| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,423,531 | T→G | 6.6% | noncoding (12/120 nt) | rrfF ← | 5S ribosomal RNA of rrnD operon |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,423,531 | 0 | T | G | 6.6% | 315.9 / 13.3 | 109 | noncoding (12/120 nt) | rrfF | 5S ribosomal RNA of rrnD operon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (45/56); new base G (2/5); total (47/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.80e-01 | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
TCCGACTGAGCCTTTTGTTTTATTTGATGTCTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGGGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCTACGGCGTTTCACTTCTGAGTTCGGCATGGGGTCAGGTGGGACCACCGCGCTACTGCCGCCAGACAAATTCTTTTCTAATCTGCCGAACTTTAACCTAAAAAGTGGTGCTGATACCCAGAGTCGAACTGGGGACCTCACCCTTACCAAGGGTGCGCTCTACCAACTGAGCCATATCAGCACGCTAAATTTG > NC_000913/3423397‑3423667 | tCCGACTGAGCCTTTTGTTTTATTTGATGTCTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGGGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCTACGGCGTTTCACTTCTGAGTTCGGCATGGGGTCAGGTGGGACCACCGCGCTACTgccgc < 1:1561118/140‑1 (MQ=37)tCCGACTGAGCCTTTTGTTTTATTTGATGTCTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGGGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCTACGGCGTTTCACTTCTGAGTTCGGCATGGGGTCAGGTGGGACCACCGCGCTACGgccgc < 1:496910/140‑1 (MQ=37) cTGAGCCTTTTGTTTTATTTGATGTCTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGGGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCTACGGCGTTTCACTTCTGAGTTCGGCATGGGGTCAGGTGGGACCACCGCGCTACTGCCGCCAGAc < 1:1187937/140‑1 (MQ=37) gAGCCTTTTGTTTTATTTGATGTCTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGGGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCTACGGCGTTTCACTTCTGAGTTCGGCATGGGGTCAGGTGGGACCACCGCGCTACGGCCGCCAGGCaa > 1:1022893/1‑140 (MQ=17) 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ctcGCATGGGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCTACGGCGTTTCACTTCTGAGTTCGGCATGGGGTCAGGTGGGACCACCGCGCTACTGCCGCCAGACAAATTCTTTTCTAATCTGCCGAACTTTAACCTAAAAAgtgg < 1:993851/140‑1 (MQ=255) tcGCATGGGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCTACGGCGTTTCACTTCTGAGTTCGGCATGGGGTCAGGTGGGACCACCGCGCTACTGCCGCCAGGCAAATTCTTTTCTAATCTGCCGAACTTTAACCTAAAAAgtggt > 1:1341/1‑140 (MQ=255) cGCATGGGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCTACGGCGTTTCACTTCTGAGTTCGGCATGGGGTCAGGTGGGACCACCGCGCTACTGCCGCCAGACAAATTCTTTTCTAATCTGCCGAACTTTAACCTAAAAAgtggtg < 1:714701/140‑1 (MQ=255) cGCATGGGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCTACGGCGTTTCACTTCTGAGTTCGGCATGGGGTCAGGTGGGACCACCGCGCTACTGCCGCCAGACAAATTCTTTTCTAATCTGCCGAACTTTAACCTAAAAAgtggtg < 2:723018/140‑1 (MQ=255) gCATGGGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCTACGGCGTTTCACTTCTGAGTTCGGCATGGGGTCAGGTGGGACCACCGCGCTACTGCCGCCAGACAAATTCTTTTCTAATCTGCCGAACTTTAACCTAAAAAGTGGTGc > 1:1649454/1‑140 (MQ=255) aTGGGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCTACGGCGTTTCACTTCTGAGTTCGGCATGGGGTCAGGTGGGACCACCGCGCTACTGCCGCCAGACAAATTCTTTTCTAATCTGCCGAACTTTAACCTAAAAAGTGGTGCTg < 2:1037091/140‑1 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2:1657140/1‑140 (MQ=255) aCCCCACACTACCATCGGCGCTACGGCGTTTCACTTCTGAGTTCGGCATGGGGTCAGGTGGGACCACCGCGCTACTGCCGCCAGACAAATTCTTTTCTAATCTGCCGAACTTTAACCTAAAAAGTGGTGCTGATACCCag < 1:8210/140‑1 (MQ=255) aCCCCACACTACCATCGGCGCTACGGCGTTTCACTTCTGAGTTCGGCATGGGGTCAGGTGGGACCACCGCGCTACTGCCGCCAGACAAATTCTTTTCTAATCTGCCGAACTTTAACCTAAAAAGTGGTGCTGATACCCag < 1:8022/140‑1 (MQ=255) cccACACTACCATCGGCGCTACGGCGTTTCACTTCTGAGTTCGGCATGGGGTCAGGTGGGACCACCGCGCTACTGCCGCCAGACAAATTCTTTTCTAATCTGCCGAACTTTAACCTAAAAAGTGGTGCTGATACCCagag < 2:545447/140‑1 (MQ=255) cccACACTACCATCGGCGCTACGGCGTTTCACTTCTGAGTTCGGCATGGGGTCAGGTGGGACCACCGCGCTACTGCCGCCAGACAAATTCTTTTCTAATCTGCCGAACTTTAACCTAAAAAGTGGTGCTGATACCCagag > 1:72177/1‑140 (MQ=255) cccACACTACCATCGGCGCTACGGCGTTTCACTTCTGAGTTCGGCATGGGGTCAGGTGGGACCACCGCGCTACTGCCGCCAGACAAATTCTTTTCTAATCTGCCGAACTTTAACCTAAAAAGTGGTGCTGATACCCagag < 1:460160/140‑1 (MQ=255) acacTACCATCGGCGCTACGGCGTTTCACTTCTGAGTTCGGCATGGGGTCAGGTGGGACCACCGCGCTACTGCCGCCAGACAAATTCTTTTCTAATCTGCCGAACTTTAACCTAAAAAGTGGTGCTGATACCCAGAGTCg < 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1:445286/140‑1 (MQ=255) cATGGGGTCAGGTGGGACCACCGCGCTACTGCCGCCAGACAAATTCTTTTCTAATCTGCCGAACTTTAACCTAAAAAGTGGTGCTGATACCCAGAGTCGAACTGGGGACCTCACCCTTACCAAGGGTGCGCTCTACCAAc < 2:682629/140‑1 (MQ=255) gggACCACAGCGCTACCGCCGCCAGACAAAGTCTTTTCTCATCTGCCGAACTTAAACCTAACAAGTGGAGCTGATACCCTGAGTCGAACTGGGGACCTCACCCTTACCACGGGTGCGCTATACCAACTGAGCCATAACAg < 2:1516282/140‑1 (MQ=255) gACCACCGCGCTACTGCCGCCAGACAAATTCTTTTATAATCTGCCGAACGTTATACTAAAAATTTGAGGTGAAACCCTGAGTATATATTCTCACCACACCCTAACCCAGGGTGCGCTCTAGCATCAGAGACatttaagat > 2:425208/1‑133 (MQ=255) accaccGCGCTACTGCCGCCAGACAAATTCTTTTCTAATCTGCCGAACTTTAACCTAAAAAGTGGTGCTGATACCCAGAGTCGAACTGGGGACCTCACCCTTACCAAGGGTGCGCTCTACCAACTGAGCCATATCAGCAc < 2:1825/140‑1 (MQ=255) caccGCGCTACTGCCGCCAGGCAAATTCTTTTCTAATCTGCCGAACTTTAACCTAAAAAGTGGTGCTGATACCCAGAGTCGAACTGGGGACCTCACCCTTACCAAGGGTGCGCTCTACCAACTGAGCCATATCAGCACGc < 2:1341/140‑1 (MQ=255) accGCGCTACGGCCGCCAGGCAAATTCTTTTCTAATCTGCCGAACTTTAACCTAAAAAGTGGTGCTGATACCCAGAGTCGAACTGGGGACCTCACCCTTACCAAGGGTGCGCTCTACCAACTGAGCCATATCAGCACGCt < 1:1289309/140‑1 (MQ=255) ccGCGCTACTGCCGCCAGGCAAATTCTTTTCTAATCTGCCGAACTTTAACCTAAAAAGTGGTGCTGATACCCAGAGTCGAACTGGGGACCTCACCCTTACCAAGGGTGCGCTCTACCAACTGAGCCATATCAGCACGCTa < 1:1603209/140‑1 (MQ=255) cgcgCTACTGCCGCCAGACAAATTCTTTTCTAATCTGCCGAACTTTAACCTAAAAAGTGGTGCTGATACCCAGAGTCGAACTGGGGACCTCACCCTTACCAAGGGTGCGCTCTACCAACTGAGCCATATCAGCACGCTaa > 1:464168/1‑140 (MQ=255) cgcgCTACTGCCGCCAGACAAATTCTTTTCTAATCTGCCGAACTTTAACCTAAAAAGTGGTGCTGATACCCAGAGTCGAACTGGGGACCTCACCCTTACCAAGGGTGCGCTCTACCAACTGAGCCATATCAGCACGCTaa > 1:132936/1‑140 (MQ=255) cgcgCTACTGCCGCCAGACAAATTCTTTTCTAATCTGCCGAACTTTAACCTAAAAAGTGGTGCTGATACCCAGAGTCGAACTGGGGACCTCACCCTTACCAAGGGTGCGCTCAACCAACTGAGCCATATCAGCACGCTaa > 1:883494/1‑140 (MQ=255) cgcgCTACTGCCGCCAGACAAATTCTTTTCTAATCTGCCGAAATTTAACCTAAAAAGTGGTGCTGATACCCAGAGTCGAACTGGGGACCTCACCCTTACCAAGGGTGCGCTCTACCAACTGAGCCATATCAGCACGCTaa > 1:653173/1‑140 (MQ=255) tACTGCCGCCAGACAAATTCTTTTCTAATCTGCCGAACTTTAACCTAAAAAGTGGTGCTGATACCCAGAGTCGAACTGGGGACCTCACCCTTACCAAGGGTGCGCTCTACCAACTGAGCCATATCAGCACGCTAAATTTg < 1:1800853/140‑1 (MQ=255) tACTGCCGCCAGACAAATTCTTTTCTAATCTGCCGAACTTTAACCTAAAAAGTGGTGCTGATACCCAGAGTCGAACTGGGGACCTCACCCTTACCAAGGGTGCGCTCTACCAACTGAGCCATATCAGCACGCTAAATTTg < 2:1681615/140‑1 (MQ=255) tACTGCCGCCAGACAAATTCTTTTCTAATCTGCCGAACTTTAACCTAAAAAGTGGTGCTGATACCCAGAGTCGAACTGGGGACCTCACCCTTACCAAGGGTGCGCTCTACCAACTGAGCCATATCAGCACGCTAAATTTg < 2:1302410/140‑1 (MQ=255) | TCCGACTGAGCCTTTTGTTTTATTTGATGTCTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGGGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCTACGGCGTTTCACTTCTGAGTTCGGCATGGGGTCAGGTGGGACCACCGCGCTACTGCCGCCAGACAAATTCTTTTCTAATCTGCCGAACTTTAACCTAAAAAGTGGTGCTGATACCCAGAGTCGAACTGGGGACCTCACCCTTACCAAGGGTGCGCTCTACCAACTGAGCCATATCAGCACGCTAAATTTG > NC_000913/3423397‑3423667 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |