| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,635,235 | T→G | 5.1% | L132R (CTG→CGG) | yhiM → | acid resistance protein, inner membrane |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,635,235 | 0 | T | G | 5.1% | 291.4 / 5.0 | 98 | L132R (CTG→CGG) | yhiM | acid resistance protein, inner membrane |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (48/44); new base G (2/3); total (51/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.71e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CACCATGATATGGGGTTGGGCACTGTTAGCAGGCAATGATGTGATGGCAGACGAGTTTGTCGCCGGCCATGTTATTTTCGGCGTTGGTATGATTGCCGCCTGTGTATCGACGGTGGCAGCGTCATCCGGTCACTTTCTGCTCATTCCCAAAAATGCAGCGGGGAGCAAGAGCGACGGAACACCGGTACAGGCTTATTCTTCATTAATCGGTAACTGCCTCATTGCCGTTCCCGTTTTACTCACCCTGCTCGGTTTCATTTGGTCTATTACG > NC_000913/3635098‑3635368 | cACCATGATATGGGGTTGGGCACTGTTAGCAGGCAATGATGTGATGGCAGACGAGTTTGTCGCCGGCCATGTTATTTTCGGCGTTGGTATGATTGCCGCCTGTGTATCGACGGTGGCAGCGTCATCCGGTCACTTTCTGc > 1:1698624/1‑140 (MQ=255)cACCATGATATGGGGTTGGGCACTGTTAGCAGGCAATGATGTGATGGCAGACGAGTTTGTCGCCGGCCATGTTATTTTCGGCGTTGGTATGATTGCCGCCTGTGTATCGACGGTGGCAGCGACATCCGGGCACTTTATGc > 2:649559/1‑140 (MQ=255) ccATGATATGGGGTTGGGCACTGTTAGCAGGCAATGATGTGATGGCAGACGAGTTTGTCGCCGGCCATGTTATTTTCGGCGTTGGTATGATTGCCGCCTGTGTATCGACGGTGGCAGCGTCATCCGGTCACTTTCTGCTc > 1:1190091/1‑140 (MQ=255) aTGATATTGGGTTGGGCACTGTTAGCAGGCAATTATGTGATGGCAGACGAGTTTGTCGCCGGCCATGTTATTTTCGGCGTTGGTATGATTGCTGCCTGTGTATCGACGGTGGCAGCGTCATCCGGTCACTTTCTGCTCAt > 2:1663899/1‑140 (MQ=255) aTGATATGGGGTTGGGCACTGTTAGCAGGCAATGATGTGATGGCAGACGAGTTTGTCGCCGGCCATGTTATTTTCGGCGTTGGTATGATTGCCGCCTGTGTATCGACGGTGGCAGCGTCATCCGGTCACTTTCTGCTCAt > 2:948900/1‑140 (MQ=255) aTGATATGGGGTTGGGCACTGTTAGCAGGCAATGATGTGATGGCAGACGAGTTTGTCGCCGGCCAGGTTATTTTCGGCGTTGGTATGATTGCCGCCTGTGTATCGACGGTGGCAGCGACATCCGGTCACTTTCTGCTCAt > 2:947411/1‑140 (MQ=255) gATATGGGGTTGGGCACTGTTAGCAGGCAATGATGTGATGGCAGACGAGTTTGTCGCCGGCCATGTTATTTTCGGCGTTGGTATGATTGCCGCCTGTGTATCGACGGTGGCAGCGTCATCCGGTCACTTTCTGCTCATTc > 1:1550258/1‑140 (MQ=255) gATATGGGGTTGGGCACTGTTAGCAGGCAATGATGTGATGGCAGACGAGTTTGTCGCCGGCCATGTTATTTTCGGCGTTGGTATGATTGCCGCCTGTGTATCGACGGTGGCAGCGTCATCCGGTCACTTTCTGCTCATTc > 1:328694/1‑140 (MQ=255) gATATGGGGTTGGGCACTGTTAGCAGGCAATGATGTGATGGCAGACGAGTTTGTCGCCGGCCATGTTATTTTCGGCGTTGGTATGATTGCCGCCTGTGTATCGACGGTGGCAGCGTCATCCGGTCACTTTCCGCTCATTc > 1:707344/1‑140 (MQ=255) atatGGGGTTGGGCACTGTTAGCAGGCAATGATGTGATGGCAGACGAGTTTGTCGCCGGCCATGTTATTTTCGGCGTTGGTATGATTGCCGCCTGTGTATCGACGGTGGCAGCGTCATCCGGTCACTTTCTGCTCATTcc > 2:489603/1‑140 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< 1:769625/140‑1 (MQ=255) cACTGTTAGCAGGCAATGATGTGATGGCAGACGAGTTTGTCGCCGGCCATGTTATTTTCGGCGTTGGTATGATTGCCGCCTGTGTATCGACGGTGGCAGCGTCATCCGGTCACTTTCTGCTCATTCCCAAAAATGCAGCg < 1:1064764/140‑1 (MQ=255) cACTGTTAGCAGGCAATGATGTGATGGCAGACGAGTTTGTCGCCGGCCATGTTATTTTCGGCGTTGGTATGATTGCCGCCTGTGTATCGACGGTGGCAGCGTCATCCGGTCACTTTCTGCTCATTCCCAAAAATGCAGCg < 1:1688401/140‑1 (MQ=255) tGTTAGCAGGCAATGATGTGATGGCAGACGAGTTTGTCGCCGGCCATGTTATTTTCGGCGTTGGTATGATTGCCGCCTGTGTATCGACGGTGGCAGCGTCATCCGGTCACTTTCTGCTCATTCCCAAAAATGCAGCgggg > 1:361947/1‑140 (MQ=255) tGTTAGCAGGCAATGATGTGATGGCAGACGAGTTTGTCGCCGGCCATGTTATTTTCGGCGTTGGTATGATTGCCGCCTGTGTATCGACGGTGGCAGCGTCATCCGGTCACTTTCTGCTCATTCCCAAAAATGCAGCgggg > 1:1387490/1‑140 (MQ=255) tGTTAGCAGGCAATGATGTGATGGCAGACGAGTTTGTCGCCGGCCATGTTATTTTCGGCGTTGGTATGATTGCCGCCTGTGTATCGACGGTGGCAGCGTCATCCGGTCACTTTCTGCTCATTCCCAAAAATGCAGCgggg > 1:41178/1‑140 (MQ=255) tGTTAGCAGGCAATGATGTGATGGCAGACGAGTTTGTCGCCGGCCATGTTATTTTCGGCGTTGGTATGATTGCCGCCTGTGTATCGACGGTGGCAGCGTCATCCGGTCACTTTCTGCTCATTCCCAAAAATGCAGCgggg > 1:395208/1‑140 (MQ=255) tGTTAGCAGGCAATGATGTGATGGCAGACGAGGTTGTCGCCGGACATGTTATTTTCGGCGTTGGTATGATTGCCGCCTGTGTATCGACGGTGGCAGCGTCATCCGGTCACTTTCTGCTCATTCCCAAAAATGCAGCgggg > 2:725942/1‑140 (MQ=255) ttAGCAGGCAATGATGTGATGGCAGACGAGTTTGTCGCCGGCCATGTTATTTTCGGCGTTGGTATGATTGCCGCCTGTGTATCGACGGTGGCAGCGTCATCCGGTCACTTTCGGCTCATTCCCAAAAATGCAGCGGGGAg > 1:251112/1‑140 (MQ=255) ttAGCAGGCAATGATGTGATGGCAGACGAGTTTGTCGCCGGCCATGTTATTTTCGGCGTTGGTATGATTGCCGCCTGTGTATCGACGGTGGCAGCGTCATCCGGTCACTTTCGACTCATTCCCAAAAATGCAGCGGGGAg > 1:251110/1‑140 (MQ=255) tAGCAGGCAATGATGTGATGGCAGACGAGTTTGTCGCCGGCCATGTTATTTTCGGCGTTGGTATGATTGCCGCCTGTGTATCGACGGTGGCAGCGTCATCCGGTCACTTTCTGCTCATTCCCAAAAATGCAGCGGGGAGc < 2:720272/140‑1 (MQ=255) tAGCAGGCAATGATGTGATGGCAGACGAGTTTGTCGCCGGCCATGTTATTTTCGGCGTTGGTATGATTGCCGCCTGTGTATCGACGGTGGCAGCGTCATCCGGTCACTTTCTGCTCATTCCCAAAAATGCAGCGGGGAGc < 2:533712/140‑1 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gatgGCAGACGAGTTTGTCGCCGGCCATGTTATTTTCGGCGTTGGTATGATTGCCGCCTGTGTATCGACGGTGGCAGCGTCATCCGGTCACTTTCTGCTCATTCCCAAAAATGCAGCGGGGAGCAAGAGCGACGGAacac < 1:1429701/140‑1 (MQ=255) cAGACGAGTTTGTCGCCGGCCATGTTATTTTCGGCGTTGGTATGATTGCCGCCTGTGTATCGACGGTGGCAGCGTCATCCGGTCACTTTCTGCTCATTCCCAAAAATGCAGCGGGGAGCAAGAGCGACGGAACACCGGTa < 1:1750948/140‑1 (MQ=255) cAGACGAGTTTGTCGCCGGCCATGTTATTTTCGGCGTTGGTATGATTGCCGCCTGTGTATCGACGGTGGCAGCGTCATCCGGTCACTTTCTGCTCATTCCCAAAAATGCAGCGGGGAGCAAGAGCGACGGAACACCGGTa < 1:1442756/140‑1 (MQ=255) cAGACGAGTTTGTCGCCGGCCATGTTATTTTCGGCGTTGGTATGATTGCCGCCTGTGTATCGACGGTGGCAGCGTCATCCGGTCACTTTCTGCTCATTCCCAAAAATGCAGCGGGGAGCAAGAGCGACGGAACACCGGTa < 1:1671120/140‑1 (MQ=255) cAGACGAGTTTGTCGCCGGCCATGTTATTTTCGGCGTTGGTATGATTGCCGCCTGTGTATCGACGGTGGCAGCGTCATCCGGTCACTTTCGGCTCATTCCCAAAAATGCAGCGGGGAGCAAGAGCGACGGAACACCGGTa < 2:1878114/140‑1 (MQ=255) aGACGAGTTTGTCGCCGGCCATGTTATTTTCGGCGTTGGTATGATTGCCGCCTGTGTATCGACGGTGGCAGCGTCATCCGGTCACTTTCTGCTCATTCCCAAAAATGCAGCGGGGAGCAAGAGCGACGGAACACCGGTAc > 1:817399/1‑140 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(MQ=255) tttCTGCTCATTCCCAAAAATGCAGCGGGGAGCAAGAGCGACgg > 1:1696188/1‑44 (MQ=255) tttCTGCTCATTCCCAAAAATGCAGCGGGGAGCAAGAGCGACgg < 2:1696188/44‑1 (MQ=255) | CACCATGATATGGGGTTGGGCACTGTTAGCAGGCAATGATGTGATGGCAGACGAGTTTGTCGCCGGCCATGTTATTTTCGGCGTTGGTATGATTGCCGCCTGTGTATCGACGGTGGCAGCGTCATCCGGTCACTTTCTGCTCATTCCCAAAAATGCAGCGGGGAGCAAGAGCGACGGAACACCGGTACAGGCTTATTCTTCATTAATCGGTAACTGCCTCATTGCCGTTCCCGTTTTACTCACCCTGCTCGGTTTCATTTGGTCTATTACG > NC_000913/3635098‑3635368 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |