Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 691,791 | G→A | 6.8% | intergenic (‑7/+83) | ybeX ← / ← ybeY | putative ion transport/ssRNA‑specific endoribonuclease; 16S rRNA 3' end maturation and quality control co‑endoribonuclease working with RNase R; rRNA transcription antitermination factor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 691,791 | 0 | G | A | 6.8% | 168.8 / 2.8 | 59 | intergenic (‑7/+83) | ybeX/ybeY | putative ion transport/ssRNA‑specific endoribonuclease; 16S rRNA 3' end maturation and quality control co‑endoribonuclease working with RNase R; rRNA transcription antitermination factor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (30/25); new base A (2/2); total (32/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.32e-01 |
GTTCTGCCCGGAATCACGGATCAGCGCCAGCAGTTCGTCACGGTTTTTCGGTTCACCGTGGAAAAGTTGGCTGAGTAACAGGGAGAAAAATCCCTTCTTGTTGCTTATCGTGTCACTACTGTGTGAATTGTCGTCGCTCATGGCGTCGTATGGGTTCTCATGTTAGTTAATCAAAACGCCGTCGTTAATCACCAACGGCGGGGACGTCTGCCAGTCAAATGCCTGGCAAATTATTCTTTCTCGGCAATGTACGGATCCTCATAGCCCAGAGCAAGCATAATCTCTGTTTCGAG > NC_000913/691644‑691936 | gTTCTGCCCGGAATCACGGATCAGCGCCAGCAGTTCGTCACGGTTTTTCGGTTCACCGTGGAAAAGTTGGCTGAGTAACAGGGAGTAAAATCCCTTCTTGTTGCTTATCGTGTCACTACTGTGTGAATTGTCGTCGCTCATGGcgtcgt < 2:937426/149‑1 (MQ=255) ccGGAATCACGGATCAGCGCCAGCAGTTCGTCACGGTTTTTCGGTTCACCGTGGAAAAGTTGGCTGAGTTACAGGGAGAAAAATCCCTTCTTGTTGCTTATCGTGTCACTACTGTGTGAATTGTCGTCGCTCATGGCGTCGTATGGGtt < 1:625920/149‑1 (MQ=255) ccGGAATCACGGATCAGCGCCAGCAGTTCGTCACGGTTTTTCGGTTCACCGTGGAAAAGTTGGCTGAGTAACAGGGAGAAAAATCCCTTCTTGTTGCTTATCGTGTCACTACTGTGTGAATTGTCGTCGCTCATGGCGTCGTATGGGtt < 1:1016780/149‑1 (MQ=255) ccGGAATCACGGATCAGCGCCAGCAGTTCGTCACGGTTATTCGGTTCACCGTGGAACAGTTGGCTGAGTAACAGGGAGAAAAATCCCTTGTTGTTGCTTATCGTGTCACTACTGTGTGATTTGTCGTCGATCATGGCGTCGTATGGGtt > 2:643959/1‑149 (MQ=255) cGGAATCACGGATCAGCGCCAGCAGTTCGTCACGGTTTTTCGGTTCACCGTGGAAAAGTTGGCTGAGTAACAGGGAGAAAAATCCCTTCTTGTTGCTTATCGTGTCACTACTGTGTGAATTGTCGTCGCTCATGGCGTCGTATGGGTtc > 2:417114/1‑149 (MQ=255) cACGGATCAGCGCCAGCAGTTCGTCACGGTTTTTCGGTTCACCGTGGAAAAGTTGGCTGAGTAACAGGGAGAAAAATCCCTTCTTGTTGCTTATCGTGTCACTACTGTGTGAATTGTCGTCGCTCATGGCGTCGTATGGGTTCTCATgt > 2:785586/1‑149 (MQ=255) ggATCAGCGCCAGCAGGTCGTCACGGTTTTTCGGTTCACCGTGGAAAAGTTGGCTGAGTAACAGGGAGAAAAATCCCTTCTTGTTGCTTATCGTGTCACTACTGTGTGAATTGTCGTCGCTCATGGCGTCGTATGGGTTCTCATgttag < 1:1010890/149‑1 (MQ=255) cagcagTTCGTCACGGTTTTTCGGTTCACCGTGGAAAAGTTGGCTGAGTAACAGGGAGAAAAATCCCTTCTTGTTGCTTATCGTGTCACTACTGTGTGAATTGTCGTCGCTCATGGCGTCGTATGGGTTCTCATGTTAGTTAATCaaaa > 1:622949/1‑149 (MQ=255) gcagTTCGTCACGTTTTTTCGGTTCACCGTGGAAAAGTTGGCTGAGTAACAGGGAGAAAAATCCCTTCTTGTTGCTTATCGTGTCACTACTGTGTGTATTGTGGTCGCTCATGGCGTCGTATGGGTTCTCATGTTAGTTAATCAAAACg < 1:1139210/149‑1 (MQ=255) cagTTCGTCACGGTTTTTCGGTTCACCGTGGAAAAGTTGGCTGAGTAACAGGGAGAAAAATCCCTTCTTGTTGCTTATCGTGTCACTACTGTGTGAATTGTCGTCGCTCATGGCGTCGTATGGGTTCTCATGTTAGTTAATCAAAACGc < 2:459102/149‑1 (MQ=255) agTTCGTCACGGTTTTTCGGTTCACCGTGGAAAAGTTGGCTGAGTAACAGGGAGAAAAATCCCTTCTTGTTGCTTATCGTGTCACTACTGTGTGAATTGTCGTCGCTCATGGCGGGGTATGGGTTCTCATGTTAGTTAATCAAAACGcc > 2:549959/1‑149 (MQ=255) tCACGGTTTTTCGGTTCGCCGTGGAAAAGTTGGATGAGTAACAGGGAGAACAATCCCTTCTTGTTGCTTATCGTGTCACTACTGTGTGAATTGTCGTCGCTCATGGCGTCGGATGGGTTCTCAGGTTAGTTAATCAAAACGCcggagtt > 2:747451/1‑144 (MQ=255) ggTTTTTCGGTTCACCGTGGAAAAGTTGGCTGAGTAACAGGGAGAAAAATCCCTTCTTGTTGCTTATCGTGTCACTACTGTGTGAATTGTCGTCGCTCATGGCGTCATATGGGTTCTCATGTTAGTTAATCAAAACGCCGTCGTTAAta > 1:941224/1‑148 (MQ=255) ggTTTTTCGGTTCACCGTGGAAAAGTTGGCTGAGTAACAGGGAGAAAAATCCCTTCTTGTTGCTTATCGTGTCACTACTGTGTGAATTGTCGTCGCTCATGGCGTCATATGGGTTCTCATGTTAGTTAATCAAAACGCCGTCGTTAATc > 1:936715/1‑149 (MQ=255) 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gAAAAGTTGGCTGAGTAACAGGGAGAAAAATCCCTTCTTGTTGCTTATCGTGTCACTACTGTGTGAATTGTCGTCGCTCATGGCGTCGTATGGGTTCTCATGTTAGTTAATCAAAACGCCGTCGTTAATCACCAACGGCGGGGACGTCt > 2:371339/1‑149 (MQ=255) gAAAAGTTGGCTGAGTAACAGAGAGAAAAATCCCTTCTTGTTGCTTATCGTGTCACTACTGTGTGAATTGTCGTCGCTCATGGCGTCGTATTGGTTCTCATGTTAGTTAATCAAAACGCCGTCGTTAATCACCAACGGCGGGGACGTCt > 1:297844/1‑149 (MQ=255) aaaaGTTGGCTGAGTAACAGGGAGAAAAATCCCTTCTTGTTGCTTATCGTGTCACTACTGTGTGAATTGTCGTCGCTCATGGCGTCGTATGGGTTCTCATGTTAGTTAATCAAAACGCCGTCGTTAATCACCAACGGCGGGGACGTCTg > 1:603216/1‑149 (MQ=255) aaaaGTTGGCTGAGTAACAGGGAGAAAAATCCCTTCTTGTTGCTTATCGTGTCACTACTGTGTGAATTGTCGTCGCTCATGGCGTCGTATGGGTTCTCATGTTAGTTAATCAAAACGCCGTCGTTAATCACCAACGGCGGGGACGTCTg > 1:764239/1‑149 (MQ=255) aaaGTTGGCTGAGTACCAGGGAGAAAAATCCCTTCTTGTTGCTTATCGTGTCACTACTGTGTGAATTGTCGTCGCTCATGGCGTCGTATGGGTTCTCATGTTAGTTAATCAAAACGCCGTCGTTAATCACCAACGGCGGGGACGTCTGc < 2:121764/149‑1 (MQ=255) aaaGTTGGCTGAGTAACAGGGAGAAAAATCCCTTCTTGTTGCTTATCGTGTCACTACTGTGTGAATTGTCGTCGCTCATGGCGTCGTATGGGTTCTCATGTTAGTTAATCAAAACGCCGTCGTTAATCACCAACGGCGGGGACGTCTGc < 2:152915/149‑1 (MQ=255) aaaGTTGGCTGAGTAACAGGGAGAAAAATCCCTTCTTGTTGCTTATCGTGTCACTACTGTGTGAATTGTCGTCGCTCATGGCGTCGTATGGGTTCTCATGTTAGTTAATCAAAACGCCGTCGTTAATCACCAACGGCGGGGACGTCTGc < 2:1026700/149‑1 (MQ=255) ttGGCTGAGTAACAGGGAGAAAAATCCCTTCTTGTTGCTTATCGTGTCACTACTGTGTGAATTGTCGTCGCTCATGGCGTCGTATGGGTTCTCACGTTAGTTAATCAAAACGCCGTCGTTAATCACCAACGCCGGGGACGTCTGCCAga > 2:293676/1‑148 (MQ=255) tGGCTGAGTAACAGGGAGAAAAATCCCTTCTTGTTGCTTATCGTGTCACTACTGTGTGAATTGTCGTCGCTCATGGCGTCGTATGGGTTCTCATGTTAGTTAATCAAAACGCCGTCGTTAATCACCAACGGCGGGGACGTCTGCCAGTc < 1:1093221/149‑1 (MQ=255) gCTGAGTAACAGGGAGAAAAATCCCTTCTTGTTGCTTATCGTGTCACTACTGTGTGAATTGTCGTCGCTCATGGCGTCGTATGGGTTCTCATGTTAGTTAATCAAAACGCCGTCGTTAATCACCAACGGCGGGGACGTCTGCCAGTCaa > 1:25138/1‑149 (MQ=255) tGAGTACCAGGGAGAAAAATCCATTCTTGTTGCTTATCGTGTCACTACTGTGTGAATTGTCGTCGCTCATGGCGTCGTATGGGTTCTCATGTTAGTTAATCAAAACGCCGTCGTTAATCACCAACGGCGGGGACGTCTGCCAGTCAAAt < 1:669734/149‑1 (MQ=255) tGAGTAACAGGGAGAAAAATCCCTTCTTGTTGCTTATCGTGTCACTACTGTGTGAATTGTCGTCGCTCATGGCGTCGTATGGGTTCTCATGTTAGTTAATAAAAACGCCGTCGTTAATCACCAACGGCGGGGACGTCTGCCAGTCAAAt > 2:232761/1‑149 (MQ=255) gAGTAACAGGGAGAAAAATCCCTTCTTGTTGCTTATCGTGTCACTACTGTGTGAATTGTCGTCGCTCATGGCGTCGTATGGGTTCTCAAGTTAGTTAATCAAAACGCCGTCGTTAATCACCAACGGCGGGGACGTCTGCCAGTCAAATg > 2:156461/1‑149 (MQ=255) ttAACAGGGAGAAAAATCCCTTCTTGTTGCTTATCGTGTCACTACTTAGTGAATTGTCGTCGCTCATGGCGTCGTATGGGTTCTCATGTTATTTAATCAAAACGCCGTCGTTAATCACCAACGGCGGGGACGTCTGCCAGTCAAATGcc < 1:156875/148‑1 (MQ=255) tAACAGGGAGAAAAATCCCTTCTTGTTGCTTATCGTGTCACTACTGTGTGAATTGTCGTCGCTCATGGCGTCATATGGGTTCTCATGTTAGTTAATCAAAACGCCGTCGTTAATCACCAACGGCGGGGACGTCTGCCAGTCAAATGCCt < 2:941224/149‑1 (MQ=255) 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tgCTTATCGTGTCACTACTGTGTGAATTGTCGTCGCTCATGGCGTCGTATGGGTTCTCATGTTAGTTAATCAAAACGCCGTCGTTAATCACCAACGGCGGGGACGTCTGCCAGTCAAATGCCTGGCAAATTATTCTTTCTCGGCAATGt < 1:887851/149‑1 (MQ=255) tCGTGTCACTACTGTGTGAATTGTCGTCGCTCATGGCGTCGTATGGGTTCTCATGTTAGTTAATCAAAACGCCGTCGTTAATCACCAACGGCGGGGACGTCTGCCAGTCAAATGCCTGGCAAATTATTCTTTCTCGGCAATGTACGGAt < 1:808368/149‑1 (MQ=255) cGTGTCACTACTGTGTGAATTGTCGTCGCTCATGGCGTCGTATGGGTTCTCATGTTAGTTAATCAAAACGCCGTCGTTAATCACCAACGGCGGGGACGTCTGCCAGTCAAATGCCTGGCAAATTATTCTTTCTCGGCAATGTACGGATc > 2:782416/1‑149 (MQ=255) tgtCACTACTGTGTGAATTGTCGTCGCTCATGGCGTCGTATGGGTTCTCATGTTAGTTAATCAAAACGCCGTCGTTAATCACCAACGGCGGGGACGTCTGCCAGTCAAATGCCTGGCAAATTATTCTTTCTCGGCAATGTACGGATCCt < 1:450307/149‑1 (MQ=255) gtCACTACTGTGTGAATTGTCGTCGCTCATGGCGTCGTATGGGTTCTCATGTTAGTTAATCAAAACGCCGTCGTTAATCACCAACGGCGGTGACGTCTGCCCGTCAAATGCCTGGCAAAGTATTATTTCTCGGCAATGTACGGATCCTc > 2:658286/1‑149 (MQ=255) tactGTGTGATATGTCGTCGCTCATGGCGTCGTATGGGTTCTCATGTTAGTTAATCAAAACGCCGTCTTTAATCAGCTACGGCGGGGACGTCTGCCAGTCAAATGCCTGGCAAATTATTCTTTCTCGGCAATGAACGTATCCTCATAGc < 2:58331/149‑1 (MQ=255) tactGTGTGAATTGTCGTCGCTCATGGCGTCGTATGGGTTCTCATGTTAGTTAATCAAAACGCCGTCGTTAATCACCAACGGCGGGGACGTCTGCCAGTCAAATGACTGGCAAATTATTCTTTCTCGGCAATGTACGGATCCTCATAGc > 1:286799/1‑149 (MQ=255) tgtgtgAATTGTCGGCGCTCTTGGCGTCGTATGGGTTCTCATGTTAGTTAATCAAAACGCCGTCGTTAATCACCAACGGCGGGGACGTCTGCCAGTCATATGCCTGGCAAATTATTCTTTCTCGGCAATGTACGGATCCTCATAGCCCa < 1:191376/149‑1 (MQ=255) tgtgAATTGTCGTCGCTCATGGCGTCGTATGGGTTCTCATGTTAGTTAATCAAAACGCCGTCGGTAATCACCCACGGCGGGGACGTCTGCCCGTCAAATGCCAGGCAAAGTAATCTTTCTCGGCTATGTACGGATGCTCATAGCCCcga > 2:1095951/1‑149 (MQ=255) gAATTGTCGTCGCTCATGGCGTCGTATGGGTTCTCATGTTAGTTAATCAAAACGCCGTCGTTAATCACCTACGGCGGGGACGTCTGCGAGTCAAATGCCTGGCAAATTTTTCTTTCTCGGCAAAGTACGGATCATCAAAGACCAGagca > 2:10090/1‑149 (MQ=255) 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gCGTCGTATGGGTTCTCATGTTAGTTAATCAAAACGCCGTCGTTAATCACCAACGGCGGGGACGTCTGCCAGTCAAATGCGTGGCAAATTTTTCTTTCTCGCCAATGTACGGATCCTCATAGCCCAGAGCAATCAAAATGACAGTTTCg > 2:77512/1‑149 (MQ=255) cgtcgtATGGGTTCTCATGTTAGTTAATCAAAACGCCGTCGTTAATCACCAACGGCGGGGACGTCTGCCAGTCAAATGCCTGGCAAATTATTCTTTCTCGGCAATGTACGGATCCTCATAGCCCAGAGCAAGCATAATCTCTGTTTCGa < 2:297844/149‑1 (MQ=255) gtcgtATGGGTTCTCATGTTAGTTAATCAAAACGCCGTCGTTAATCACCAACGGCGGGGACGTCTGCCAGTCAAATGCCTGGCAAATTATTCTTTCTCGGCAATGTACGGATCCTCATAGCCCAGAGCAAGCATAATCTCTGTTTCGAg > 2:761600/1‑149 (MQ=255) | GTTCTGCCCGGAATCACGGATCAGCGCCAGCAGTTCGTCACGGTTTTTCGGTTCACCGTGGAAAAGTTGGCTGAGTAACAGGGAGAAAAATCCCTTCTTGTTGCTTATCGTGTCACTACTGTGTGAATTGTCGTCGCTCATGGCGTCGTATGGGTTCTCATGTTAGTTAATCAAAACGCCGTCGTTAATCACCAACGGCGGGGACGTCTGCCAGTCAAATGCCTGGCAAATTATTCTTTCTCGGCAATGTACGGATCCTCATAGCCCAGAGCAAGCATAATCTCTGTTTCGAG > NC_000913/691644‑691936 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |