| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,901,308 | A→G | 5.3% | W305R (TGG→CGG) | bglH ← | carbohydrate‑specific outer membrane porin, cryptic |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,901,308 | 0 | A | G | 5.3% | 228.5 / 2.8 | 75 | W305R (TGG→CGG) | bglH | carbohydrate‑specific outer membrane porin, cryptic |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (36/35); new base G (2/2); total (38/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.83e-01 | |||||||||||
TTATCAAATTTCTGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATCTGCTGTTTGTTTTGCAGGCTGCGATCGTAATCATCGACATCTTCGCGAACCAGCGCGATATCAATTTTACCCGGACCGACTTTCCAGTTTTCCAGACCTACA > NC_000913/3901163‑3901456 | ttATCAAATTTCTGCCTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCAAAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCATTCGTTTGCCGTGACAAAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATaa < 2:308051/149‑1 (MQ=255) tCAAATTTCTGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACgg < 2:280158/149‑1 (MQ=255) tCAAATTTCTGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTATCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAATGTGGCTTTATCCCATAACgt > 2:1097746/1‑148 (MQ=255) cAAATTTCTGCGTTAAAGATGGTCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACggg < 2:859748/149‑1 (MQ=255) aaaTTTCTGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTCGAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCGTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTAGCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGa > 1:275739/1‑149 (MQ=255) aaaTTTCTGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGa < 2:17455/149‑1 (MQ=255) aaTTTCTGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGat > 1:448166/1‑149 (MQ=255) tCTGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCGTTATGGGataaag < 1:1113200/149‑4 (MQ=255) tCTGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCGTTATGGGataaag < 2:933244/149‑4 (MQ=255) tGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCttt > 2:36925/1‑149 (MQ=255) tGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCttt < 1:632062/149‑1 (MQ=255) cGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTtat < 1:517254/149‑1 (MQ=255) ttAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCGTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGCCCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAAGCGGATATCTATATAg > 2:681064/1‑149 (MQ=255) tAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCTTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGc < 1:298084/149‑1 (MQ=255) tgtgCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAAt < 1:31388/149‑1 (MQ=255) gCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATATTTATAGCGTAAATCaa > 2:967497/1‑149 (MQ=255) ccAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAAt > 1:838079/1‑149 (MQ=255) ccAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAAt > 2:982167/1‑149 (MQ=255) 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cAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAAtggtattggt > 2:546116/1‑149 (MQ=255) aGGTATTATTCAAGTCATAATACCCTTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGATTTCTTTTGACGTTACATAACTACCACTTACAATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAAtggtattggta < 1:298822/149‑1 (MQ=255) tCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAAt < 1:586832/149‑1 (MQ=255) cTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGATTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATc < 1:182922/149‑1 (MQ=255) aGTCATAATCCCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTAGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATCTGCtgt < 2:849430/149‑1 (MQ=255) gTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATCTGCtgtt < 2:590545/149‑1 (MQ=255) tCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATTACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATCTGCtgttt < 1:610241/149‑1 (MQ=255) taataCCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATctgct < 1:166608/142‑1 (MQ=255) taataCCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATctgct > 2:166608/1‑142 (MQ=255) aataCCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATACCGGGATATCTTTATAGCGTAAAGCAATGGTATTGGTATTAATCAGCTgtttgttt > 1:1038431/1‑149 (MQ=255) ataCCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATAGGTATTAATCTGCTGTTTGtttt > 1:1166171/1‑149 (MQ=255) ataCCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACAATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATCTGCTGTTTGtttt > 1:660152/1‑149 (MQ=255) aCCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATCTGCTGTTTGTTTTGc < 2:94565/149‑1 (MQ=255) aCCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGAAATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATCTGCTGTTTGTTTTGc < 1:1069398/149‑1 (MQ=255) cccGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATCTGCTGTTTGTTTTGCa < 1:363230/149‑1 (MQ=255) cccGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATCTGCTGTTTGTTTTGCa < 2:448166/149‑1 (MQ=255) attatCCTGATTATCTTTTTCCGAAGCGCTTTCGTGTGCCGGGACATAACGACCACTTACCATTAACGGGGCATTAACCCATAACCTGATATCTTTATAGCGTAAATCACTGGTATTGGGATTAATCAGCTCTTTGTTTTGCAGGCTGc < 2:30266/149‑1 (MQ=255) atCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATCTGCTGTTTGTTTTGCAGGCTGCGAt > 2:992621/1‑149 (MQ=255) atCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCAATAACGGGATATCTTTATAGCGAAAATCAATGATATTGGTATTAATCTGCTGTTTGTTTTGCAGGCTGCGAt > 1:741095/1‑149 (MQ=255) tGATTATCTTGTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATATCGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATCTGCTGTTTGTTTTGCAGGCTGCGATCGTa > 2:771848/1‑149 (MQ=255) aTTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGAGGCTTTATCCCATACCGGGATATCTTTATATCGTAAATCAATGGTAGTGGTATTAATCTGCTGTTTGTTTTGCAGGCTGCGATCGTAat < 2:217647/149‑1 (MQ=255) ttATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATCTGCTGTTTGTTTTGCAGGCTGCGATCGTAatc < 1:692864/149‑1 (MQ=255) aTCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATCTGCTGTTTGTTTTGCAGGCTGCGATCGTAatcat < 2:838079/149‑1 (MQ=255) ttttCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATCTGCTGTTTGTTTTGCAGGCTGCGATCGTAATCATCGAc > 1:606348/1‑149 (MQ=255) ttttCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAAAGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATCTGCTGTTTGTTTTGCAGGCTGCGATCGTAATCATCGAc < 2:370339/149‑1 (MQ=255) gATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATCTGCTGTTTGTTTTGCAGGCTGCGATCGTAATCATCGACATCTTc < 2:368429/149‑1 (MQ=255) gATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATCTGCTGTTTGTTTTGCAGGCTGCGATCGCAATCATCGACATCTTc > 1:728005/1‑149 (MQ=255) gcTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGTGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATCTGCTGTTTGTTTTGCAGGCTGCGATCGTAATCATCGACATCTTCGCGaa < 1:141397/149‑1 (MQ=255) gcTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATCTGCTGTTTGTTTTGCAGGCTGCGATCGTAATCATCGACATCTTCGCGaa > 1:735909/1‑149 (MQ=255) tttCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGCTATTAATCTGCTGTTTGTTTTTCAGGCTGCGATCGTAATCATCGACATCTTCGCGAAcc > 1:369909/1‑149 (MQ=255) ttCGTTTGCCGTGACATAACGCCCACTTACCATTTAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGAGTTCTTTATAGGGTATATCATTGGTAGTGGTATTAATCTGCTGTTTGTTTTGCTGGCTGCGATCTTTATCTTCTACTTCTTCGCGAGCCa > 2:658673/1‑149 (MQ=255) cGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATCTGCTGTTTGTTTTGCAGGCTGCGATCGTAATCATCGACATCTTCGCGAACCAGCGCGatat > 1:1160084/1‑149 (MQ=255) aCATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATCTGCTGTTTGTTTTGCAGGCTGCGATCGTAATCATCGACATCTTCGCGAACCAGCGCGATATCAAt < 1:478849/149‑1 (MQ=255) aTAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAAAGGTATTGGTATTAATCTGCTGTTTGTTTTGCAGGCTCCGATCGTAATCATCTACATCTTCGCGAACCAGCGCGATATCAAttt > 1:953042/1‑149 (MQ=255) aCGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATCTGCTGTTTGTTTTGCAGGCTGCGATCGTAATCATCGACATCTTCGCGAACCAGCGCGATATCAATTTTAc > 2:863552/1‑149 (MQ=255) 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tAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATCTGCTGTTTGTTTTGCAGGCTGCGATCGTAATCATCGACATCTTCGCGAACCAGCGCGATATCAATTTTACCCGGACCGACTTTcc < 2:974105/149‑1 (MQ=255) aaGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATCTGCTGTTTGTTTTGCAGGCTGCGATCGTAATCATCGACATCTTCGCGAACCAGCGCGATATCAATTTTACCCGGACCGACTTTCCa < 2:356971/149‑1 (MQ=255) aaGGTGGCTTAATCCCATAACGGGATATCTTAATAGCGTAAATCAATGGAATTGGTATTAATCTGCTGTTTGTTTTGCAGGCTGCGATCGTAATCATCGACATCTTCGCGAACCAGCGCGATATCAATTTTACCCGGACCGACTTTCCa < 1:191354/149‑1 (MQ=255) aGGTGGCGTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATCTGCTGTTTGTTTTGCAGGCTGCGAGCGTAATCATCGACATCTTCGCGAACCAGCGCGATATCAATTTTACCCGGACCGACTTTCCAg < 1:1185296/149‑1 (MQ=255) ataaagatATCCCGTTATGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATCTGCTGTTTGTTTTGCAGGCTGCGATCGTAATCATCGACATCTTCGCGAACCAGCGCGATATCAATTTTACCCGGACGGACTTTCCAGtt > 1:1030564/8‑149 (MQ=255) 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ccATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATCTGCTGTTTGTTTTGCAGGCTGCGATCGTAATCATCGACATCTTCGCGAACCAGCGCGATATCAATTTTACCCGGACCGACTTTCCAGTTTTCCAGACCTa > 2:317316/1‑149 (MQ=255) cATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATCTGCTGTTTGTTTTGCAGGCTGCGATCGTAATCATCGACATCTTCGCGAACCAGCGCGATATCAATTTTACCCGGCCCGACTTTCCAGTTTTCCAGACCTac > 2:68338/1‑149 (MQ=255) aTAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATCTGCTGTTTGTTTTGCAGGCTGCGATCGTAATCATCGACATCTTCGCGAACCAGCGCGATATCAATTTTACCCGGCCCGACTTTCCAGTTTTCCAGACCTaca > 2:111464/1‑149 (MQ=255) | TTATCAAATTTCTGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATCTGCTGTTTGTTTTGCAGGCTGCGATCGTAATCATCGACATCTTCGCGAACCAGCGCGATATCAATTTTACCCGGACCGACTTTCCAGTTTTCCAGACCTACA > NC_000913/3901163‑3901456 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |