| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 574,295 | G→T | 6.7% | D114Y (GAT→TAT) | quuD → | DLP12 prophage; putative antitermination protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 574,295 | 0 | G | T | 6.7% | 248.0 / 3.0 | 75 | D114Y (GAT→TAT) | quuD | DLP12 prophage; putative antitermination protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (35/34); new base T (4/2); total (39/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTTATTAGTAGATTATTATGTAGTCGGTATGACATTCATGTCACTGGCAGGTAAGCATTGCTGCTCTGATGGTTATATCGGGAAAAGGTTACAGAAGGCTGAGGGCATAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTTAATAACTCTAATTAATATGCCAATTGTTTACTAAAAATTATTAAAAATGGGGCGTTGAGACGCCCCCAAAAATAAAGGGTAATATATAACAGAAGGTTTATATAGTT > NC_000913/574162‑574431 | tagtttaGTAGATGATTATGTAGTCGGTATGACATTCCTGTCACTGGCAGGTAAGGATAGCTGCTCAGATGGTTATATCGTGAAAAGGTTACAGAAGGCTGAGGGCATCATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATcc < 2:1106470/136‑1 (MQ=255) ttattaGTAGATTATTATGTAGTCGGTATGACATTCATGTCACTGGCAGGTAAGCATTGCTGCTCTGATGGTTATATCGGGAAAAGGTTACAGAAGGCTGAGGGCATAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCg < 2:1372131/140‑1 (MQ=255) ttattaGTAGATTATTATGTAGTCGGTATGACATTCATGTCACTGGCAGGTAAGCATTGCTGCTCTGATGGTTATATCGGGAAAAGGTTACAGAAGGCTGAGGGCATAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCg < 2:1698541/140‑1 (MQ=255) ttattaGGAGATTATTATGTAGTCGGTATGACATTCATGTCACTGGCAGGTAAGCATTGCTGCTCTGATGGTTATATCGGGAAAAGGTTACAGAAGGCTGAGGGCATAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCg < 2:155854/140‑1 (MQ=255) aattattTATTCGTTATGACATTAATCTAAATGAAATGAAAGCATTGCTGCTCTGATGGTTATATACGGAAAATGATACAGAAGGATTAGGTCATTAATGATTGGTTGTTAATTTCATTATATATACGGATTGAGATgtt > 2:198447/2‑138 (MQ=255) tGTAGTCGGTATGACATTCATGTCACTGGCAGGTAAGCATTGCTGCTCTGATGGTTATATCGGGAAAAGGTTACAGAAGGCTGAGGGCATAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATCTCCGGTTAGAGATGGATATCg > 1:469428/1‑140 (MQ=255) tGTAGTCGGTATGACATTCATGTCACTGGCAGGTAAGCATTGCTGCTCTGATGGTTATATCGGGAAAAGGTTACAGAAGGCTGAGGGCATAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCg > 1:469501/1‑140 (MQ=255) aGTCGGTATGACATTCATGTCACTGGCAGGTAAGCATTGCTGCTCTGATGGTTATATCGGGAAAAGGTTACAGAAGGCTGAGGGCATAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCgttg > 1:1886783/1‑140 (MQ=255) tCGGTATGACATTCATGTCACTGGCAGGTAAGCATTGCTGCTCTGTTGGTTATATCGGGAAAAGGTTACAGAAGGCTGAGGGCATAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCgttgtt > 1:1489131/1‑140 (MQ=255) tCGGTATGACATTCATGTCACTGGCAGGTAAGCATTGCTGCTCTGATGGTTATATCGGGAAAAGGTTACAGAAGGCTGAGGGCATAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCgttgtt > 1:816319/1‑140 (MQ=255) tCGGTATGACATTCATGTCACTGGCAGGTAAGCATTGCTGCTCTGATGGTTATATCGGGAAAAGGTTACAGAAGGCTGAGGGCATAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCgttgtt > 2:805390/1‑140 (MQ=255) gTATGACATTCATGTCACTGGCAGGTAAGCATTGCTGCTCTGATGGTTATATCGGGAAAAGGTTACAGAAGGCTGAGGGCATAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTtaat < 2:770564/140‑1 (MQ=255) gTATGACATTCATGTCACTGGCAGGTAAGCATTGCTGCTCTGATGGTTATATCGGGAAAAGGTTACAGAAGGCTGAGGGCATAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTtaat > 2:183622/1‑140 (MQ=255) gTATGACATTCATGTCACTGGCAGGTAAGCAGTGCTGCTCTGATGGTTATATCGGGAAAAGGTTACAGAAGGCTGAGGGCATAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTtaat < 2:1019015/140‑1 (MQ=255) aTGACATTCATGTCACTGGCAGGTAAGCATTGCTGCTCTGATGGTTATATCGGGAAAAGGTTACAGAAGGCTGAGGGCATAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTtaataa < 2:464829/140‑1 (MQ=255) aTGACATTCATGTCACTGGCAGGTAAGCATTGCTGCTCTGATGGTTATATCGGGAAAAGGTTACAGAAGGCTGAGGGCATAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTtaataa < 2:792884/140‑1 (MQ=255) gACATTCATGTCACTGGCAGGTAAGCATTGCTGCTCTGATGGTTATATCGGGAAAAGGTTACAGAAGGCTGAGGGCATAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTTAATAAct < 1:1317551/140‑1 (MQ=255) aTGTCACTGGCAGGTAAGCATTGCTGCTCTGATGGTTATATCGGGAAAAGGTTACAGAAGGCTGAGGGCATAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTTAATAACTCtaatta > 1:1380614/1‑140 (MQ=255) aTGTCACTGGCAGGTAAGCATTGCTGCTCTGATGGTTATATCGGGAAAAGGTTACAGAAGGCTGAGGGCATAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTTAATAACTCtaatta > 1:1380705/1‑140 (MQ=255) aTGTCACTGGCAGGTAAGCATTGCTGCTCTGATGGTTATATCGGGAAAAGGTTACAGAAGGCTGAGGGCATAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTTAATAACTCtaatta > 2:1520500/1‑140 (MQ=255) aTGTCACTGGCAGGTAAGCATTGCTGCTCTGATGGTTATATCGGGAAAAGGTTACAGAAGGCTGAGGGCATAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTTAATAACTCtaatta > 1:309512/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) aTGGTTATATCGGGAAAAGGTTACAGAAGGCTGAGGGCATAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTTAATAACTCTAATTAATATGCCAATTGTTTACTAAAAATTATTaaa > 2:1552763/1‑140 (MQ=255) aTGGTTATATCGGGAAAAGGTTACAGAAGGCTGAGGGCATAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTTAATAACTCTAATTAATATGCCAATTGTTTACTAAAAATTATTaaa > 2:1378317/1‑140 (MQ=255) ttATATCGGGAAGAGGTTACAGAAGGCTGAGGGCATAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTTAATAACTCTAATTAATATGCCAATTGTTTACTAAAAATTATTAAAAATg < 1:833927/140‑1 (MQ=255) tataTCGGGAAAAGGTTACAGAAGGCTGAGGGCATAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTTAATAACTCTAATTAATATGCCAATTGTTTACTAAAAATTATTAAAAATgg > 2:1839329/1‑140 (MQ=255) tataTCGGGAAAAGGTTACAGAAGGCTGAGGGCATAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTTAATAACTCTAATTAATATGCCAATTGTTTACTAAAAATTATTAAAAATgg > 1:1180755/1‑140 (MQ=255) tataTCGGGAAAAGGTTACAGAAGGCTGAGGGCATAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTTAATAACTCTAATTAATATGCCAATTGTTTACTAAAAATTATTAAAAATgg > 1:503085/1‑140 (MQ=255) atatCGGGAAAAGGTTACAGAAGGCTGAGGGCATAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGTATATCGTTGTTAATAACTCTAATTAATATGCCAATTGTTTACTAAAAATTATTAAAAATgtg > 1:1603399/1‑138 (MQ=255) atatCGGGAAAAGGTTACAGAAGGCTGAGGGCATAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTTAATAACTCTAATTAATATGCCAATTGTTTACTAAAAATTATTAAAAATggg < 2:649361/140‑1 (MQ=255) atatCGGGAAAAGGTTACAGAAGGCTGAGGGCATAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTTAATAACTCTAATTAATATGCCAATTGTTTACTAAAAATTATTAAAAATggg > 1:1603421/1‑140 (MQ=255) cGGGAAAAGGATACAGAATGATGATGTCATAATAGAAGGGATGTTAAATTCATTAGATATCCGGTAAGAGAAGGATAACGTTGTTAATAACAATAATTAATATGACAATTGTTTACTAAAAATAATAAAAAATGGTGCGt > 1:266549/1‑140 (MQ=255) aGGTTACAGAAGGCTGAGGGCATAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTTAATAACTCTAATTAATATGCCAATTGTTTACTAAAAATTATTAAAAATGGGGCGTTGAGACg < 1:558200/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gCTGAGGGCATAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTTAATAACTCTAATTAATATGCCAATTGTTTACTAAAAATTATTAAAAATGGGGCGTTGAGACGCCCCCAAAAATa > 1:289259/1‑140 (MQ=255) cagAGGGCATAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTATATATCCGGTTATAGATGGATATCGTTGTTAAGAACTCTAATTAATATGCCAATTGTTTACTAAAAAATATTAAAAATGGGGCGTTGATACGCCCCCACAAATaa > 2:889487/3‑140 (MQ=255) cTGAGGGAATAATTGAAGTTATGTTAATGGCATTAGATATCAGGTTAGAGATGTATATCGTTGTTAATAACTCTAATTAATATGCCAATTGTTTACTAAAAATTATTAAAAATTGGGCGTTGAGACGCCCCCTACAATaa > 2:631301/1‑140 (MQ=255) tGAGGGCATAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTTAATAACTCTAATTAATATGCCAATTGTTTACTAAAAATTATTAAAAATGGGGCGTTGAGACGCCCCCAAAAATaaa < 2:1137303/140‑1 (MQ=255) tGAGGGCATAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTTAATAACTCTAATTAATATGCCAATTGTTTACTAAAAATTATTAAAAATGGGGCGTTGAGACGCCCCCAAAAATaaa < 2:1137262/140‑1 (MQ=255) gggCATAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTTAATAACTCTAATTAATATGCCAATTGTTTACTAAAAATTATTAAAAATGGGGCGTTGAGACGCCCCCAAAAATAAAggg < 2:680734/140‑1 (MQ=255) gggCATAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTTAATAACTCTAATTAATATGCCAATTGTTTACTAAAAATTATTAAAAATGGGGCGTTGAGACGCCCCCAAAAATAAAggg < 1:1592274/140‑1 (MQ=255) gggCATAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTTAATAACTCTAATTAATATGCCAATTGTTTACTAAAAATTATTAAAAATGGGGCGTTGAGACGCCCCCAAAAATAAAggg < 1:1605775/140‑1 (MQ=255) gggCATAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTTAATAACTCTAATTAATATGCCAATTGTTTACTAAAAATTATTAAAAATGGGGCGTTGAGACGCCCCCAAAAATAAAggg < 1:183622/140‑1 (MQ=255) gggCATAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTTAATAACTCTAATTAATATGCCAATTGTTTACTAAAAATTATTAAAAATGGGGCGTTGAGACGCCCCCAAAAATAAAggg < 2:1620631/140‑1 (MQ=255) gCATAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTTAATAACTCTAATTAATATGCCAATTGTTTACTAAAAATTATTAAAAATGGGGCGTTGAGACGCCCCCAAAAATAAAGGGTa < 2:1642255/140‑1 (MQ=255) gCATAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTTAATAACTCTAATTAATATGCCAATTGTTTACTAAAAATTATTAAAAATGGGGCGTTGAGACGCCCCCAAAAATAAAGGGTa < 2:864689/140‑1 (MQ=255) gCATAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTTAATAACTCTAATTAATATGCCAATTGTTTACTAAAAATTATTAAAAATGGGGCGTTGAGACGCCCCCAAAAATAAAGGGTa > 1:1914263/1‑140 (MQ=255) attgaattgaTGTTAATGGCATTAGATATCCGTTTAGAGATGGATATAGTTGTTAATAACTCTAATTAATATGCCAATTGTTTACTAAAAATTATTAAAAATGGGGCTTTGAGACGCCCCCAAAAATAAAGGGTAatata < 2:615437/140‑1 (MQ=255) aTTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTTAATAACTCTAATTAATATGCCAATTGTTTACTAAAAATTATTAAAAATGGGGCGTTGAGACGCCCCCAAAAATAAAGGGTAatata < 1:1228558/140‑1 (MQ=255) aTTGAAGGGATGTTAATGGAATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTTAATAACTCTAATTAATATGCAAATTGTTTACTAAAAATTATTAAAAATGGGGCGTTGAGACGCCCCCAAAAATAAAGGGTAatata < 2:841076/140‑1 (MQ=255) gggATGTTAATGGCATTATATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTTAATAACTCTAATTAATATGCCAATTGTTTACTAAAAATTATTAAAAATGGGGCGTTGAGACGCCCCCAAAAATAAAGGGTAATATATAACAg < 2:905924/140‑1 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2:28471/1‑140 (MQ=255) gTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTTCATTACTCTAATTAATATGCCAATTGTTTACTAAACATTATTAATAATGGGGCGTTGAGACGCCCCCAAAAATACCGGGTAATATATAACAGAAGGt < 2:1428121/140‑1 (MQ=255) gTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTTAATAACTCTAATTAATATGCCAATTGTTTACTAAAAATTATTAAAAATGGGGCGTTGAGACGCCCCCAAAAATAAAGGGTAATATATAACAGAAGGt < 2:1490674/140‑1 (MQ=255) cATTAGATATCCGGTTAGTGTTGGATTTCGTTGTTTTTATCTGTATTTAATATGCGAATTGTTTAGTAAAATTTTTTATATTTGGGGCGTTGTGTCGCCCCCATATATTATGGGTATTTTATTAGAGTAGGTTtatattg > 2:1044816/1‑138 (MQ=255) cATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTTTATAAGTCTAATTATTATGCCAATTGTTTACTAAAAATTATTAATATTGGGGCGTTGTGACGCGCAGTTATATTTTGGGTAATATATTAGTGAAGGTTTATTTAg > 2:1044817/1‑140 (MQ=255) aTTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTTAATAACTCTAATTAATATGCCAATTGTTTACTAAAAATTATTAAATATGGGGCGTTGAGACGCCCCCAAAAATAAAGGGTAATATATAACAGAAGGTTTATATAGt > 2:1303878/1‑140 (MQ=255) aTTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTTAATAACTCTAATTAATATGCCAATTGTTTACTAAAAATTATTAAAAATGGGGCGTTGAGACGCCCCCAAAAATAAAGGGTAATATATAACAGAAGGTTTATATAGt > 2:913111/1‑140 (MQ=255) aTTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTTAATAACTATAATTAATATGCCAATTGTATACTAAAAATTATTAAATATGTGTCGTTGAGTCGCCCCCAAATATCAATGGTAATATATAACTGAAGGTTTATATAGt > 2:1303844/1‑140 (MQ=255) ttAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTTAATAACTCTAATTAATATGCCAATTGTTTACTAAAAATTATTAAAAATGGGGCGTTGAGACGCCCCCAAAAATAAAGGGTAATATATAACAGAAGGTTTATATAGtt < 1:506284/140‑1 (MQ=255) | TTTATTAGTAGATTATTATGTAGTCGGTATGACATTCATGTCACTGGCAGGTAAGCATTGCTGCTCTGATGGTTATATCGGGAAAAGGTTACAGAAGGCTGAGGGCATAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTTAATAACTCTAATTAATATGCCAATTGTTTACTAAAAATTATTAAAAATGGGGCGTTGAGACGCCCCCAAAAATAAAGGGTAATATATAACAGAAGGTTTATATAGTT > NC_000913/574162‑574431 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |