| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,936,327 | C→T | 7.1% | A17V (GCC→GTC) | rbsB → | D‑ribose ABC transporter periplasmic binding protein; ribose chemotaxis receptor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,936,327 | 0 | C | T | 7.1% | 285.3 / 9.3 | 85 | A17V (GCC→GTC) | rbsB | D‑ribose ABC transporter periplasmic binding protein; ribose chemotaxis receptor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (34/45); new base T (3/3); total (37/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.36e-01 | |||||||||||
ACCAGATGATCGTCAAAGCGGTGGTGATTTTGCTGGCGGTGCTGGTAGACAACAAAAAGCAGTAATAACGACTACAGGACATCTTGAATATGAACATGAAAAAACTGGCTACCCTGGTTTCCGCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCGCTGGTGGTCTCCACGCTTAACAACCCGTTCTTTGTATCGCTGAAAGATGGCGCGCAGAAAGAGGCGGATAAACTTGGCTATAACCTGGTGGTGCTGGA > NC_000913/3936189‑3936465 | aCCAGATGATCGTCAAAGCGGTGGTGATTTTGCTGGCGGTGCTGGTAGACAACAAAAAGCAGTAATAACGACTACAGGACATCTTGAATATGAACATGAAAAAACTGGCTACCCTGGTTTCCGCTGTTGCGCTAAGCGcc > 1:1736785/1‑140 (MQ=255) atgatCGTCAAAGCGGTGGTGATTTTGCTGGCGGTGCTGGTAGACAACAAAAAGCAGTAATAACGACTACAGGACATCTTGAATATGAACATGAAAAAACTGGCTACCCTGGTTTCCGCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGt < 2:91415/140‑1 (MQ=255) atgatCGTCAAAGCGGTGGTGATTTTGCTGGCGGTGCTGGTAGACAACAAAAAGCAGTAATAACGACTACAGGACATCTTGAATATGAACATGAAAAAACTGGCTACCCTGGTTTCCGCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGt > 2:892351/1‑140 (MQ=255) atgatCGTCAAAGCGGTGGTGATTTTGCTGGCGGTGCTGGTAGACAACAAAAAGCAGTAATAACGACTACAGGACATCTTGAATATGAACATGAAAAAACTGGCTACCCTGGTTTCCGCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGt > 1:1482572/1‑140 (MQ=255) 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cTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCGCTGGTGGTCTCCACGCTTAACAACCCGTTCGTTGTATCGCTGAAAGATGGCGCGCAGAAAGAGGCGGATAAACGTGGCTATAACCTggtggt > 2:1802525/1‑140 (MQ=255) cgcCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCGCTGGTGGTCTCCACGCTTAACAACCCGTTCTTTGTATCGCTGAAAGATGGCGCGCAGAAAGAGGCGGATAAACTTGGCTATAACCTGGTGGTGCTgg < 1:892351/140‑1 (MQ=255) cgcCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCGCTGGTGGTCTCCACGCTTAACAACCCGTTCTTTGTATCGCTGAAAGATGGCGCGCAGAAAGAGGCGGATAAACTTGGCTATAACCTGGTGGTGCTgg < 2:1117055/140‑1 (MQ=255) cgcCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCGCTGGTGGTCTCCACGCTTAACAACCCGTTCTTTGTATCGCTGAAAGATGGCGCGCAGAAAGAGGCGGATAAACTTGGCTATAACCTGGTGGTGCTgg < 1:230046/140‑1 (MQ=255) cgcCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCGCTGGTGGTCTCCACGCTTAACAACCCGTTCTTTGTATCGCTGAAAGATGGCGCGCAGAAAGAGGCGGATAAACTTGGCTATAACCTGGTGGTGCTgg < 2:1780815/140‑1 (MQ=255) cgcCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCGCTGGAGGTCTCCACGCTTAACAACCCGTTCTTTGTATCGCTGAAAGATGGCGCGCAGAAAGAGGCGGATAAACTTGGCTATAACCTGGTGGTGCTgg > 1:680468/1‑140 (MQ=255) gcCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCGCTGGTGGTCTCCACGCTTAACAACCCGTTCTTTGTATCGCTGAAAGATGGCGCGCAGAAAGAGGCGGATAAACTTGGCTATAACCTGGTGGTGCTGGa < 1:204068/140‑1 (MQ=255) gcCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCGCTGGTGGTCTCCACGCTTAACAACCCGTTCTTTGTATCGCTGAAAGATGGCGCGCAGAAAGAGGCGGATAAACTTGGCTATAACCTGGTGGTGCTGGa < 1:1056495/140‑1 (MQ=255) | ACCAGATGATCGTCAAAGCGGTGGTGATTTTGCTGGCGGTGCTGGTAGACAACAAAAAGCAGTAATAACGACTACAGGACATCTTGAATATGAACATGAAAAAACTGGCTACCCTGGTTTCCGCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCGCTGGTGGTCTCCACGCTTAACAACCCGTTCTTTGTATCGCTGAAAGATGGCGCGCAGAAAGAGGCGGATAAACTTGGCTATAACCTGGTGGTGCTGGA > NC_000913/3936189‑3936465 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |