| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,147,021 | T→C | 94.6% | M174V (ATG→GTG) | alkA ← | 3‑methyl‑adenine DNA glycosylase II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,147,021 | 0 | T | C | 94.6% | 329.9 / 6.3 | 93 | M174V (ATG→GTG) | alkA | 3‑methyl‑adenine DNA glycosylase II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/3); new base C (43/44); total (46/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
CAGCGCCCGATACCCGGAAAAGTTTGCAGCGTTTTCATCGCCTGCTCCACATCGCCCGGTATTGTCATTGGTAAGGTGCCCTCCAGCGCCGCATTTGCCAGATGAATCAGCGCCTCTGCCCGTTTCAACGGCATACCTAACGCTTTTAATGCCTGCGGGTCTGCTGCTGCCAGCCGCTGAGGCGTCGGGAAGCAGATATACTCCGGAAAATCATCCAGCCGTTCGCCATAAAGCTGTGCCACTCTGGCGGTCAATTTTGCCGCC > NC_000913/2146888‑2147151 | cAGCGCCCGATCCCCGGAAAAGTTTGCAGCGTTTTCATCGCCTGCTCCACATCGCCCGGTATTGTCATTGGTAAGGTGCCCTCCAGCGCCGCATTTGCCAGATGAATCAGCGCCTCTGCCCGTTTCAACGGCACACCTaa < 1:957024/140‑1 (MQ=255)cAGCGCCCGATACCCGGAAAAGTTTGCAGCGTTTTCATCGCCTGCTCCACATCGCCCGGTATTGTCATTGGTAAGGTGCCCTCCAGCGCCGCATTTGCCAGATGAATCAGCGCCTCTGCCCGTTTCAACGGCACACCTaa < 2:1762754/140‑1 (MQ=255)cAGCGCCCGATACCCGGAAAAGTTTGCAGCGTTTTCATCGCCTGCTCCACATCGCCCGGTATTGTCATTGGTAAGGTGCCCTCCAGCGCCGCATTTGCCAGATGAATCAGCGCCTCTGCCCGTTTCAACGGCACACCTaa < 1:958694/140‑1 (MQ=255) gcgcCCGATACCCGGAATAGTTTGCAGCGTTTTCTTCGCCTGCTCCACATCGCCCGGTATTGTCTTTGGTAAGGTGCCCTCCAGCGCCGCATTTGCCAGATGAATCAGCGCCTCTGCCCGTTTCAACGGCACACCTAACg < 2:1652338/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ccGGAAAAGTTTGCAGCGTTTTCATCGCCTGCTCCACATCGCCCGGTATTGTCATTGGTAAGGTGCCCTCCAGCGCCGCATTTGCCAGATGAATCAGCGCCTCTGCCCGTTTCAACGGCACACCTAACGCTTTTAATGcc < 1:1725364/140‑1 (MQ=255) ccGGAAAAGTTTGCAGCGTTTTCATCGCCTGCTCCACATCGCCCGGTATTGTCATTGGTAAGGTGCCCTCCAGCGCCGCATTTGCCAGATGAATCAGCGCCTCTGCCCGTTTCAACGGCACACCTAACGCTTTTAATGcc < 1:794569/140‑1 (MQ=255) ggAAAAGTTTGCAGCGTTTTCATCGCCTGCTCCACATCGCCCGGTATTGTCATTGGTAAGGTGCCCTCCAGCGCCGCATTTGCCAGATGAATCAGCGCCTCTGCCCGTTTCAACGGCATACCTAACGCTTTTAATGCCTg < 1:1036579/140‑1 (MQ=255) ttGCAGCGTTTTCATCGCCTGCTCCACATCGCCCGGTATTGTCATTGGTAAGGTGCCCTCCAGCGCCGCATTTGCCAGATGAATCAGCGCCTCTGCCCGTTTCAACGGCACACCTAACGCTTTTAATGCCTGCGGGTctg < 1:379824/140‑1 (MQ=255) ttGCAGCGTTTTCATCGCCTGCTCCACAACGCCCGGTATTGTCATTGGTAATGTGCCCTCCAGCGCCGCAAATGCCAGAAGAATCAGCGCCTCTGCCCGTTTCAACGGCAAACCTAACGCTTTTAATGCCTGCGGGTctg > 1:438911/1‑140 (MQ=255) ttttCATCGCCTGCTCCACATCGCCCGGTATTGTCATTGGTAAGGTGCCCTCCAGCGCCGCATTTGCCAGATGAATCAGCGCCTCTGCCCGTTTCAACGGCACACCTAACGCTTTTAATGCCTGCGGGTCTGCTGCTGcc > 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< 2:1283674/140‑1 (MQ=255) cGCCCGGTATTGTCATTGGTAAGGTGCCCTCCAGCGCCGCATTTGCCAGATGAATCAGCGCCTCTGCCCGTTTCAACGGCACACCTAACGCTTTTAATGCCTGCGGGTCTGCTGCTGCCAGCCGCTGAGGCGTCGGGAAg < 1:756519/140‑1 (MQ=255) cGCCCGGTATTGTCATTGGTAAGGTGCCCTCCAGCGCCGCATTTGCCAGATGAATCAGCGCCTCTGCCCGTTTCAACGGCACACCTAACGCTTTTAATGCCTGCGGGTCTGCTGCTGCCAGCCGCTGAGGCGTCGGGAAg < 1:600038/140‑1 (MQ=255) cGCCCGGTATTGTCATTGGTAAGGTGCCCTCCAGCGCCGCATTTGCCAGATGAATCAGCGCCTCTGCCCGTTTCAACGGCACACCTAACGCTTTTAATGCCTGCGGGTCTGCTGCTGCCAGCCGCTGAGGCGTCGGGAAg < 1:599827/140‑1 (MQ=255) cccGGTATTGTCATTGGTAAGGTGCCCTCCAGCGCCGCATTTGCCAGATGAATCAGCGCCTCTGCCCGTTTCAACGGCACACCTAACGCTTTTAATGCCTGCGGGTCTGCTGCTGCCAGCCGCTGAGGCGTCGGGAAGCa > 1:217190/1‑140 (MQ=255) cccGGTATTGTCATTGGTAAGGTGCCCTCCAGCGCCGCATTTGCCAGATGAATCAGCGCCTCTGCCCGTTTCAACGGCACACCTAACGCTTTTAATGCCTGCGGGTCTGCTGCTGCCAGCCGCTGAGGCGTCGGGAAGCa > 1:1890192/1‑140 (MQ=255) tATTGTCATTGGTAAGGTGCCCTCCAGCGCCGCATTTGCCAGATGAATCAGCGCCTCTGCCCGTTTCAACGGCACACCTAACGCTTTTAATGCCTGCGGGTCTGCTGCTGCCAGCCGCTGAGGCGTCGGGAAGCAGatat > 1:1004979/1‑140 (MQ=255) tATTGTCATTGGTAAGGTGCCCTCCAGCGCCGCATTTGCCAGATGAATCAGCGCCTCTGCCCGTTTCAACGGCACACCTAACGCTTTTAATGCCTGCGGGTCTGCTGCTGCCAGCCGCTGAGGCGTCGGGAAGCAGatat > 1:238731/1‑140 (MQ=255) tATTGTCATTGCTAAGGTCCCCTCCAGCGCCGCATTTGCCAGAAGAAACAGCGCCTCTGCCCGTTTCAACGCCACACCAAACGCTTTTAAAGCCTCCGCGTCTGCTGCTGCCAGCCTCTCTGGCGTCGCGAAGCAGataa > 2:1026970/1‑139 (MQ=255) ttGGTAAGGTGCCCTCCAGCGCCGCATTTGCCAGATGAATCAGCGCCTCTGCCCGTTTCAACGGCACACCTAACGCTTTTAATGCCTGCGGGTCTGCTGCTGCCAGCCGCTGAGGCGTCGGGAAGCAGATATACTCCGGa > 2:434224/1‑140 (MQ=255) ttGGTAAGGTGCCCTCCAGCGCCGCATTTGCCAGATGAATCAGCGCCTCTGCCCGTTTCAACGGCACACCTAACGCTTTTAATGCCTGCGGGTCTGCTGCTGCCAGCCGCTGAGGCGTCGGGAAGCAGATATACTCCGGa > 2:434223/1‑140 (MQ=255) ggTAAGGTGCCCTCCAGCGCCGCATTTGCCAGATGAATCAGCGCCTCTGCCCGTTTCAACGGCACACCTAACGCTTTTAATGCCTGCGGGTCTGCTGCTGCCAGCCGCTGAGGCGTCGGGAAGCAGATATACTCCGGaaa > 1:452007/1‑140 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> 2:74227/1‑140 (MQ=255) gCCAGATGAATCAGCGCCTCTGCCCGTTTCAACGGCACACCTAACGCTTTTAATGCCTGCGGGTCTGCTGCTGCCAGCCGCTGAGGCGTCGGGAAGCAGATATACTCCGGAAAATCATCCAGCCGTTCGCCATAAAGCtg > 1:372751/1‑140 (MQ=255) cAGATGAATCAGCGCCTCTGCCCGTTTCAACGGCACACCTAACGCTTTTAATGCCTGCGGGTCTGCTGCTGCCAGCCGCTGAGGCGTCGGGAAGCAGATATACTCCGGAAAATCATCCAGCCGTTCGCCATAAAGCtgtg < 2:545200/140‑1 (MQ=255) aTGAATCAGCGCCTCTGCCCGTTTCAACGGCACACCTAACGCTTTTAATGCCTGCGGGTCTGCTGCTGCCAGCCGCTGAGGCGTCGGGAAGCAGATATACTCCGGAAAATCATCCAGCCGTTCGCCATAAAGCTGTGCCa > 1:850224/1‑140 (MQ=255) tCAGCGCCTCTGCCCGTTTCAACGGCACACCTAACGCTTTTAATGCCTGCGGGTCTGCTGCTGCCAGCCGCTGAGGCGTCGGGAAGCAGAGATACTCCGGAAAATCATCCAGCCGTTCGCCATAAAGCTGTGCCActctt > 2:433110/1‑139 (MQ=255) gcgcCTCTGCCCGTTTCAACGGCACACCTAACGCTTTTAATGCCTGCGGGTCTGCTGCTGCCAGCCGCTGAGGCGTCGGGAGGCAGATATACTCCGGAAAATCATCCAGCCGTTCGCCATAAAGCTGTGCCACTCTGGCg < 1:330296/140‑1 (MQ=255) gcgcCTCTGCCCGTTTCAACGGCACACCTAACGCTTTTAATGCCTGCGGGTCTGCTGCTGCCAGCCGCTGAGGCGTCGGGAAGCAGATATACTCCGGAAAATCATCCAGCCGTTCGCCATAAAGCTGTGCCACTCTGGCg < 2:1740649/140‑1 (MQ=255) ctGCCCGTTTCAACGGCACACCTAACGCTTTTAATGCCTGCGGGTCTGCTGCTGCCAGCCGCTGAGGCGTCGGGAAGCAGATATACTCCGGAAAATCATCCAGCCGTTCGCCATAAAGCTGTGCCACTCTGGCGGTCAAt > 1:322205/1‑140 (MQ=255) ctGCCCGTTTCAACGGCACACCTAACGCTTTTAATGCCTGCGGGTCTGCTGCTGCCAGCCGCTGAGGCGTCGGGAAGCAGATATACTCCGGAAAATCATCCAGCCGTTCGCCATAAAGCTGTGCCACTCTGGCGGTCAAt > 1:319358/1‑140 (MQ=255) ttCAACGGCACACCTACCGCTTTTAATGCCTGCGGGTCTGCTGCTGCCAGCCGCTGAGGCGTCGGGAAGCAGATATACTCCGGAAAATCATCCAGCCGTTCGCCATAAAGCTGTGCCACTCTGGCGGTCAATTTTgccgc < 2:1530753/140‑1 (MQ=255) ttCAACGGCACACCTAACGCTTTTAATGCCTGCGGGTCTGCTGCTGCCAGCCGCTGAGGCGTCGGGAAGCAGATATACTCCGGAAAATCATCCAGCCGTTCGCCATAAAGCTGTGCCACTCTGGCGGTCAATTTTgccgc > 2:1505549/1‑140 (MQ=255) ttCAACGGCACACCTAACGCTTTTAATGCCTGCGGGTCTGCTGCTGCCAGCCGCTGAGGCGTCGGGAAGCAGATATACTCCGGAAAATCATCCAGCCGTTCGCCATAAAGCTGTGCCACTCTGGCGGTCAATTTTgccgc < 2:1485396/140‑1 (MQ=255) ttCAACGGCACACCTAACGCTTTTAATGCCTGCGGGTCTGCTGCTGCCAGCCGCTGAGGCGTCGGGAAGCAGATATACTCCGGAAAATCATCCAGCCGTTCGCCATAAAGCTGTGCCACTCTGGCGGTCAATTTTgccgc > 1:1525366/1‑140 (MQ=255) ttCAACGGCACACCTAACGCTTTTAATGCCTGCGGGTCTGCTGCTGCCAGCCGCTGAGGCGTCGGGAAGCAGATATACTCCGGAAAATCATCCAGCCGTTCGCCATAAAGCTGTGCCACTCTGGCGGTCAATTTTgccgc < 2:781945/140‑1 (MQ=255) ttCAACGGCACACCTAACGCTTTTAATGCCTGCGGGTCTGCTGCTGCCAGCCGCTGAGGCGTCGGGAAGCAGATATACTCCGG‑AAATCATCCAGCCGTTCGCCATAAAGCTGTGCCACTCTGGCGGTCAATTTTgccgcc > 2:793692/1‑140 (MQ=255) | CAGCGCCCGATACCCGGAAAAGTTTGCAGCGTTTTCATCGCCTGCTCCACATCGCCCGGTATTGTCATTGGTAAGGTGCCCTCCAGCGCCGCATTTGCCAGATGAATCAGCGCCTCTGCCCGTTTCAACGGCATACCTAACGCTTTTAATGCCTGCGGGTCTGCTGCTGCCAGCCGCTGAGGCGTCGGGAAGCAGATATACTCCGGAAAATCATCCAGCCGTTCGCCATAAAGCTGTGCCACTCTGGCGGTCAATTTTGCCGCC > NC_000913/2146888‑2147151 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |