| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,406,129 | T→C | 100% | intergenic (+144/‑61) | purA → / → nsrR | adenylosuccinate synthetase/nitric oxide‑sensitive repressor for NO regulon |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,406,129 | 0 | T | C | 100.0% | 1723.2 / NA | 443 | intergenic (+144/‑61) | purA/nsrR | adenylosuccinate synthetase/nitric oxide‑sensitive repressor for NO regulon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (217/226); total (217/226) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 443 total aligned reads displayed.
GTAATTCTGGTACGCCTGGCAGATATTTTGCCTGCCGGGCGAACAGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTTTCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCTTGTGGCTGGTTTATCATCAATATAAATGTATTTTTTCCCGATTTCCCTTTTGAGGTTGATGTGCAGTTAACGAGTTTCACTGATTACGGATTACGTGCGCTGATCTACATGGCGTCATTGCCAGAAGGGCGGATGACCAGTATTTC > NC_000913/4405982‑4406275 | gTAATTCTGGTACGCCTGGCAGATATTTTGCCTGCCGGGCGAACAGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTTTCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCCtg < 2:4592983/150‑1 (MQ=255) tAATTCTGGTACGCCTGGCAGATATTTTGCCTGCCGGGCCAACAGTGTGATACATTGCAGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTTTCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCCtgt > 1:3455636/1‑150 (MQ=255) aaTTCTGGTACGCCTGGCAGATATTTTGCCTGCCGGGCGAACAGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTCCGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGATTTTTTCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCCtgtg < 1:3055985/150‑1 (MQ=255) 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tGGTAGGCCTGGAATATATTTTGCCTGCCGGGCTAACTGTGTTATACATGGCTGTGTCGGTTAAGCATTTACGCTATCCGACACTGTTTTAAATCCTGGCTTTTTTCCTGCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCCTGTGGCTgg < 1:2851445/150‑1 (MQ=255) gTACGCCTGGCAGATATTTTGCCTGCCGGGCGAACAGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTTTCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCCTGTGGCTGGtt > 1:4463676/1‑150 (MQ=255) gCCTGGCAGATATTTTGCCTGCCGGGCGAACAGTGTGATACCTTGTTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACGGGGGTAAATCCTCGCTTTTTTCCTTCCCCGCACTGAAATCAGGTAGCGACACAGCCTGTGGCGGGGTTatc > 2:2845478/1‑150 (MQ=255) tGGCAGATATTTTGCCTGCCGGTCGAACAGTGTGATACATTGCTGTGTCTGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTTTCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCCTGAGGCTGGTTTaacatc > 2:4675153/1‑150 (MQ=255) tGGCAGATATTTTGCCTGCCGGGCGAACAGTGTGATACTTTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTTTCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCCTGTGGCTGGTTTatcatc < 1:1150776/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |