| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,635,322 | C→T | 5.6% | E176K (GAA→AAA) | stfQ ← | Qin prophage; putative side tail fibre assembly protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,635,322 | 0 | C | T | 5.6% | 318.9 / 6.3 | 89 | E176K (GAA→AAA) | stfQ | Qin prophage; putative side tail fibre assembly protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (44/40); new base T (2/3); total (46/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.70e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.67e-01 | |||||||||||
GCCACCAAATGCACCGGAACTCTTGTGTTGGTGCGCACCGGCACTATTTGCGGTCCCGCTAATACTATGGGTATGCGCCCCGGTGTTATTCGTGGATTTGGTTCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTCCGTCCCCAAATCCGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTGGGTGTGCGATTTAATGCCGTCCTGTTCCTGAGATAATACGGCCCGACCACTGGCGGGCTTGCCCTTAATCGTCCAGCCACGCATATCAGGGATCACGCCTGAC > NC_000913/1635194‑1635461 | gCCACCAAATGCACCGGAACTCTTGTGTTGGTGCGCACCGGCACTATTTGCGGTCCCGCTAATACTATGGGTATGCGCCCCGGTGTTATTCGTGGATTTGGTTCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTCCGTCCCCAAAt < 2:931743/140‑1 (MQ=255) ccaAATGCACCGGAACTCTTGTGTTGGTGCGCACCGGCACTATTTGCGGTCCCGCTAATACTATGGGTATGCGCCCCGGTGTTATTCGTGGATTTGGTTCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTCCGTCCCCAAATCCGt > 2:1610667/1‑140 (MQ=255) caAATGCACCGGACCTCTTGTGTTGGTGCGCCCCGGCACTATTGGCGGACCCGCTAATACTATGGGTATGCGCCCCGGTGTTATTCGTGGATTTGGTTCCGTACTCAAACGACGATGTGGTTTCCGTCCCCAAATCCGTa < 2:1738454/140‑1 (MQ=37) gCACCGGAACTCTTGTGTTGGTGCGCACCGGCACTATTTGCGGTCCCGCTAATACTATGGGTATGCGCCCCGGTGTTATTCGTGGATTTGGTTCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTCCGTCCCCAAATCCGTACTgta < 2:548112/140‑3 (MQ=255) 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gAACTCTTGTGTTGGTGCGCACCGGCACTATTTGCGGTCCCGCTAATACTATGGGTATGCGCCCCGGTGTTATTCGTGGATTTGGTTCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTCCGTCCCCAAATCCGTACTGGATgcgct < 1:1670076/140‑1 (MQ=255) gAACTCTTGTGTTGGTGCGCACCGGCACTATTTGCGGTCCCGCTAATACTATGGGTATGCGCCCCGGTGTTATTCGTGGATTTGGTTCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTCCGTCCCCAAATCCGTACTGGATgcgct < 2:434763/140‑1 (MQ=255) gAACTCTTGTGTTGGTGCGCACCGGCACTATTGGCGGTCCCGCTAATACTATGGGTATGCGCCCCGGTGTTATTCGTGGATTTGGTTCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTCCGTCCCCAAATCCGTACTGGATgcgct < 1:1524421/140‑1 (MQ=255) gtTGGTGCGCACCGGCACTATTTGCGGTCCCGCTAATACTATGGGTATGCGCCCCGGTGTTATTCGTGGATTTGGTTCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTCCGTCCCCAAATCCGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTgg > 2:389095/1‑140 (MQ=255) ttGGTGCGCACCGGCACTATTTGCGGTCCCGCTAATACTATGGGTATGCGCCCCGGTGTTATTCGTGGATTTGGTTCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTCCGTCCCCAAATCCGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTggg > 1:364651/1‑140 (MQ=255) tGCGCACCGGCACTATTTGCGGTCCCGCTAATACTATGGGTATGCGCCCCGGTGTTATTCGTGGATTTGGTTCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTCCGTCCCCAAATCCGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTGGGtgtg < 1:1847574/140‑1 (MQ=255) tGCGCACCGGCACTATTTGCGGTCCCGCTAATACTATGGGTATGCGCCCCGGTGTTATTCGTGGATTTGGTTCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTCCGTCCCCAAATCCGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTGGGtgtg < 1:1249591/140‑1 (MQ=255) aCCGGCACTATTTGCGGTCCCGCTAATACTATGGGTATGCGCCCCGGTGTTATTCGTGGATTTGGTTCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTCCGTCCCCAAATCCGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTGGGTGTGCGAtt < 1:1610667/140‑1 (MQ=255) cACTATTTGCGGTCCCGCTAATACTATGGGTATGCGCCCCGGTGTTATTCGTGGATTTGGTTCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTCCGTCCCCAAATCCGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTGGGTGTGCGATTTAATg < 1:233662/140‑1 (MQ=255) cACTATTTGCGGTCCCGCTAATACTATGGGTATGCGCCCCGGTGTTATTCGTGGATTTGGTTCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTCCGTCCCCAAATCCGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTGGGTGTGCGATTTAATg < 1:35823/140‑1 (MQ=255) aTTTGCGGTCCCGCTAATACTATGGGTATGCGCCCCGGTGTTATTCGTGGATTTGGTTCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTCCGTCCCCAAATCCGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTGGGTGTGCGATTTAATGCCGt > 1:1678023/1‑140 (MQ=255) tttGCGGTCCCGCTAATACTATGGGTATGCGCCCCGGTGTTATTCGTGGATTTGGTTCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTCCGTCCCCAAATCCGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTGGGTGTGCGATTTAATGCCGTc > 2:821073/1‑140 (MQ=255) tttGCGGTCCCGCTAATACTATGGGTATGCGCCCCGGTGTTATTCGTGGATTTGGTTCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTCCGTCCCCAAATCCGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTGGGTGTGCGATTTAATGCCGTc < 2:1755094/140‑1 (MQ=255) tttGCGGTCCCGCTAATACTATGGGAATGCCCCCCGGTGTAAATCGTGGATTTGGTTCCGTAAGCAAACGACGAAGAGGATTCCGTCCCCAAAGACCTCCTGGAGGCGCTGGCGGGCGCTGTGTGCGACTTAATgaagac > 2:1907573/1‑135 (MQ=255) tGCGGTCCCGCTAATACTATGGGTATGCGCCCCGGTGTTATTCGTGGATTTAGTGCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTTCGTCCCCAAATCTGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTGGGTATGCGATTTAATGCCGTCCt > 2:785802/1‑140 (MQ=11) ggTCCCGCTAATACTATGGGTATGCGCCCCGGTGTTATTCGTGGATTTGGTTCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTCCGTCCCCAAATCCGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTGGGTGTGCGATTTAATGCCGTCCTGtt > 2:1815208/1‑140 (MQ=255) ggTCCCGCTAATACTATGGGTATGCGCCCCGGTGTTATTCGTGGATTTAGTGCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTTCGTCCCCAAATCTGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTGGGTATGCGATTTAATGCCGTCCTGtt < 1:1564964/140‑1 (MQ=11) 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tGCGCCCCGGTGTTATTCGTGGATTTGGTTCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTCCGTCCCCAAATCCGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTGGGTGTGCGATTTAATGCCGTCCTGTTCCTGAGATAATACGGCCCGAcc > 1:552560/1‑140 (MQ=255) tGCGCCCCGGTGTTATTCGTGGATTTGGTTCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTCCGTCCCCAAATCCGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTGGGTGTGCGATTTAATGCCGTCCTGTTCCTGAGATAATACGGCCCGAcc > 1:1920989/1‑140 (MQ=255) tgcCCCGGTGTTATTCGTGGATTTAGTGCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTCCGTCCCCAAATCCGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTGGGTGTGCGATTTAATGCCGTCCTGTTCCTGAGATAATACGGCCCGACCAc > 2:804429/2‑140 (MQ=16) cgcCCCGGTGTTATTCGTGGATTTGGTTCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTCCGTCCCCAAATCCGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTGGGTGTGCGATTTAATGCCGTCCTGTTCCTGAGATAATACGGCCCGACCAc > 1:1902367/1‑140 (MQ=255) cccGGTGTTATTGGTGGTTTTGGTTCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTCCGTCCCCAAATACGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTGGGTGTGCGATTTAATGCCGTCCTGTTCCTGAGATAATACGGCCCGACCACTgg < 1:1908928/140‑1 (MQ=255) cccGGTGTTATTCGTGTATTTGGTTCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTCCGTCCCCAAATCAGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTGGGTGTGCGATTTAATGCCGTCCTGTTCCTGAGATAATACGGCCCGACCACTgg < 1:138786/140‑1 (MQ=255) cccGGTGTTATTCGTGGATTTGGTTCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTCCGTCCCCAAATACGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTGGGTGTGCGATTTAATGCCGTCCTGTTCCTGAGATAATACGGCCCGACCACTgg < 1:1908967/140‑1 (MQ=255) ccGGTGTTATTCGTGGATTTGGTTCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTCCGTCCCCAAATCCGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTGGGTGTGCGATTTAATGCCGTCCTGTTCCTGAGATAATACGGCCCGACCACTGGc > 2:1913473/1‑140 (MQ=255) cGGTGTTATTCGTGGATTTGGTTCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTCCGTCCCCAAATCCGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTGGGTGTGCGATTTAATGCCGTCCTGTTCCTGAGATAATACGGCCCGACCACTGGCg > 1:465464/1‑140 (MQ=255) cGGTGTTATTCGTGGATTTGGTTCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTCCGTCCCCAAATCCGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTGGGTGTGCGATTTAATGCCGTCCTGTTCCTGAGATAATACGGCCCGACCACTGGCg > 2:392812/1‑140 (MQ=255) tgtTATTCGTGGATTTGGTTCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTCCGTCCCCAAATCCGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTGGGTGTGCGATTTAATGCCGTCCTGTTCCTGAGATAATACGGCCCGACCACTGGCGGGc < 1:1671438/140‑1 (MQ=255) tgtTATTCGTGGATTTGGTTCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTCCGTCCCCAAATCCGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTGGGTGTGCGATTTAATGCCGTCCTGTTCCTGAGATAATACGGCCCGACCACTGGCGGGc < 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ggATTTGGTTCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTCCGTCCCCAAATCCGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTGGGTGTGCGATTTAATGCCGTCCTGTTCCTGAGATAATACGGCCCGACCACTGGCGGGCTTGCCCTTac < 1:788701/140‑2 (MQ=255) ggATTTGGTTCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTCCGTCCCCAAATCCGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTGGGTGTGCGATTTAATGCCGTCCTGTTCCTGAGATAATACGGCCCGACCACTGGCGGGCTTGCCCTTaa < 2:364651/140‑1 (MQ=255) ggATTTGGTTCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTCCGTCCCCAAATCCGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTGGGTGTGCGATTTAATGCCGTCCTGTTCCTGAGATAATACGGCCCGACCACTGGCGGGCTTGCCCTTaa > 1:1469657/1‑140 (MQ=255) ggATTTGGTTCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTCCGTCCCCAAATCCGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTGGGTGTGCGATTTAATGCCGTCCTGTTCCTGAGATAATACGGCCCGACCACTGGCGGGCTTGCCCTTaa > 2:1371964/1‑140 (MQ=255) cGTAATCAAACGACGATGTGGTTTCCGTCCCCAAATCCGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTGGGTGTGCGATTTAATGCCGTCCTGTTCCTGAGATAATACGGCCCGACCACTGGCGGGCTTGCCCTTAATCGTCCAGCCa > 2:495424/1‑140 (MQ=255) tAATCAAACGACGATGTGGTTTCCGTCCCCAAATCCGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTGGGTGTGCGATTTAATGCCGTCCTGTTCCTTAGATAATACGGCCCGACCACTGGCGGGCTTGCCCTTAATCGTCCAGCCACg > 2:495331/1‑140 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2:564959/1‑140 (MQ=255) cAAACGACGATGTGGTTTCCGTCCCCAAATCCGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTGGGTGTGCGATTTAATGCCGTCCTGTTCCTGAGATAATACGGCCCGACCACTGGCGGGCTTGCCCTTAATCGTCCAGCCACGCata > 2:1141236/1‑140 (MQ=255) cAAACGACGATGTGGTTTCCGTCCCCAAATCCGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTGGGTGTGCGATTTAATGCCGTCCTGTTCCTGAGATAATACGGCCCGACCACTGGCGGGCTTGCCCTTAATCGTCCAGCCACGCata > 2:1139086/1‑140 (MQ=255) cAAACGACGATGTGGTTTCCGTCCCCAAATCCGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTGGGTGTGCGATTTAATGCCGTCCTGTTCCTGAGATAATACGGCCCGACCACTGGCGGGCTTGCCCTTAATCGTCCAGCCACGCata > 2:810665/1‑140 (MQ=255) cAAACGACGATGTGGTTTCCGTCCCCAAATCCGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTGGGTGTGCGATTTAATGCCGTCCTGTTCCTGAGATAATACGGCCCGACCACTGGCGGGCTTGCCCTTAATCGTCCAGCCACGCata > 2:132885/1‑140 (MQ=255) cAAACGACGATGTGGTTTCCGACCCCAAATCCGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTGGGTGTGCGATTTAATGCCGTCCTGTTCCTGAGATAATACGGCCCGACCACTGGCGGGCTTGCCCTTAATCGTCCAGCCACGCata > 2:103095/1‑140 (MQ=255) aaaCGACGATGTGCTTTCCGTCCCCAAATCCGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTGGGTGTGCGATTTATTGCCGTCCTGTTCCTGAGATAATACGGCCCGACCACTGGAGGGCTTGCCCTTAATCGTCCAGCCACGCatat > 2:1641019/1‑140 (MQ=255) acgacgTTGAGGTTTCCCTCTACAAATCCTTACTGGATGAGCTGGCTCTGAGTGTGTTCGATTTAATGCCGTCCTGTTCCTTAGATAATACGGCCCGACCAATGGCGGGCTTGCCCTTAATCGTCCAGCCACGCATATCa < 2:1904290/140‑1 (MQ=14) acgacgATGTGGTTTCCGTCCCCAAATCCGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTGGGTGTGCGATTTAATGCCGTCCTGTTCCTGAGATAATACGGCCCGACCACTGGCGGGCTTGCCCTTAATCGTCCAGCCACGCATATCa > 2:387059/1‑140 (MQ=255) aTGTGGTTTCCGTCCCCAAATCCGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTGGGTGTGCGATTTAATGCCGTCCTGTTCCTGAGATAATACGGCCCGACCACTGGCGGGCTTGCCCTTAATCGTCCAGCCACGCATATCAGGGATc > 1:1306646/1‑140 (MQ=255) ccGTCCCCAAATCCGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTGGGTGTGCGATTTAATGCCGTCCTGTTCCTGAGATAATACGGCCCGACCACTGGCGGGCTTGCCCTTAATCGTCCAGCCACGCATATCAGGGATCACGCCTGAc < 1:980654/140‑1 (MQ=255) ccGTCCCCAAATCCGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTGGGTGTGCGATTTAATGCCGTCCTGTTCCTGAGATAATACGGCCCGACCACTGGCGGGCTTGCCCTTAATCGTCCAGCCACGCATATCAGGGATCACGCCTGAc < 1:1305013/140‑1 (MQ=255) | GCCACCAAATGCACCGGAACTCTTGTGTTGGTGCGCACCGGCACTATTTGCGGTCCCGCTAATACTATGGGTATGCGCCCCGGTGTTATTCGTGGATTTGGTTCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTCCGTCCCCAAATCCGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTGGGTGTGCGATTTAATGCCGTCCTGTTCCTGAGATAATACGGCCCGACCACTGGCGGGCTTGCCCTTAATCGTCCAGCCACGCATATCAGGGATCACGCCTGAC > NC_000913/1635194‑1635461 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |