| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,901,959 | 0 | G | T | 5.3% | 561.3 / 15.3 | 151 | intergenic (‑374/‑89) | yoaE/manX | putative membrane protein/conserved protein/fused mannose‑specific PTS enzymes: IIA component/IIB component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (61/82); new base T (4/4); total (65/86) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.26e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.54e-01 | |||||||||||
Only 100 of 151 total aligned reads displayed.
CCTTCCTTTGCAAACGAATGTGACAAGGATATTTTACCTTTCGAAATTTCTGCTAATCGAAAGTTAAATTACGGATCTTCATCACATAAAATAATTTTTTCGATATCTAAAATAAATCGCGAAACGCAGGGGTTTTTGGTTGTAGCCCTTATCTGAATCGATTCGATTGTGGACGACGATTCAAAAATACATCTGGCACGTTGAGGTGTTAACGATAATAAAGGAGGTAGCAAGTGACCATTGCTATTGTTATAGGCACACATGGTTGGGCTGCAGAGCAGTTGCTTAAAAC > NC_000913/1901815‑1902106 | ccttccttTGCAAACGAATGTGACAAGGATATTTTACCTTTCGAAATTTCTGCTAATCGAAAGTTAAATTACGGATCTTCATCACATAAAATAATTTTTTCGATATCTAAAATAAATCGCGAAACGCAGGGGTTTTTGGTTGTAGCCCtt < 2:1506309/150‑1 (MQ=255)ccttccttTGCAAACGAATGTGACAAGGATATTTTACCTTTCGAAATTTCTGCTAATCGAAAGTTAAATTACGGATCTTCATCACATAAAATAATTTTTTCGATATCTAAAATAAATCGCGAAACGCAGGGGTTTTTGGTTGTAGCCCtt > 2:1867607/1‑150 (MQ=255) cttTGCAAACGAATGTGACAAGGATATTTTACCTTTCGAAATTTCTGCTAATCGAAAGTTAAATTACGGATCTTCATCACATAAAATAATTTTTTCGATATCTAAAATAAATCGCGAAACGCAGGGGTTTTTGGTTGTAGCCCTTATCTg < 1:992055/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |