| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,668,982 | T→C | 6.0% | intergenic (‑86/‑50) | hcaR ← / → hcaE | hca operon transcriptional regulator/3‑phenylpropionate dioxygenase, large (alpha) subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,668,982 | 0 | T | C | 6.0% | 431.6 / 13.1 | 133 | intergenic (‑86/‑50) | hcaR/hcaE | hca operon transcriptional regulator/3‑phenylpropionate dioxygenase, large (alpha) subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (80/45); new base C (4/4); total (84/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.66e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.57e-01 | |||||||||||
Only 100 of 134 total aligned reads displayed.
CCGCACGGGTAAAGTTCAGTGCCTGCGCCACTGCGACGAAATAGCGTAAATGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAATTAACTATTTCACATATTAGCAACCAACCAGCAACATCCTTATGGCACAAAAATAGAAGGTCAATACATCTTATCTTTCAGGATTAAAAAATATGACCACACCCTCAGATTTGAACATTTACCAACTGATTGACACCCAAAATGGTCGGGTCACTCCGCGTATTTATACCGACCCGGATATTTACCA > NC_000913/2668833‑2669126 | gggTAAAGTTCAGTGCCTGCGCCACTGCGACGAAATAGCGTAAATGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAACTTAACTATTTCACATATTAGCAACCAACCAGCACCATCCTTATGGcaca > 1:866694/1‑150 (MQ=255) gggTAAAGTTCAGTGCCTGCGCCACTGCGACGAAATAGCGTAAATGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAATTAACTATTTCACATATTAGCAACCAACCAGCAACATCCTTATGGcaca > 1:1238879/1‑150 (MQ=255) gggTAAAGTTCAGTGCCTGCGCCACTGCGACGAAATAGCGTAAATGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAATTAACTATTTCACATATTAGCAACCAACCAGCAACATCCTTATGGcaca > 1:8486/1‑150 (MQ=255) 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ccTTATGGCACAAAAATAGAAGGTCAATACATCTTATCTTTCAGGATTAAAAAATATGACCACACCCTCAGATTTGAACATTTACCAACTGATTGACACCCAAAATGGTCGGGTCACTCCGCGTATTTATACCGACCCGGATATTTACCa > 1:2383628/1‑150 (MQ=255) ccTTATGGCACAAAAATAGAAGGTCAATACATCTTATCTTTCAGGATTAAAAAATATGACCACACCCTCAGATTTGAACATTTACCAACTGATTGACACCCAAAATGGTCGGGTCACTCCGCGTATTTATACCGACCCGGATATTTACCa > 1:647268/1‑150 (MQ=255) | CCGCACGGGTAAAGTTCAGTGCCTGCGCCACTGCGACGAAATAGCGTAAATGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAATTAACTATTTCACATATTAGCAACCAACCAGCAACATCCTTATGGCACAAAAATAGAAGGTCAATACATCTTATCTTTCAGGATTAAAAAATATGACCACACCCTCAGATTTGAACATTTACCAACTGATTGACACCCAAAATGGTCGGGTCACTCCGCGTATTTATACCGACCCGGATATTTACCA > NC_000913/2668833‑2669126 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |