCTTTACCAGCCCATTGTTTACTGTTCATATAATCGTTGGCCTGATTAATCAATTGCTGCTTTTTCAGTTCGGCTGCAGCAATCTGTTCCTCATGTGTTGGTGGTGGAATTTCAGACCATGCAGGAAAACCATTTTCTCCAGCGATACGGATTTTTCCTTTCGGCGGTAATCCGGAAAACTCAATA > NC_000913/2471103‑2471401 | aGGCCATTCAATATCTGGCGCACTGGAAGTATCGACCAGCTCCAGTGCGTCCAGATAATCCAGCCACAAATTATATTGCGCCAGTTCCTCACCTTTCAGACGACCAATAGCCGCTTTACCAGCCCATTGTTTACTGTTCATATAATCGtt < 1:9455206/150‑1 (MQ=255) ggCCATTCAATATCTGGCGCACTGGAAGTATCGACCAGCTCCAGTGCGTCCAGATAATCCAGCCACAAATTATATTGCGCCAGTTCCTCACCTTTCAGACGACCAATAGCCGCTTTACCAGCCCATTGTTTACTGTTCATATAATCGTTg > 2:9386267/1‑150 (MQ=255) ggCCATTCAATATCTGGCGCACTGGAAGTATCGACCAGCTCCAGTGCGTCCAGATAATCCAGCCACAAATTATATTGCGCCAGTTCCTCACCTTTCAGACGACCAATAGCCGCTTTACCAGCCCATTGTTTACTGTTCATATAATCGTTg > 1:8696324/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |