| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,297,114 | (C)7→8 | coding (531/624 nt) | ccmA ← | heme export ABC transporter ATPase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,297,107 | 1 | . | C | 95.4% | 329.7 / 9.4 | 87 | coding (538/624 nt) | ccmA | heme export ABC transporter ATPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/3); new base C (30/53); total (31/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
GGCGCTATGGCGAAACGCTACACGCAGCTCAAGACGGAAAATGCGCCAGAACATCATGCGGCCCTCGTTTGCGTCAGTGAAATGCGGCGAATTTTACTTTCAGCAACGTTGAGCGGCTGGTGGGTAGTCAGAATCACAAT‑‑CCC‑CCCCTGCTCCGTATGCTGCGCCATACGCTGGGTCAGACGATCGACACCGTTAACGTCAATCGCGGTAAAAGGCTCGTCGAGGATCCATAACGTGGCACGGGTCAGCCACAGACGCGCTAAAGCGACGCG > NC_000913/2296968‑2297239 | ggCGCTATGGCGAAACGCTACACGCAGCTCAAGACGGAAAATGCGCCAGAACATCATGCGGCCCTCGTTTGCGTCAGTGAAATGCGGCGAATTTTACTTTCAGCAACGTTGAGCGGCTGGTGGGTAGTCAGAATCACAAt < 2:1306836/140‑1 (MQ=255) cgcTATGGCGAAACGCTACACGCAGCTCAAGACGGACACTGCCCCAGAACATCATGCGGCACTCGTTTGCGTCAGTGAAATGCGGCGTTTTTTACTTTCAGCAACTTTGAGCGGCTGGTGGGTAGTCAGAATCACAAT‑‑cc < 2:573247/140‑1 (MQ=255) cgcTATGGCGAAACGCTACACGCAGCTCAAGACGGAAAATGCGCCAGAACATCATGCGGCCCTCGTTTGCGTCAGTGAAATGCGGCGAATTTTACTTTCAGCAACGTTGAGCGGCTGGTGGGTAGTCAGAATCACAAT‑‑cc < 1:104141/140‑1 (MQ=255) cgcTATGGCGAAACGCTACACGCAGCTCAAGACGGAAAATGCGCCAGAACATCATGCGGCCCTCGTTTGCGTCAGTGAAATGCGGCGAATTTTACTTTCAGCAACGTTGAGCGGCTGGTGGGTAGTCAGAATCACAAT‑‑cc < 1:1023428/140‑1 (MQ=255) gcTATGGCGAAACGCTACACGCAGCTCAAGACGGAAAATGCGCCAGAACATCATGCGGCCCTCGTTTGCGTCAGTGAAATGCGGCGAATTTTACTTTCAGCAACGTTGAGCGGCTGGTGGGTAGTCAGAATCACAAT‑‑ccc < 1:1664739/140‑1 (MQ=255) tGGCGAAACGCTACTCGCAGCTCAAGACGGAAAATGCGCCAGAACATCATGCGGCCCTCGTTTGCGTCAGTGAAATGCGGCGAATTTTACTTTCATCAACGTTGAGCGGCTGGTGGGTAGTCAGAATCACAAT‑‑ccc‑cccc < 2:1047617/140‑1 (MQ=255) tGGCGAAACGCTACACGCAGCTCAAGACGGAAAATGCGCCAGAACATCATGCGGCCCTCGTTTGCGTCAGTGAAATGCGGCGAATTTTACTTTCAGCAACGTTGAGCGGCTGGTGGGTAGTCAGAATCACAAT‑‑ccc‑cccc < 2:898665/140‑1 (MQ=255) tGGCGAAACGCTACACGCAGCTCAAGACGGAAAATGCGCCAGAACATCATGCGGCCCTCGTTTGCGTCAGTGAAATGCGGCGAATTTTACTTTCAGCAACGTTGAGCGGCTGGTGGGTAGTCAGAATCACAAT‑‑ccc‑cccc < 2:576319/140‑1 (MQ=255) tGGCGAAACGCTACACGCAGCTCAAGACGCAAAATGCGCCAGAACATCATGCGGCCCTCGTTTGCGTCAGTGAAATGCGGCGAATTTTACTTTCAGCAACGTTGAGCGGCTTGTGGGTAGTCAGAATCACAAT‑‑ccc‑cccc < 1:1088796/140‑1 (MQ=255) ggCGAAACGCTACACGCAGCTCAAGACGGAAAATGCGCCAGAACATCATGCGGCCCTCGTTTGCGTCAGTGAAATGCGGCGAATTTTACTTTCAGCAACGTTGAGCGGCTGGTGGGTAGTCAGAATCACAAT‑‑ccc‑ccccc < 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aCGCTACACGCAGCTCAAGACGGAAAATGCGCCAGAACATCATGCGGCCCTCGTTTGCGTCAGTGAAATGCGGCGAATTTTACTTTCAGCAACGTTGAGCGGCTGGTTGGTAGTCAGAATCACAATC‑CCC‑CCCCTGCTcc > 1:1501422/1‑140 (MQ=255) cTACACGCAGCTCAAGACGGAAAATGCGCCAGAACATCATGCGGCCCTCGTTTGCGTCAGTGAAATGCGGCGAATTTTACTTTCAGCAACGTTGAGCGGCTGGTGGGTAGTCAGAATCACTATC‑CCC‑CCCCTGCTCCGTa > 1:871020/1‑140 (MQ=255) cTACACGCAGCTCAAGACGGAAAATGCGCCAGAACATCATGCGGCCCTCGTTTGCGTCAGTGAAATGCGGCGAATTTTACTTTCAGCAACGTTGAGCGGCTGGTGGGTAGTAAGAATCACAATC‑CCC‑CCCCTGCTCCGTa > 1:99944/1‑140 (MQ=255) cacGCAGCTCAAGACGGAAAATGCGCCAGAACATCATGCGGCCCTCGTTTGCGTCAGTGAAATGCGGCGAATTTTACTTTCAGCAACGTTGAGCGGCTGGTGGGTAGTCAGAATCACAAT‑‑CCC‑CCCCTGCTCCGTAtgct < 1:1748395/140‑1 (MQ=255) cacGCAGCTCAAGACGGAAAATGCGCCAGAACATCATGCGGCCCTCGTTTGCGTCAGTGAAATGCGGCGAATTTTACTTTCAGCAACGTTGAGCGGCTGGTGGGTAGTCAGAATCACAAT‑‑CCC‑CCCCTGCTCCGTAtgct < 1:1634990/140‑1 (MQ=255) acGCAGCTCAAGACGGAATATGCGCCAGAACATCATGCGGACCTCGTTTGCGTCAGTGAAATGCGGCGAATTTTACTTTCAGCAACGTTGAGCGGCTGGTGGGTAGTCTGAATCACAATC‑CCC‑CCCCTGCTCCGTAtgct < 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ccAGAACATCATGCGGCCCTCGTTTGCGTCAGTGAAATGCGGCGAATTTTACTTTCAGCAACGTTGAGCGGCTGGTGGGTAGTCAGAATCACAATC‑CCC‑CCCCTGCTCCGTATGCTGCGCCATACGCTGGGTCAGACGAt < 2:1215091/140‑1 (MQ=255) ccAGAACATCATGCGGCCCTCGTTTGCGTCAGTGAAATGCGGCGAATTTTACTTTCAGCAACGTTGAGCGGCTGGTGGGTAGTCAGAATCACAATC‑CCC‑CCCCTGCTCCGTATGCTGCGCCATACGCTGGGTCAGACGAt < 2:1576354/140‑1 (MQ=255) gAACATCATGCGGCCCTCGTTTGCGTCAGTGAAATGCGGCGAATTTTACTTTCAGCAACGTTGAGCGGCTGGTGGGTAGTCAGAATCACAATC‑CCC‑CCCCTGCTCCGTATGCTGCGCCATACGCTGGGTCAGACGATCGa < 1:876796/140‑1 (MQ=255) tGCGGCCCTCGTTTGCGTCAGTGAAATGCGGCGAATTTTACTTTCAGCAACGTTGAGCGGCTGGTGGGTAGTCAGAATCACAATC‑CCC‑CCCCTGCTCCGTATGCTGCGCCATACGCTGGGTCAGACGATCGACACCGTTa > 2:855678/1‑140 (MQ=255) tGCGGCCCTCGTTTGCGTCAGTGAAATGCGGCGAATTTTACTTTCAGCAACGTTGAGCGGCTGGTGGGTAGTCAGAATCACAATC‑CCC‑CCCCTGCTCCGTATGCTGCGCCATACGCTGGGTCAGACGATCGACACCGTTa > 1:655120/1‑140 (MQ=255) tGCGGCCCTCGTTTGCGTCAGTGAAAGGCGGCGAAGTTTACTTTCAGCAACGTTGAGCGGCTGGTGGGTCGTCAGAATCACAATC‑CCC‑CCCCTGCTCCGTCTGCTGCGCCATACGCTGGGGCAGACGATCGACACCGGTa > 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gTTTGCGTCAGTGAAATGCGGCGAATTTTACTTTCAGCAACGTTGAGCGGCTGGTGGGTAGTCAGAATCACAATC‑CCC‑CCCCTGCTCCGTATGCTGCGCCATACGCTGGGTCAGACGATCGACACCGTTAACGTCAATcg < 1:1257852/140‑1 (MQ=255) gTTTGCGTCAGTGAAATGCGGCGAATTTTACTTTCAGCAACGTTGAGCGGCTGGTGGGTAGTCAGAATCACAATC‑CCC‑CCCCTGCTCCGTATGCTGCGCCATACGCTGGGTCAGACGATCGACACCGTTAACGTCAATcg < 1:1258240/140‑1 (MQ=255) gTTTGCGTCAGTGAAATGCGGCGAATTTTACTTTCAGCAACGTTGAGCGGCTGGTGGGTAGTCAGAATCACAATC‑CCC‑CCCCTGCTCCGTATGCTGCGCCATACGCTGGGTCAGACGATCGACACCGTTAACGTCAATcg < 2:1200878/140‑1 (MQ=255) gTTTGCGTCAGTGAAATGCGGCGAATTTTACTTTCAGCAACGTTGAGCGGCTGGTGGGTAGTCAGAATCACAATC‑CCC‑CCCCTGCTCCGTATGCTGCGCCATACGCTGGGTCAGACGATCGACACCGTTAACGTCAATcg < 2:381523/140‑1 (MQ=255) cGTCAGTGAAATGCGGCGAATTTTACTTTCAGCAACGTTGAGCGGCTGGTGGGTAGTCAGAATCACAATC‑CCC‑CCCCTGCTCCGTATGCTGCGCCATACGCTGGGTCAGACGATCGACACCGTTAACGTCAATCGCGGTa > 1:1506666/1‑140 (MQ=255) tGAAATGCGGCGAATTTTACTTTCAGCAACGTTGAGCGGCTGGTGGGTAGTCAGAATCACAATC‑CCC‑CCCCTGCTCCGTATGCTGCGCCATACGCTGGGTCAGACGATCGACACCGTTAACGTCAATCGCGGTAAAAGGc < 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2:1073718/140‑1 (MQ=255) cTGGTGGGTAGTCAGAATCACAATC‑CCC‑CCCCTGCTCCGTATGCTGCGCCATACGCTGGGTCAGACGATCGACACCGTTAACGTCAATCGCGGTAAAAGGCTCGTCGAGGATCCATAACGTGGCACGGGTCAGCCACAGa < 2:620742/140‑1 (MQ=255) cTGGTGGGTAGTCAGAATCACAATC‑CCC‑CCCCTGCTCCGTATGCTGCGCCATACGCTGGGTCAGACGATCGACACCGTTAACGTCAATCGCGGTAAAAGGCTCGTCGAGGATCCATAACGTGGCACGGGTCAGCCACAGa < 2:1088125/140‑1 (MQ=255) cTGGTGGGTAGTCAGAATCACAATC‑CCC‑CCCCTGCTCCATATGCTGCGCCATACGCTGGGTCAGACGATCGACACCGTTAACGTCAATCGCGGTAAAAGGCTCGTCGAGGATCCATAACGTGGCACGGGTCAGCCACAGa < 2:1396700/140‑1 (MQ=255) tggtggGTAGTCAGAATCACAATC‑CCC‑CCCCTGCTCCGTATGCTGCGCCATACGCTGGGTCAGACGATCGACACCGTTAACGTCAATCGCGGTAAAAGGCTCGTCGAGGATCCATAACGTGGCACGGGTCAGCCACAGAc > 1:625176/1‑140 (MQ=255) ggtggGTAGTCAGAATCACAATC‑CCC‑CCCCTGCTCCGTATGCTGCGCCATACGCTGGGTCAGACGATCGACACCGTTAACGTCAAt < 2:170216/86‑1 (MQ=255) ggtggGTAGTCAGAATCACAATC‑CCC‑CCCCTGCTCCGTATGCTGCGCCATACGCTGGGTCAGACGATCGACACCGTTAACGTCAAt > 1:170216/1‑86 (MQ=255) 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1:1591011/140‑1 (MQ=255) aaTCACAATC‑CCC‑CCCCTGCTCCGTATGCTGCGCCATACGCTGGGTCAGACGATCGACACCGTTAACGTCAATCGCGGTAAAAGGCTCGTCGAGGATCCATAACGTGGCACGGGTCAGCCACAGACGCGCTAAAGCGAcg < 1:1590986/140‑1 (MQ=255) aaTCACAATC‑CCC‑CCCCTGCTCCGTATGCTGCGCCATACGCTGGGTCAGACGATCGACACCGTTAACGTCAATCGCGGTAAAAGGCTCGTCGAGGATCCATAACGTGGCACGGGTCAGCCACAGACGCGCTAAAGCGAcg < 1:1590961/140‑1 (MQ=255) tCACAATC‑CCC‑CCCCTGCTCCGTATGCTGCGCCATACGCTGGGTCAGACGATCGACACCGTTAACGTCAATCGCGGTAAAAGGCTCGTCGAGGATCCATAACGTGGCACGGGTCAGCCACAGACGCGCTAAAGCGAcgcg < 2:1386591/140‑1 (MQ=255) tCACAATC‑CCC‑CCCCTGCTCCGTATGCTGCGCCATACGCTGGGTCAGACGATCGACACCGTTAACGTCAATCGCGGTAAAAGGCTCGTCGAGGATCCATAACGTGGCACGGGTCAGCCACAGACGCGCTAAAGCGAcgcg < 2:1512369/140‑1 (MQ=255) tCACAATC‑CCC‑CCCCTGCTCCGTATGCTGCGCCATACGCTGGGTCAGACGATCGACACCGTTAACGTCAATCGCGGTAAAAGGCTCGTCGAGGATCCATAACGTGGCACGGGTCAGCCACAGACGCGCTAAAGCGAcgcg < 1:1322967/140‑1 (MQ=255) | GGCGCTATGGCGAAACGCTACACGCAGCTCAAGACGGAAAATGCGCCAGAACATCATGCGGCCCTCGTTTGCGTCAGTGAAATGCGGCGAATTTTACTTTCAGCAACGTTGAGCGGCTGGTGGGTAGTCAGAATCACAAT‑‑CCC‑CCCCTGCTCCGTATGCTGCGCCATACGCTGGGTCAGACGATCGACACCGTTAACGTCAATCGCGGTAAAAGGCTCGTCGAGGATCCATAACGTGGCACGGGTCAGCCACAGACGCGCTAAAGCGACGCG > NC_000913/2296968‑2297239 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |