| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 260,145 | G→C | 5.6% | intergenic (‑45/‑243) | phoE ← / → proB | outer membrane phosphoporin protein E/gamma‑glutamate kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 260,145 | 0 | G | C | 5.6% | 297.3 / 5.7 | 100 | intergenic (‑45/‑243) | phoE/proB | outer membrane phosphoporin protein E/gamma‑glutamate kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (45/48); new base C (4/2); total (50/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.36e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
AGACATCCAGTTTATTACCGTCTTTATTATATATTTCTGCAGCCTGTACAGATGCAGATGCCACAATGCCCATCACCACTAATGCCAGAGTGCTCTTTTTCATTTTCATTCCTGATTTTAATTAACGCGCGAATATTCAGCGGGAGAGTCCCGTTGAAAACAGGAAAGTTTTTAACCTGAGATTGTTAAAGATATATTACAGATTAATAATATTCTTAAAATGTGGTAATTTATTAAATCTGTAATAAAAGCGTAAACAACTGCCGCTAGGCTTGCTGATCCCGCGCAACAAAAC > NC_000913/259998‑260292 | aGACATCCAGTTTATTACCGTCTTTATTATATATTTCTGCAGCCTGTTCAGCTGCAGATGCCACAATGCCCAACACCACTAATGCCAGAGTGCTCTTTTTCATTTTCATTCCTGATTTTAATTAACGCGCGAATATTCAGCGGGAGAGt > 1:686052/1‑149 (MQ=255) ccAGTTTATTACCGTCTTTATTATATATTTCTGCAGCCTGTACAGATGCAGATGCCACAATGCCCATCACCACTAATGCCAGAGTGCTCTTTTTCATTTTCATTCCTGATTTTAATTAACGCGCGAATATTCAGCGGGAGAGTCCCGtt > 2:465855/1‑149 (MQ=255) ccAGTTTATTACCGTCTTTATTATATATTTCTGCAGCCTGTACAGATGCAGATGCCACAATGCCCATCACCACTAATGCCAGAGTGCTCTTTTTCATTTTCATTCCTGATTTTAATTAACGCGCGAATATTCAGCGGGAGAGTCCCGtt < 1:853758/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |