| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,437,445 | G→A | 27.3% | A310T (GCC→ACC) | trkA → | NAD‑binding component of TrK potassium transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,437,445 | 0 | G | A | 27.3% | 390.5 / 166.3 | 220 | A310T (GCC→ACC) | trkA | NAD‑binding component of TrK potassium transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (94/66); new base A (39/21); total (133/87) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.41e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.46e-01 | |||||||||||
Only 100 of 223 total aligned reads displayed.
TCGAACGTAATCAGCAGCGCGCTGCCGAACTGGCGGAAAAGTTACAGAATACGATCGTCTTTTTTGGTGATGCGTCGGATCAAGAACTACTGGCCGAAGAACATATCGATCAAGTTGATCTGTTTATTGCCGTCACCAACGATGACGAGGCCAATATCATGTCCGCCATGCTTGCCAAACGTATGGGTGCGAAAAAGGTGATGGTATTGATCCAGCGTCGCGCTTATGTGGATCTGGTTCAGGGGAGCGTTATCGATATTGCGATTTCACCACAACAAGCAACTATTTCTGCGT > NC_000913/3437296‑3437589 | tCGAACGTAATCAGCAGCGCGCTGCCGAACTGGCGGAAAAGTTACAGAATACGATCGTCTTTTTTGGTGATGCGTCGGATCAAGAACTACTGGCCGAAGAACATATCGATCAAGTTGATCTGTTTATTGCCGTCACCAACGATGACGAgg < 2:642467/150‑1 (MQ=255)tCGAACGTAATCAGCAGCGCGCTGCCGAACTGGCGGAAAAGTTACAGAATACGATCGTCTTTTTTGGTGATGCGTCGGATCAAGAACTACTGGCCGAAGAACATATCGATCAAGTTGATCTGTTTATTGCCGTCACCAACGATGACGAgg < 2:1734699/150‑1 (MQ=255) cGAACGTAATCAGCAGCGCGCTGCCGAACTGGCGGAAAAGTTACAGAATACGATCGTCTTTTTTGGTGATGCGTCGGATCAAGAACTACTGGCCGAAGAACATATCGATCAAGTTGATCTGTTTATTGCCGTCACCAACGATGACGAGGc > 2:1777968/1‑150 (MQ=255) aCGTAATCAGCAGCGCGCTGCCGAACTGGCGGAAAAGTTACAGAATACGATCGTCTTTTTTGGTGATGCGTCGGATCAAGAACTACTGGCCGAAGAACATATCGATCAAGTTGATCTGTTTATTGCCGTCACCAACGATGACGAGGCCaa > 1:929795/1‑150 (MQ=255) aCGTAATCAGCAGCGCGCTGCCGAACTGGCGGAAAAGTTACAGAATACGATCGTCTTTTTTGGTGATGCGTCGGATCAAGAACTACTGGCCGAAGAACATATCGATCAAGTTGATCTGTTTATTGCCGTCACCAACGATGACGAGACCaa > 2:778660/1‑150 (MQ=255) cGTAATCAGCAGCGCGCTGCCGAACTGGCGGAAAAGTTACAGAATACGATCGTCTTTTTTGGTGATGCGTCGGATCAAGAACTACTGGCCGAAGAACATATCGATCAAGTTGATCTGTTTATTGCCGTCACCAACGATGACGAGACCAat < 1:4119244/150‑1 (MQ=255) tAATCAGCAGCGCGCTGCCGAACTGGCGGAAAAGTTACAGAATACGATCGTCTTTTTTGGTGATGCGTCGGATCAAGAACTACTGGCCGAAGAACATATCGATCAAGTTGATCTGTTTATTGCCGTCACCAACGATGACGAGGCCAatat > 2:634893/1‑150 (MQ=255) tAATCAGCAGCGCGCTGCCGAACTGGCGGAAAAGTTACAGAATACGATCGTCTTTTTTGGTGATGCGTCGGATCAAGAACTACTGGCCGAAGAACATATCGATCAAGTTGATCTGTTTATTGCCGTCACCAACGATGACGAGGCCAatat > 2:3889544/1‑150 (MQ=255) ttcggcagcGCGCTGCTGAACTGGCGGAAAAGTTACAGAATACGATCGTCTTTTTTGGTGATGCGTCGGATCAAGAACTACTGGCCGAAGAACATATCGATCAAGTTGATCTGTTTATTGCCGTCACCAACGATGACGAGACCAATATCa > 1:474299/5‑150 (MQ=255) ttcggcagcGCGCTGCTGAACTGGCGGAAAAGTTACAGAATACGATCGTCTTTTTTGGTGATGCGTCGGATCAAGAACTACTGGCCGAAGAACATATCGATCAAGTTGATCTGTTTATTGCCGTCACCAACGATGACGAGACCAATATCa > 1:647785/5‑150 (MQ=255) agcagcGCGCTGCCGAACTGGCGGAAAAGTTACAGAATACGATCGTCTTTTTTGGTGATGCGTCGGATCAAGAACTACTGGCCGAAGAACATATCGATCAAGTTGATCTGTGTCTTGCCGTCACCAACGATGACGAGACCAATATCCTGt > 2:3984146/1‑150 (MQ=255) cagcGCGCTGCCGAACTGGCGGAAAAGTTTCAGAAGACGATCGTCTTTTTTGGTGATGCGTCGGATCAAGAACTACTGGCCGAAGAACATATCGATCAAGTTGATCTGTTTATTGCCGTCACCAACGATGACGAGACCAATATCATGTcc < 2:883108/150‑1 (MQ=255) cagcGCGCTGCCGAACTGGCGGAAAAGTTACAGAATACGATCGTCTTTTTTGGTGATGCGTCGGATCAAGAACTACTGGCCGAAGAACATATCGATCAAGTTGATCTGTTTATTGCCGTCACCAACGATGACGAGACCAATATCATGTcc < 2:2438343/150‑1 (MQ=255) 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tttATTGCCGTCACCAACGATGACGAGGCCAATATCATGTCCGCCATGCTTGCCAAACAGATGGGTGCGAAAAAGGTGATGGTATTGATCCAGCGTCGCGCTTATGTGGATCTGGTTCAGGGGAGCGTTATCGATATTGCGATTTcacca < 2:3628217/150‑1 (MQ=255) aTTGCCGTCACCAACGATGACGAGGCCAATATCATGTCCGCCATGCTTGCCAAACGTATGGGTGCGAAAAAGGTGATGGTATTGATCCAGCGTCGCGCTTATGTGGATCTGGTTCAGGGGAGCGTTATCGATATTGCGATTTCACCacaa > 1:1349045/1‑150 (MQ=255) ttGCCGTCACCAACGATGACGAGACCAATATCATGTCCGCCATGCTTGCCAAACGTATGGGTGCGAAAAAGGTGATGGTATTGATCCAGCGTCGCGCTTATGTGGATCTGGTTCAGGGGAGCGTTATCGATATTGCGATTTCACCacaac > 1:3428638/1‑150 (MQ=255) ttGCCGTCACCAACGATGACGAGACCAATATCATGTCCGCCATGCTTGCCAAACGTATGGGTGCGAAAAAGGTGATGGTATTGATCCAGCGTCGCGCTGATGTGGATCTGGTTCAGGGGAGCGTTATCGATATTGCGATTTCACCacaac > 1:2574044/1‑150 (MQ=255) tGCCGTCACCAACGATGACGAGGCCAATATCATGTCCGCCATGCTTGCCAAACGTATGGGTGCGAAAAAGGTGATGGTATTGATCCAGCGTCGCGCTTTTGTGGATCTGGTTCAGGGGAGCGTTATCGATATTGCGATTTCTCCacaact > 2:2422699/1‑149 (MQ=255) tGCCGTCACCAACGATGACGAGACCAATATCATGTCCGCCATGCTTGCCAAACGTATGGGTGCGAAAAAGGTGATGGTATTGATCCAGCGTCGCGCTTATGTGGATCTGGTTCAGGGGAGCGTTATCGATATTGCGATTTCACCacaaca > 2:3368464/1‑150 (MQ=255) ccGTCACCAACGATGACGAGGCCAATATCATGTCCGCCATGCTTGCCAAACGTATGGGTGCGAAAAAGGTGATGGTATTGATCCAGCGTCGCGCTTATGTGGATCTGGTTCAGGGGAGCGTTATCGATATTGCGATTTCACCACAACAAg > 2:3028235/1‑150 (MQ=255) ccGTCACCAACGATGACGAGGCCAATATCATGTCCGCCATGCTTGCCAAACGTATGGGTGCGAAAAAGGTGATGGTATTGATCCAGCGTCGCGCTTATGTGGATCTGGTTCAGGGGAGCGTTATCGATATTGCGATTTCACCACAACAAg > 1:3502374/1‑150 (MQ=255) cGTCACCAACGATGACGAGACCAATATCATGTCCGCCATGCTTGCCAAACGTATGGGTGCGAAAAAGGTGATGGTATTGATCCAGCGTCGCGCTTATGTGGATCTGGTTCAGGGGAGCGTTATCGATATTGCGATTTCACCACAACAAGc > 1:2252119/1‑150 (MQ=255) aCCAACGATGACGAGGCCAATATCATGTCCGCCATGCTTGCCAAACGTATGGGTGCGAAAAAGGTGATGGTATTGATCCAGCGTCGCGCTTATGTGGATCTGGTTCAGGGGAGCGTTATCGATATTGCGATTTCACCACAACAAGCAACt > 1:758246/1‑150 (MQ=255) 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aCGATGACGAGGCCAATATCATGTCCGCCATGCTTGCCAAACGTATGGGTGCGAAAAAGGTGATGGTATTGATCCAGCGTCGCGCTTATGTGGATCTGGTTCAGGGGAGCGTTATCGATATTGCGATTTCACCACAACAAGCAACTAttt > 1:2261470/1‑150 (MQ=255) aCGAGACCAATATCATGTCCGCCATGCTTGCCAAACGTATGGGTGCGAAAAAGGTGATGGTATTGATCCAGCGTCGCGCTTATGTGGATCTGGTTCAGGGGAGCGTTATCGATATTGCGATTTCACCACAACAAGCAACTATTTCTGCGt < 2:434214/150‑1 (MQ=255) | TCGAACGTAATCAGCAGCGCGCTGCCGAACTGGCGGAAAAGTTACAGAATACGATCGTCTTTTTTGGTGATGCGTCGGATCAAGAACTACTGGCCGAAGAACATATCGATCAAGTTGATCTGTTTATTGCCGTCACCAACGATGACGAGGCCAATATCATGTCCGCCATGCTTGCCAAACGTATGGGTGCGAAAAAGGTGATGGTATTGATCCAGCGTCGCGCTTATGTGGATCTGGTTCAGGGGAGCGTTATCGATATTGCGATTTCACCACAACAAGCAACTATTTCTGCGT > NC_000913/3437296‑3437589 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |