| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,412,779 | 0 | T | G | 27.4% | 87.0 / 13.4 | 62 | V131V (GTT→GTG) | yjfM | DUF1190 family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (13/32); new base G (17/0); total (30/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.62e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GCGCGTGGCTGGAACAACGCCAAAACGGCATTTTATGCCGATGTTCCGAAGAATATGACTCAGCAGAACTGTCAGTCTAAGTACGAAAATTGCTACTACGACAATGTTGAACAGAGTTGGATCCCGGTCGTTTCTGGATTTTTGTTAAGCCGGGTTATTCGTAAAGATCGCGATGAGCCGTTTGTTTATAACAGCGGCGGTTCCTCTTTTGCTTCGCGCCCAGTCTGGCGCAGCACTTCTGGTGATTACTCCTGGCGCTCCGGTTC > NC_000913/4412648‑4412913 | gcgcgTGGCTGGAACAACGCCAAAACGGCATTTTATGCCGATGTTCCGAAGAATATGACTCAGCAGAACTGTCAGTCTAAGTACGAAAATTGCTACTACGACAATGTTGAACAGAGTTGGATCCCGGTCGTGTGTGGGtt > 1:186703/1‑140 (MQ=255) gTGGCTGGAACAACGCCAAAACGGCATTTTATGCCGATGTTCCGAAGAATATGACTCAGCAGAACTGTCAGTCTAAGTACGAAAATTGCTACTACGACAATGTTGAACAGAGTTGGATCCCGGTCGTGTCTGGATTTTTg > 2:343669/1‑140 (MQ=255) aacaacGCCAAAACGGCATTTTATGCCGATGTTCCGAAGAATATGACTCAGCAGAACTGTCAGTCTAAGTACGAAAATTGCTACTACGACAATGTTGAACAGAGTTGGATCCCGGTCGTGTCGGGATTGTTGTTTAGGCg > 2:558719/1‑140 (MQ=255) caacGCCAAAACGGCATTTTATGCCGATGTTCCGAAGAATATGACTCAGCAGAACTGTCAGTCTAAGTACGAAAATTGCTACTACGACAATGTTGAACAGAGTTGGATCCCGGTCGTGTGTGGGTTTTTTTTTAGCCggg > 1:956362/1‑140 (MQ=255) caacGCCAAAACGGCATTTTATGCCGATGTTCCGAAGAATATGACTCAGCAGAACTGTCAGTCTAAGTACGAAAATTGCTACTACGACAATGTTGAACAGAGTTGGATCCCGGTCGTGTGTGGATTTTTTTTAATCCggg > 1:956236/1‑140 (MQ=255) aacGCCAAAACGGCATTTTATGCCGATGTTCCGAAGAATATGACTCAGCAGAACTGTCAGTCTAAGTACGAAAATTGCTACTACGACAATGTTGAACAGAGTTGGATCCCGGTCGTTTCTGGATTTTTGTTAAGCCGGGt < 2:1581977/140‑1 (MQ=255) aacGCCAAAACGGCATTTTATGCCGATGTTCCGAAGAATATGACTCAGCAGAACTGTCAGTCTAAGTACGAAAATTGCTACTACGACAATGTTGAACAGAGTTGGATCCCGGTCGTTTCTGGATTTTTGTTAAGCCGGGt < 2:525311/140‑1 (MQ=255) cGCCAAATCGGCATTTTATGCCGATGTTCCGAAGAATATGACTCAGCAGAACTGTCAGTCTAAGTACGAAAATTGCTACTACGACAATGTTGAACAGAGTTGGATCCCGGTCGTTTGTGGTTTTTTTTTTATGCGGGttt > 1:75567/1‑139 (MQ=255) cGCCAAAACGGCATTTTATGCCGATGTTCCGAAGAATATGACTCAGCAGAACTGTCAGTCTAAGTACGAAAATTGCTACTACGACAATGTTGAACAGAGTTGGATCCCGGTCGTTTGTGGTTTTTTGTTTAGCCGGGTTa > 1:783867/1‑140 (MQ=255) cGCCAAAACGGCATTTTATGCCGATGTTCCGAAGAATATGACTCAGCAGAACTGTCAGTCTAAGTACGAAAATTGCTACTACGACAATGTTGAACAGAGTTGGATCCCGGTCGTGTGTGGAATTTTTTTAATGCggggtg > 1:694171/1‑137 (MQ=255) cGCCAAAACGGCATTTTATGCCGATGTTCCGAAGAATATGACTCAGCAGAACTGTCAGTCTAAGTACGAAAATTGCTACTACGACAATGTTGAACAGAGTTGGATCCCGGTCGTGTCTGGATTTTTGTTTATCCGGGTTa > 1:1674482/1‑140 (MQ=255) ccAAAACGGCATTTTATGCCGATGTTCCGAAGAATATGACTCAGCAGAACTGTCAGTCTAAGTACGAAAATTGCTACTACGACAATGTTGAACAGAGTTGGATCCCGGTCGTTTATGGATTTTTTTTAATCCGGGTTAtt > 2:1593043/1‑140 (MQ=255) aaaCGGCATTTTATGCCGATGTTCCGAAGAATATGACTCAGCAGAACTGTCAGTCTAAGTACGAAAATTGCTACTACGACAATGTTGAACAGAGTTGGATCCCGGTCGTGTCTGGATTTTTGTTAAGCCGGGGGATTCGt > 1:660512/1‑140 (MQ=255) aaCGGCATTTTATGCCGATGTACCGAAGAATATGACTCAGCAGAACTGTCAGTCTAAGTACGAAAATTGCTACTACGACAATGATGAACAGAGTTGGATCCCGGTCGTTTCTGGATTTTTGTTAAGCCGGGTTATTCGTa < 2:1313687/140‑1 (MQ=255) cGGCATTTTATGCCGATGTTCCGAAGAATATGACTCAGCAGAACTGTCAGTCTAAGTACGAAAATTGCTACTACGACAATGTTGAACAGAGTTGGATCCCGGTCGTGTATGGTTTTTTTTTAAGGCGGGTTTTTCGTaaa > 1:1081082/1‑140 (MQ=255) cATTTTATGCCGATGTTCCGAAGAATATGACTCAGCAGAACTGTCAGTCTAAGTACGAAAATTGCTACTACGACAATGTTGAACAGAGTTGGATCCCGGTCGGTGCGGGATTTTTGGTAACCCCGGGTATTCGTAAAGag > 2:264826/1‑139 (MQ=255) aTGTTCCGAAGAATATGACTCAGCAGAACTGTCAGTCTAAGTACGAAAATTGCTACTACGACAATGTTGAACAGAGTTGGATCCCGGTCGTGTCTGGATTTTTTTTAAGCCGGGTTATTCGTAAATATAGCGATGAGccc > 2:594872/1‑139 (MQ=255) aTGTTCCGAAGAATATGACTCAGCAGAACTGTCAGTCTAAGTACGAAAATTGCTACTACGACAATGTTGAACAGAGTTGGATCCCGGTCGTGTCTGGATTTTTGTTAAGGCGGGTTATTAGTAAATATCGCGGTTAGCCg > 2:595538/1‑140 (MQ=255) tGTTCCGAAGCAGATGACTCAGCAGATCAGTCAGTCTAAGTACGATAATTGGTTCGACGACATTGTTGAACAGAGTTGGCTCCCGGTCGTTTCTGGATTTTTGTTAAGCCGGGTTATTCGTAAAGATCGCGATGAGCCga < 2:1755580/140‑2 (MQ=255) tGTTCCGAAGAATATGACTCAGCAGAACTGTCTGTCTAAGTACGAAAATTGCTACTACGACAATGTTGAACAGAGTTGGATCCCGGTCGTTTCTGGATTTTTGTTAAGCCGGGTTATTCGTAAAGATCGCGATGAGCCgt < 2:1089203/140‑1 (MQ=255) tGTTCCGAAGAATATGACTCAGCAGAACTGTCAGTCTAAGTACGAAAATTGCTACTACGACAATGTTGAACAGAGTTGGATCCCGGTCGTTTCTGGATTTTTGTTAAGCCGGGTTATTCGTAAAGATCGCGATGAGCCgt < 1:275675/140‑1 (MQ=255) tGTTCCGAAGAATATGACTCAGCAGAACTGTCAGTCTAAGTACGAAAATTGCTACTACGACAATGTTGAACAGAGTTGGATCCCGGTCGTTTCTGGATTTTTGTTAAGCCGGGTTATTCGTAAAGATCGCGATGAGCCgt < 2:609245/140‑1 (MQ=255) tGTTCCGAAGAATATGACTCAGCAGAACTGTCAGTCTAAGTACGAAAATTGCTACTACGACAATGTTGAACAGAGTTGGATCCCGGTCGTTTCTGGATTTTTGTTAAGCCGGGTTATTCGTAAAGATCGCGATGAGCCgt < 1:1201398/140‑1 (MQ=255) tGTTCCGAAGAATATGACTCAGCAGAACTGTCAGTCTAAGTACGAAAATTGCTACTACGACAATGTTGAACAGAGTTGGATCCCGGTCGTTTCTGGATTTTTGTTAAGCCGGGTTATTCGTAAAGATCGCGATGAGCCgt < 1:1489827/140‑1 (MQ=255) tGTTCCGAAGAATATGACTCAGCAGAACTGTCAGTCTAAGTACGAAAATTGCTACTACGACAATGTTGAACAGAGTTGGATCCCGGTCGTTTCTGGATTTTTGTTAAGCCGGGTTATTCGTAAAGATCGCGATGAGCCgt < 1:1468430/140‑1 (MQ=255) tGTTCCGAAGAATATGACTCAGCAGAACTGTCAGTCTAAGTACGAAAATTGCTACTACGACAATGTTGAACAGAGTTGGATCCCGGTCGTTTCTGGATTTTTGTTAAGCCGGGTTATTCGTAAAGATCGCGATGAGCCgt < 1:1287714/140‑1 (MQ=255) cGAAGAATATGACTCAGCAGAACTGTCAGTCTAAGTACGAAAATTGCTACTACGACAATGTTGAACAGAGTTGGATCCCGGTCGTTTCTGGATTTTTGTTAAGCCGGGTTATTCGTAAAGATCGCGATGAGCCgtttgtt < 1:264826/140‑1 (MQ=255) tGACTCAGCAGAACTGTCAGTCTAAGTACGAAAATTGCTACTACGACAATGTTGAACAGAGTTGGATCCCGGTCGTTTCTGGATTTTTGTTAAGCCGGGTTATTCGTAAAGATCGCGATGAGCCGTTTGTTTATAACAgc < 2:1518091/140‑1 (MQ=255) agcagAACTGTCAGTCTAAGTACGAAAATTGCTACTACGACAATGTTGAACAGAGTTGGATCCCGGTCGTTTCTGGATTTTTGTTAAGCCGGGTTATTCGTAAAGATCGCGATGAGCCGTTTGTTTATAACAGCGGCGGt < 1:379606/140‑1 (MQ=255) agcagAACTGTCAGTCTAAGTACGAAAATTGCTACTACGACAATGTTGAACAGAGTTGGATCCCGGTCGTTTCTGGATTTTTGTTAAGCCGGGTTATTCGTAAAGATCGCGATGAGCCGTTTGTTTATAACAGCGGCGGt < 1:85883/140‑1 (MQ=255) agcagAACTGTCAGTCTAAGTACGAAAATTGCTACTACGACAATGTTGAACAGAGTTGGATCCCGGTCGTGTCTGGATTTTTGTTTATCCGGGTTATTAGTTAATGTAGCGATGTGGCGGTTGTTTTTAAAAGCGGCGGt > 1:1446571/1‑140 (MQ=255) cagAACTGTCAGTCTAAGTACGAAAATTGCTACTACGACAATGTTGAACAGAGTTGGATCCCGGTCGTGTCTGGATTTTTGTTTATCCGGGGTATTCGTAAAGATCGCGATTAGCCGTTTGTTTTTAACAGCGGCGGTTc > 2:1443440/1‑140 (MQ=255) cTGTCAGTCTAAGTACGAAAATTGCTACTACGACAATGTTGAACAGAGTTGGATCCCGGTCGTTTCTGGTTTTTTGTTAATCCGGGGTATTGGTAAAGATAGCGATGAGCCGTTTGTTTATAACAGCGGCGGTTACTCtt > 2:387233/1‑140 (MQ=255) cTGTCAGTCTAAGTACGAAAATTGCTACTACGACAATGATGAACAGAGTGGGATCCCGGTCGTTTCAGGATTTTTGGTAAGCCGGGTGATTCGGTAATATCGGGATGTGCCGTTTGTTTATAACAGCGGCGGTGGCTCtt > 2:1731030/1‑140 (MQ=255) acAGTCTAAGTACGAAAATTGCTACTACGACAATGTTGAACAGAGTTGGATCCCGGTCGTTTATGGAATTTTTTTAAGCCGGGGGGTTCTTAAATATAGCGAAGATGCGTGTGGTTATAAAAGCGGGGGTTTCACCTTTg > 1:1505724/2‑140 (MQ=255) tCTAAGTACGAAAATTGCTACTACGACAATGTTGAACATAGTTTGATCCCGGTCGTTTCTGGATTTTTGTTAAGCCGGGTTATTCGTAAAGATCGCGATGAGCCGTTTGTTTATAACAGCGGCGGTTCCTCTTTTGCTTc < 2:1065423/140‑1 (MQ=255) tCTAAGTACGAAAATTGCTACTACGACAATGTTGAACAGAGTTGGATCCCGGTCGTTTCTGGATTTTTGTTAAGCCGGGTTATTCGTAAAGATCGCGATGAGCCGTTTGTTTATAACAGCGGCGGTTCCTCTTTTGCTTc < 1:1179951/140‑1 (MQ=255) tCTAAGTACGAAAATTGCTACTACGACAATGTTGAACAGAGTTGGATCCCGGTCGTTTCTGGATTTTTGTTAAGCCGGGTTATTCGTAAAGATCGCGATGAGCCGTTTGTTTATAACAGCGGCGGTTCCTCTTTTGCTTc < 2:414250/140‑1 (MQ=255) tCTAAGTACGAAAATTGCTACTACGACAATGTTGAACAGAGTTGGATCCCGGTCGTTTCTGGATTTTTGTTAAGCCGGGTTATTCGTAAAGATCGCGATGAGCCGTTTGTTTATAACAGCGGCGGTTCCTCTTTTGCTTc < 2:414329/140‑1 (MQ=255) cTAAGTACGAAAATTGCTACTACGACAATGTTGAACAGAGTTGGATCCCGGTCGTTTCTGGATTTTTGTTAATCCGGGGTATTCGTAAAGATCGCGATGAGCCGTTTTTTTATAACAGCGGCGGTTCCTCATTTTCttag > 2:1466018/1‑138 (MQ=255) tAAGTACGAAAATTGCTACTACGACAATGTTGAACAGAGTTGGATCCCGGTCGTTTCTGGATTTTTGTTAAGCCGGGTTATTCGTAAAGATCGCGATGAGCCGTTTGTTTATAACAGCGGCGGTTCCTCTTTTGCTTcgc < 1:1357610/140‑1 (MQ=255) acgtccGACAATTGCTACTACGACAATGTTGAACAGAGCTGGATCCCGGTCGTTTCTGGATTTTTGTTAAGCCGGGTTATTCGTAAAGATCGCGATGAGCCGTTTGTTTATAACAGCGGCGGTTCCTCTTTTGCTTcgcg < 1:860516/135‑1 (MQ=255) aaGTACGAAAATTGCTACTACGACAATGTTGAACAGAGTTGGATCCCGGTCGTTTCTGGATTTTTGTTAAGCCGGGTTATTCGTAAAGATCGCGATGAGCCGTTTGTTTATAACAGCGGCGGTTCCTCTTTTGCTTcgcg < 1:860759/140‑1 (MQ=255) aaGTACGAAAATTGCTACTACGACAATGTTGAACAGAGTTGGATCCCGGTCGTTTCTGGATTTTTGTTAAGCCGGGTTATTCGTAAAGATCGCGATGAGCCGTTTGTTTATAACAGCGGCGGTTCCTCTTTTGCTTcgcg < 1:1452771/140‑1 (MQ=255) aGTACGAAAATTGCTACTACGACAATGTTGAACAGAGTTGGATCACGGTCGTTTCTTGAAGATTGGTTAGCCCGGGTATTATTTAAGATAGCGAAGAGACGTTTGTGTTGAAAACCGGGGGGTGCTCGTGTGGTTCgcgc > 2:201803/1‑140 (MQ=255) gTACGACACGTGCTACTACGACAATGTTGAACAGAGTTGGATCCCGGTCGTTTCGGGATTTTTGTTAAGCCGGGTTATTCGTCAAGATCGCGATGAGCCGTTTGTTTATAACAGCGGCGGTTCCTCTTTTGCTTCGCGcc < 1:737819/140‑1 (MQ=255) gTACGAAAATTGCTACTACGACAATGTTGAACAGAGTTGGATCCCGGTCGTTTCTGGATTTTTGTTAAGCCGGGTTATTCGTAAAGATCGCGATGAGCCGTTTGTTTATAACAGCGGCGGTTCCTCTTTTGCTTCGCGcc < 1:600970/140‑1 (MQ=255) gTACGAAAATTGCTACTACGACAATGTTGAACAGAGTTGGATCCCGGTCGTTTCTGGATTTTTGTTAAGCCGGGTTATTCGTAAAGATCGCGATGAGCCGTTTGTTTATAACAGCGGCGGTTCCTCTTTTGCTTCGCGcc < 1:417398/140‑1 (MQ=255) gTACGAAAATTGCTACTACGACAATGTTGAACAGAGTTGGATCCCGGTCGTTTCTGGATTTTTGTTAAGCCGGGTTATTCGTAAAGATCGCGATGAGCCGTTTGTTTATAACAGCGGCGGTTCCTCTTTTGCTTCGCGcc < 1:417393/140‑1 (MQ=255) gTACGAAAATTGCTACTACGACAATGTTGAACAGAGTTGGATCCCGGTCGTTTCTGGATTTTTGTTAAGCCGGGTTATTCGTAAAGATCGCGATGAGCCGTTTGTTTATAACAGCGGCGGTTCCTCTTTTGCTTCGCGcc < 1:1288295/140‑1 (MQ=255) tacGACAATGTTGAACAGAGTTGGATCCCGGTCGTGTCTGGATTTTTTTTAATCCGGGTTATTAGTAAAGATCGCGATGAGCCGTTTTTTTATAACAGCGGCGGTTACGCTTTTGCTTCGCGCCCAGTGTGGCGCAGCAc > 2:792935/1‑140 (MQ=255) tacGACAATGTTGAACAGAGTTGGATCCCGGTCGTGTCTGGATTTTTGTTAATCCGGGGTATTAGTAAAGATCGCGATGATCCGGTTGTTTATAACAGCGGCGGTTGCACTGTTTCTTCGCGCCCAGTCGGGCGCAGCAc > 2:458463/1‑140 (MQ=255) aCAATGTTGAACAGAGTTGGATCCCGGTCGTTTCTGGATTTTTGTTAAGCCGGGTTATTCGTAAAGATCGCGATGAGCCGTTTGTTTATAACAGCGGCGGTTCCTCTTTTGCTTCGCGCCCAGTCTGGCGCAGCACTTCt < 2:316985/140‑1 (MQ=255) ttGAACAGAGTTGGATCCCGGTCGTTTCTGGATTTTTGTTAAGCCGGGTTATTCGTAAAGATCGCGATGAGCCGTTTGTTTATAACAGCGGCGGTTCCTCTTTTGCTTCGCGCCCAGTCTGGCGCAGCACTTCTGGTGAt < 1:1577330/140‑1 (MQ=255) ttGAACAGAGTTGGATCCCGGTCGTTTCTGGATTTTTGTTAAGCCGGGTTATTCGTAAAGATCGCGATGAGCCGTTTGTTTATAACAGCGGCGGTTCCTCTTTTGCTTCGCGCCCAGTCTGGCGCAGCACTTCTGGTGAt < 1:1081658/140‑1 (MQ=255) aaCAGAGTTGGATCCCGGTCGTTTCTGGATTTTTGTTAAGCCGGGTTATTCGGAAAGATAGCGATGAGCCGGTTGTTTATAACAGCGGCGGGTACTCTTTTTCTTAGCGCCCAGTCTGGCGCAGCACTTCTGGTGATTaa > 2:710979/1‑139 (MQ=255) gATCCCGGTCGTTTCTGGATTTTTTTTAATCCGGGTTATTCGTAAAGATCGCGATGATCCGTTTGTTTATAACAGCGGCGGTTACTCTTTTTCTTAGCGCCCAGTATGGCGCAGCACTTATGGTGATTTCAACTGGCGCt > 2:856680/1‑140 (MQ=255) cGGTCGTTTGTGGATTTTTTTTAAGCCGGGGTTTTAGTAAAGATCGCGATGAGCCGGTTGTTTAAAAAAACGGCGGTTACTCATTTGCTTCGCGCCCAATCTGGCGCAGCACATGTGGTGATTACTCCAGGCGCGCCCGt > 2:34372/1‑140 (MQ=255) cGGTCGTTTCTGGATTTTTGTTAATCCGGGTTATTCGTAAATATAGCGTATATCCGTTTTTTTAAAAAAGCGGCGGTTACTATTTTTAATCGCGCCCACTCTTGCGCACCACATAAGGTTATTAAAACAGGCGCTCCCGt > 2:1033670/1‑140 (MQ=255) cGGTCGTGTCTGGATTTTTGTTTAGCCGGGGTATTCGTAAATATCGCGATGTGCCGTTTGTTTTTAACAGCGGCGGTTCCTCTTTTTCGTCGCGCCCAGTCTGGCCCAGCACTTGAGGTGATTAATACAGGCGCACCggg > 2:1568765/1‑139 (MQ=255) cGGTCGTGTCTGGATTTTTGTTAATCCGGGTTATTAGTAAATATAGCGATTAGCCGGTTTTTTATAACAACGGCGGTTCCTAATTTTCTTCGCGCCCAGTCTGGCGCAGCACATCGGGTGATTAAAACTGGCGCACCCGt > 2:1645675/1‑140 (MQ=255) gTCGTTTCTGGATTTTTGTTAAGCCGGGTTATTCGTAAAGATCGCGATGAGCCGTTTGTTTATAACAGCGGCGGTTCCTCTTTTGCTTCGCGCCCAGTCTGGCGCAGCACTTCTGGTGATTACTCCTGGCGCTCCGGTTc < 2:764594/140‑1 (MQ=255) | GCGCGTGGCTGGAACAACGCCAAAACGGCATTTTATGCCGATGTTCCGAAGAATATGACTCAGCAGAACTGTCAGTCTAAGTACGAAAATTGCTACTACGACAATGTTGAACAGAGTTGGATCCCGGTCGTTTCTGGATTTTTGTTAAGCCGGGTTATTCGTAAAGATCGCGATGAGCCGTTTGTTTATAACAGCGGCGGTTCCTCTTTTGCTTCGCGCCCAGTCTGGCGCAGCACTTCTGGTGATTACTCCTGGCGCTCCGGTTC > NC_000913/4412648‑4412913 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |