| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 238,535 | G→T | 7.7% | H68N (CAT→AAT) | ykfM ← | lethality reduction protein, putative inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 238,535 | 0 | G | T | 7.7% | 473.9 / 9.2 | 170 | H68N (CAT→AAT) | ykfM | lethality reduction protein, putative inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (93/56); new base T (2/16); total (95/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 177 total aligned reads displayed.
TCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGAAAAATAATA > NC_000913/238386‑238684 | tCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATg > 2:168494/1‑150 (MQ=255) cTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGaa > 1:280280/1‑150 (MQ=255) gACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTAGGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCAGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATAtt > 2:203477/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |