| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,498,458 | T→C | 5.1% | F535L (TTC→CTC) | opgD → | OPG biosynthetic periplasmic protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,498,458 | 0 | T | C | 5.1% | 243.3 / 4.1 | 79 | F535L (TTC→CTC) | opgD | OPG biosynthetic periplasmic protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (34/39); new base C (2/2); total (36/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.42e-01 | |||||||||||
AACCCATCGATGGTTATCGTATTCAGTTTGACTGGTATCCGACTTCGGACTCCACTGATCCGGTCGATATGCGGATGTATCTACGTTGTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCGCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGTCTGGTTAAACACGATCCCGCTCGCATTTTTCCCTAAGTTAAATGAGTA > NC_000913/1498330‑1498596 | caCCCATCGAAGGTTATCGTATTCAGTTTGACTGGTATCCGACTTCGGACTCCACTGATCCGGTCGATATGCGGATGTATCTACGTTGTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCGCCAgcg < 1:458723/139‑1 (MQ=255)aaCCCATCGATGGTTATCGTATTCAGTTTGACTGGTATCCGACTTCGGACTCCACTGATCCGGTCGATATGCGGATGTATCTACGTTGTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCGCCAgcg < 1:555893/140‑1 (MQ=255)aaCCCATCGATGGTTATCGTATTCAGTTTGACTGGTATCCGACTTCGGACTCCACTGATCCGGTCGATATGCGGATGTATCTACGTTGTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCGCCAgcg > 2:421392/1‑140 (MQ=255)aaCCCATCGATGGTTATCGTATTCAGTTTGACTGGTATCCGACTTCGGACTCCACTGATCCGGTCGATATGCGGATGTATCTACGTTGTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCGCCAgcg > 2:574884/1‑140 (MQ=255)aaCCCATCGATGGTTATCGTATTCAGTTTGACTGGTATCCGACTTCGGACTCCACTGATCCGGTCGATATGCGGATGTATCTACGTTGTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCGCCAgcg < 1:1858030/140‑1 (MQ=255)aaCCCATCGATGGTTATCGTATTCAGTTTGACTGGTATCCGACTTCGGACTCCACTGATCCGGTCGATATGCGGATGTATCTACGTTGTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCGCCAgcg < 1:426307/140‑1 (MQ=255)aaCCCATCGATGGTTATCGTATTCAGTTTGACTGGTATCCGACTTCGGACTCCACTGATCCGGTCGATATGCGGATGTATCTACGTTGTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCGCCAgcg > 2:574902/1‑140 (MQ=255)aaCCCATCGATGGTTATCGTATTCAGTTTGACTGGTATCCGACTTCGGACTCCACTGATCCGGTCGATATGCGGATGTATCTACGTTGTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCGCCAgcg < 1:391170/140‑1 (MQ=255)aaCCCATCGATGGTTATCGTATTCAGTTTGACTGGTATCCGACTTCGGACTCCACTGATCCGGTCGATATGCGGATGTATCTACGTTGTCAGGGGGACGCTAACAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCGCCAgcg < 1:1858237/140‑1 (MQ=255) atagATGTTTATCGTATTCAGTTTGACTGGTATCCGACTTAGGACTCCACTGATCCGGTCGATATGCGGATGTATCTACGTTGTCAGTGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCGCCAGCGCCGGa < 2:17091/137‑1 (MQ=255) aTCGATGGTTATCGTATTCAGTTTGACTGGTATCCGACTTCGGACTCCACTGATCCGGTCGATATGCGGATGTATCTACGTTGTCAGGGGGACGCTATCAGTTAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCGCCAGCGCCGGa > 2:469801/1‑140 (MQ=255) aTCGATGGTTATCGTATTCAGTTTGACTGGTATCCGACTTCGGACTCCACTGATCCGGTCGATATGCGGATGTATCTACGTTGTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCGCCAGCGCCGGa > 1:809847/1‑140 (MQ=255) aTCGATGGTTATCGTATTCAGTTTGACTGGTATCCGACTTCGGACTCCACTGATCCGGTCGATATGCGGATGTATCTACGTTGTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCGCCAGCGCCGGa < 2:202907/140‑1 (MQ=255) aTCGATGGTTATCGTATTCAGTTTGACTGGTATCCGACTTCGGACTCCACTGATCCGGTCGATATGCGGATGTATCTACGTTGTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCGCCAGCGCCGGa > 2:643740/1‑140 (MQ=255) gacggTTATCCTCTTCAGTTTGACTGCTATCCGACTTCGGACCCCACTGATCCGGTCGATATGCGGATGTATCTACGTTGTCAGGGGGACGCTATCAGAGATACATGGCTGTATCAGTATGTCCCGCCAGCGCCGGAtta < 2:1624040/137‑3 (MQ=255) aTGGTTATCGTATTCAGTTTGACTGGTATCCGACTTCGGACTCCACTGATCCGGTCGATATGCGGATGTATCTACGTTGTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCGCCAGCGCCGGATaaa < 1:663236/140‑1 (MQ=255) ttATCGTATTCAGTTTGACTGGTATCCGACTTCGGACTCCACTGATCCGGTCGATATGCGGATGTATCTACGTTGTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCGCCAGCGCCGGATAAACGTc < 2:221853/140‑1 (MQ=255) tATCGTATTCAGTTTGACTGGTATCCGACTTCGGACTCCACTGATCCGGTCGATATGCGGATGTATCTACGTTGTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCGCCAGCGCCGGATAAACGTCa < 2:396185/140‑1 (MQ=255) aTCGTATTCAGTTTGACTGGTATCCGACTTCGGACTCCACTGATCCGGTCGAAATGCGGATGTATCTACGTTGTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCGCCAGCGCCGGATAAACGTCAg > 2:1550155/1‑140 (MQ=255) tCGTATTCAGTTTGACTGGTATCCGAGTTCGGACTACACTGATCTGGTCGATATGCGGATGTTTCTACGTTGTCAGGGGGACTCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCGCCAGCGCCGGATAATCCTCAGt < 2:240467/140‑1 (MQ=255) tCGTATTCAGTTTGACTGGTATCCGACTTCGGACTCCACTGATCCGGTCGATATGCGGATGTATCTACGTTGTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCGCCAGCGCCGGATAAACGTCAGt < 2:592028/140‑1 (MQ=255) tCGTATTCAGTTTGACTGGTATCCGACTTCGGACTCCACTGATCCGGTCGATATGCGGATGTATCTACGTTGTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCGCCAGCGCCGGATAAACGTCAGt 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(MQ=255) gTCGATATGCGGATGTATCTACGTTGTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCGCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACct > 1:395053/1‑140 (MQ=255) gTCGATATGCGGATGTATCTACGTTGTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCGCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACct < 2:1218029/140‑1 (MQ=255) gTCGATATGCGGATGTATCTACGTTGTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCGCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACct > 1:1869032/1‑140 (MQ=255) gTCGATATGCGGATGTATCTACGTTGTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCGCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACct > 2:597594/1‑140 (MQ=255) gTCGATATGCGGATGTATCTACGTTGTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCGCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTAAGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCAGCACct > 2:1275992/1‑140 (MQ=255) gTCGATATGCGGATGTATCTACGTTGTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATCTCCCGCCAGCGCCGGATAAACGTCAGt > 2:465252/1‑94 (MQ=255) gTCGATATGCGGATGTATCTACGTTGTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATCTCCCGCCAGCGCCGGATAAACGTCAGt > 2:465208/1‑94 (MQ=255) gTCGATATGCGGATGTATCTACGTTGTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATCTCCCGCCAGCGCCGGATAAACGTCAGt < 1:465208/94‑1 (MQ=255) gTCGATATGCGGATGTATCTACGTTGTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATCTCCCGCCAGCGCCGGATAAACGTCAGt < 1:465252/94‑1 (MQ=255) gTCGATATGCGGATGTATCTACGTTGTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGGATCAGTATTTCCCGCCCGCGCCGGCTAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTGATTCGTTTTTTCTTCGGCACct > 1:1006040/1‑140 (MQ=255) gATATGCGGATGTATCTACGTTGTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCGCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACcttct < 2:611606/140‑1 (MQ=255) gATATGCGGATGTATCTACGTTGTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCGCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACcttct < 2:611544/140‑1 (MQ=255) ggATGTATCTACGTTGTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCGCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAg > 1:282930/1‑140 (MQ=255) tCTACGTTGTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCGCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTACTTCGGGAGGTGCCGt > 2:1419336/1‑140 (MQ=255) gtGTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCGCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGTCTGGtt < 1:171856/139‑1 (MQ=255) gTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCGCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGTCTGGTTaa > 1:179378/1‑140 (MQ=255) gTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCGCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTATTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGTCTGGTTaa > 2:550164/1‑140 (MQ=255) aGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCGCCAGCTCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGTCTGGTTAAaca < 2:1238958/140‑1 (MQ=255) aGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCGCCAGCTCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGTCTGGTTAAaca < 2:383087/140‑1 (MQ=255) tCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCGCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGTCTGGTTAAACACGATCCCGCTCg > 1:1684852/1‑140 (MQ=255) gTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCGCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGTCTGGTTAAACACGATCCCGCTCGCAt > 1:510501/1‑140 (MQ=255) tGAAACATGGGTGTCTCAGTATTTCCCGACAGCGCCGGATAAACGACAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGTCTGGTTAAACACGATCCCGCTCGCAtt < 2:4262/140‑1 (MQ=255) tGAAACATGGCTGTATCAGTTTTTCCCGCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCAGTCTGGTTAAACACGATCCCGCTCGCAtt < 2:4216/140‑1 (MQ=255) tGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCGCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGTCTGGTTAAACACGATCCCGCTCGCAtt < 2:4127/140‑1 (MQ=255) cgatccATGGCTGTATCAGATTGTCCCGCCAGCGCCGGATAATCGTCAGTAGGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGTCTGGTTAATCACGATCCCGCTCGCAtt < 2:4220/135‑1 (MQ=255) aaaCATGGCTGTATCAGTATTTCCCGCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGTCTGGTTAAACACGATCCCGCTCGCAtttt > 1:476759/1‑140 (MQ=255) cATGGCTGTATCAGTATTTCCCGCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGTCTGGTTAAACACGATCCCGCTCGCATTTTTcc < 2:598970/140‑1 (MQ=255) aTGGCTGTATCAGTATTTCCCGCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGTCTGGTTAAACACGATCCCGCTCGCATTTTTccc > 2:585921/1‑140 (MQ=255) ggCTGTATCAGTATTTCCCGCCAGCGCCGGATATACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGTCTGGTTAAACACGATCCCGCTCGCATTTTTCCCTa < 2:1141853/140‑1 (MQ=255) ggCTGTATCAGTATTTCCCGCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGTCTGGTTAAACACGATCCCGCTCGCATTTTTCCCTa > 2:1471915/1‑140 (MQ=255) ggCTGTATCAGTATTTCCCGCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGTCTGGTTAAACACGATCCCGCTCGCATTTTTCCCTa > 1:489453/1‑140 (MQ=255) cTGTATCAGTATTTCCCGCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGTCTGGTTAAACACGATCCCGCTCGCATTTTTCCCTAAg > 1:1884708/1‑140 (MQ=255) tGTATCAGTATTTCCCGCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTATTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGTCTGGTTAAACACGATCCCGCTCGCATTTTTCCCTAAGt < 2:1463628/140‑1 (MQ=255) tATCAGTATTTCCCGCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGTCTGGTTAAACACGATCCCGCTCGCATTTTTCCCTAAGTTa < 1:1039913/140‑1 (MQ=255) cAGTATTTCCCGCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGTCTGGTTAAACACGATCCCGCTCGCATTTTTCCCTAAGTTAAAt > 1:712908/1‑140 (MQ=255) tATTTCCCGCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGTGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGTCTGGCTAAACACGATCCCGCTCGCATTTTTCCCTAAGTTAAATGAg < 2:1409443/140‑1 (MQ=255) tATTTCCCGCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGTCTGGTTAAACACGATCCCGCTCGCATTTTTCCCTAAGTTAAATGAg < 1:465216/140‑1 (MQ=255) tATTTCCCGCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGTCTGGTTAAACACGATCCCGCTCGCATTTTTCCCTAAGTTAAATGAg < 1:465229/140‑1 (MQ=255) tATTTCCCGCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGTCTGGTTAAACACGATCCCGCTCGCATTTTTCCCTAAGTTAAATGAg < 2:1778689/140‑1 (MQ=255) aTTTCCCGCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGTCTGGTTAAACACGATCCCGCTCGCATTTTTCCCTAAGTTAAATGAGt > 1:68493/1‑140 (MQ=255) tttCCCGCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGTCTGGTTAAACACGATCCCGCTCGCATTTTTCCCTAAGTTAAATGAGTa > 2:438688/1‑140 (MQ=255) tttCCCGCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGTCTGGTTAAACACGATCCCGCTCGCATTTTTCCCTAAGTTAAATGAGTa < 2:1402462/140‑1 (MQ=255) | AACCCATCGATGGTTATCGTATTCAGTTTGACTGGTATCCGACTTCGGACTCCACTGATCCGGTCGATATGCGGATGTATCTACGTTGTCAGGGGGACGCTATCAGTGAAACATGGCTGTATCAGTATTTCCCGCCAGCGCCGGATAAACGTCAGTATGTTGACGACCGCGTGATGAGTTAATCGTTTTTTCTTCGGCACCTTCTTCGGGAGGTGCCGTCTGGTTAAACACGATCCCGCTCGCATTTTTCCCTAAGTTAAATGAGTA > NC_000913/1498330‑1498596 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |