| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,476,962 | T→C | 6.6% | W607R (TGG→CGG) | ydbD → | PF10971 family putative periplasmic methylglyoxal resistance protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,476,962 | 0 | T | C | 6.6% | 187.6 / 4.6 | 61 | W607R (TGG→CGG) | ydbD | PF10971 family putative periplasmic methylglyoxal resistance protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (29/28); new base C (2/2); total (31/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.94e-01 | |||||||||||
ATGCATATGAAACCAGCGCTGATATGATTTTGTCTGAGCTGATTAGCCACGGCGAAGTTGATGACCAGATGCTATTAAATGCCACCGCCCTGATACGTTCGGACGACTGGGACTTTTTAGAGAGTGCATTAATTAGTTGGGATAATTTACCCGCTGTTGTTCTCAAGGAATTACAGCAAAACACGCCACGCAATGATATTTGGGCGAAGTTTTTTCTGAGGCAGGAAAACAGTTCCCGTGCGCAGGTTGACGAAGCGTTACGTGTTTATTATGC > NC_000913/1476825‑1477098 | aTGCATATGAAACCAGCGCTGATATGATTTTGTCTGAGCTGATTAGCCACGGCGAAGTTGATGACCAGATGCTATTAAATGCCACCGCCCTGATACGTTCGGACGACTGGGACTTTTTAGAGAGTGCATTAATTAGTTgg < 1:700576/140‑1 (MQ=255) gCATATGAAACCAGCGCTGATATGATTTTGTCTGAGCTGATTAGCCACGGCGTAGTTGATGACCAGATGCTATTAAATGCCACCGCCCTGATACGTTCGGACGACTGGGACTTTTTAGAGAGTGCATTAATTAGTTGGGa < 2:1417946/140‑1 (MQ=255) gCATATGAAACCAGCGCTGATATGATTTTGTCTGAGCTGATTAGCCACGGCGAAGTTGATGACCAGATGCTATTAAATGCCACCGCCCTGATACGTTCGGACGACTGGGACTTTTTAGAGAGTGCATTAATTAGTTGGGa < 1:950085/140‑1 (MQ=255) atatGAAACCAGCGCTGATATGATTTTGTCTGAGCTGATTAGCCACGGCGAAGTTGATGACCAGATGCTATTAAATGCCACCGCCCTGATACGTTCGGACGACTGGGACTTTTTAGAGAGTGCATTAATTAGTTGGGATa > 2:792184/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) cgcTGATATGATTTTGTCTGAGCTGATTAGCCACGGCGAAGTTGATGACCAGATGCTATTAAATGCCACCGCCCTGATACGTTCGGACGACTGGGACTTTTTAGAGAGTGCATTAATTAGTTGGGATAATTTACCCGCtg > 1:177817/1‑140 (MQ=255) cgcTGATATGATTTTGTCTGAGCTGATTAGCCACGGCGAAGTTGATGACCAGATGCTATTAAATGCCACCGCCCTGATACGTTCGGACGACTGGGACTTTTTAGAGAGTGCATTAATTAGTTGGGATAATTTACCCGCtg > 2:1443442/1‑140 (MQ=255) cgcTGATATGATTTTGTCTGAGCTGATTAGCCACGGCGAAGTTGATGACCAGATGCTATTAAAAGCCACCGCCCTGATACGTTCGGACGACTGGGACTTTTTAGAGAGTGCATTAATTAGTTGGGATAATTTACCCTCtg > 2:1443415/1‑140 (MQ=255) cgatGATATGATTTTGTCTGAGCTGATTAGCCACGGCGTAGTTGATGACCAGATGCTATTAAATGCCACCGCCCTGATACGTTCGGACGACTGGGACTTTTTAGAGAGTGCATTAATTAGTTGGGATCATTTACCCGCtg > 2:1443469/4‑140 (MQ=255) gcTGATATGATTTTGTCTGAGCTGATTAGCCTCGGCGAAGTTGATGACCAGATGCTATTAAATGCCACCGCCCTGATACGTTCGGACGACTGGGACTTTTTAGAGAGTGCATTAATTAGTTGGGATAATTTACCCGCtgt < 2:179419/140‑1 (MQ=255) atGATTGTGTCTGAGCTGAGAAGCCACGGCGCAGTTGCTGACCAGATGCTATTAAATGCCACCGCCCTGATACGTTCGGACGACTGGGACTTTTTAGAGAGTGCATTAATTAGTTGGGATAATTTACCCGCTGTTGTtct < 2:1918941/140‑1 (MQ=255) ttttGTCTGAGCTGATTAGCCACGGCGAAGTTGATGACCAGATGCTATTAAATGCCACCGCCCTGATACGTTCGGACGACTGGGACTTTTTAGAGAGTGCATTAATTAGTTGGGATAATTTACCCGCTGTTGTTCTCAAg > 2:1449120/1‑140 (MQ=255) gTCTGAGCTGATTAGCCACGGCGAAGTTGATGACCAGATGCTATTAAATGCCACCGCCCTGATACGTTCGGACGACTGGGACTTTTTAGAGAGTGCATTAATTAGTTGGGATAATTTACCCGCTGTTGTTCTCAAGGAAt > 2:522282/1‑140 (MQ=255) cTGAGCTGATTAGCCACGGCGAAGTTGATGACCAGATGCTATTAAATGCCACCGCCCTGATACGTTCGGACGACTGGGACTTTTTAGAGAGTGCATTAATTAGTTGGGATAATTTACCCGCTGTTGTTCTCAAGGAATTa < 1:1874444/140‑1 (MQ=255) ccACGGCGAAGTTGATGACCAGATGCTATTAAATGCCACCGCCCTGATACGTTCGGACGACTGGGACTTTTTAGAGAGTGCATTAATTAGTTGGGATAATTTACCCGCTGTTGTTCTCAAGGAATTACAGCAAAAcacgc < 1:976166/140‑1 (MQ=255) gAAGTTGATGACCAGATGCTATTAAATGCCACCGCCCTGATACGTTCGGACGACTGGGACTTTTTAGAGAGTGCATTAATTAGTTGGGATAATTTACCCGCTGTTGTTCTCAAGGAATTACAGCAAAACACGCCACGCaa < 1:421155/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ttAGAGAGTGCATTAATTAGTTGGGATAATTTACCCGCTGTTGTTCTCAAGGAATTACAGCAAAACACGCCACGCAATGATATTTGGGCGAAGTTTTTTCTGAGGCAGGAAAACAGTTCCCGTGCGCAGGTTGACGAAGc < 1:572646/140‑1 (MQ=255) agagTGCATTAATTAGTTGGGATAATTTACCCGCTGTTGTTCTCAAGGAATTACAGCAAAACACGCCACGCAATGATATTTGGGCGAAGTTTTTTCTGAGGCAGGAAAACAGTTCCCGTGCGCAGGTTGACGAAGCGTTa < 1:792184/140‑1 (MQ=255) gTGCATTAATTAGTCGGGATAATTTACCCGCTGTTGTTCTCAAGGAATTACAGCAAAACACGCCACGCAATGATATTTGGGCGAAGTTTTTTCTGAGGCAGGAAAACAGTTCCCGTGCGCAGGTTGACGAAGCGTTACgt > 1:1815273/1‑140 (MQ=255) gTGCATTAATTAGTCGGGATAATTTACCCGCTGTTGTTCTCAAGGAATTACAGCAAAACACGCCACGCAATGATATTTGGGCGAAGTTTTTTCTGAGGCAGGAAAACAGTTCCCGTGCGCAGGTTGACGAAGCGTTACgt > 1:1815264/1‑140 (MQ=255) tGCATTAATTAGTTGGGATAATTTACCCGCTGTTGTTCTCAAGGAATTACAGCAAAACACGCCACGCAATGATATTTGGGCGAAGTTTTTTCTGAGGCAGGAAAACAGTTCCCGTGCGCAGGTTGACGAAGCGTTACgtg > 1:318833/1‑140 (MQ=255) tGCATTAATTAGTTGGGATAATTTACCCGCTGTTGTTCTCAAGGAATTACAGCAAAACACGCCACGCAATGATATTTGGGCGAAGTTTTTTCTGAGGCAGGAAAACAGTTCCCGTGCGCAGGTTGACGAAGCGTTACgtg > 1:1148832/1‑140 (MQ=255) tGCATTAATTAGTTGGGATAATTTACCCGCTGTTGTTCTCAAGGAATTACAGCAAAACACGCCACGCAATGATATTTGGGCGAAGTTTTTTCTGAGGCAGGAAAACAGTTCCCGTGCGCAGGTTGACGAAGCGTTACgtg > 1:1132511/1‑140 (MQ=255) gCATTAATTAGTTGGGATAATTTACCCGCTGTTGTTCTCAAGGAATTACAGCAAAACACGCCACGCAATGATATTTGGGCGAAGTTTTTTCTGAGGCAGGAAAACAGTTCCCGTGCGCAGGTTGACGAAGCGTTACgtgt < 1:1414698/140‑1 (MQ=255) cATTAATTAGTTGGGATAATTTACCCGCTGTTGTTCTCAAGGAATTACAGCAAAACACGCCACGCAATGATATTTGGGCGAAGTTTTTTCTGAGGCAGGAAAACAGTTCCCGTGCGCAGGTTGACGAAGCGTTACGTGtt > 2:299436/1‑140 (MQ=255) cATTAATTAGTCGGGATAATTTACCCGCTGTTGTTCTCAAGGAATTACAGCAAAACACGCCACGCAATGATATTTGGGCGAAGTTTTTTCTGAGGCAGGAAAACAGTTCCCGTGCGCAGGTTGACGAAGCGTTACGTGtt < 2:1815264/140‑1 (MQ=255) cATTAATTAGTCGGGATAATTTACCCGCTGTTGTTCTCAAGGAATTACAGCAAAACACGCCACGCAATGATATTTGGGCGAAGTTTTTTCTGAGGCAGGAAAACAGTTCCCGTGCGCAGGTTGACGAAGCGTTACGTGtt < 2:1815273/140‑1 (MQ=255) ttaGTTGGGATAATTTACCCGCTGTTGTTCTCAAGGAATTACAGCAAAACACGCCACGCAATGATATTTGGGCGAAGTTTTTTCTGAGGCAGGAAAACAGTTCCCGTGCGCAGGTTGACGAAGCGTTACGTGTTtattat < 2:177817/140‑1 (MQ=255) ttaGTTGGGATAATTTACCCGCTGTTGTTCTCAAGGAATTACAGCAAAACACGCCACGCAATGATATTTGGGCGAAGTTTTTTCTGAGGCAGGAAAACAGTTCCCGTGCGCAGGTTGACGAAGCGTTACGTGTTtattat < 2:854586/140‑1 (MQ=255) taGTTGGGATAATTTACCCGCTGTTGTTCTCAAGGAATTACAGCAAAACACGCCACGCAATGATATTTGGGCGAAGTTTTTTCTGAGGCAGGAAAACAGTTCCCGTGCGCAGGTTGACGAAGCGTTACGTGTTTATTATg < 1:916443/140‑1 (MQ=255) taGTTGGGATAATTTACCCGCTGTTGTTCTCAAGGAATTACAGCAAAACACGCCACGCAATGATATTTGGGCGAAGTTTTTTCTGAGGCAGGAAAACAGTTCCCGTGCGCAGGTTGACGAAGCGTTACGTGTTTATTATg < 1:893149/140‑1 (MQ=255) taGTTGGGATAATTTACCCGCTGGTGTTCACCAGGAATTACAGCAAAACACGCCACGCAATGATATTTGGGCGAAGTTTTTTCTGAGGCAGGAAAACAGTTCCCGTGCGCAGGTTGACGAAGCGTTACGTGTTTATTATg < 1:494488/140‑1 (MQ=255) aGTTGGGATAATTTACCCGCTGTTGTTCTCAAGGAATTACAGCAAAACACGCCACGCAATGATATTTGGGCGAAGTTTTTTCTGAGGCAGGAAAACAGTTCCCGTGCGCAGGTTGACGAAGCGTTACGTGTTTATTATGc > 1:142285/1‑140 (MQ=255) | ATGCATATGAAACCAGCGCTGATATGATTTTGTCTGAGCTGATTAGCCACGGCGAAGTTGATGACCAGATGCTATTAAATGCCACCGCCCTGATACGTTCGGACGACTGGGACTTTTTAGAGAGTGCATTAATTAGTTGGGATAATTTACCCGCTGTTGTTCTCAAGGAATTACAGCAAAACACGCCACGCAATGATATTTGGGCGAAGTTTTTTCTGAGGCAGGAAAACAGTTCCCGTGCGCAGGTTGACGAAGCGTTACGTGTTTATTATGC > NC_000913/1476825‑1477098 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |