| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,286,955 | 0 | T | A | 6.8% | 560.1 / 5.6 | 199 | intergenic (+429/+111) | narI/rttR | nitrate reductase 1, gamma (cytochrome b(NR)) subunit/rtT sRNA, processed from tyrT transcript |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (53/122); new base A (15/2); total (75/124) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.02e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 222 total aligned reads displayed.
GTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTC‑GTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCG > NC_000913/1286806‑1287104 | gTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTC‑GTTGCCTGCGGCAACGct > 1:5335422/1‑150 (MQ=255)gTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGATTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGTCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTC‑GTTGCCTGCGGCAACGct < 2:6126774/150‑1 (MQ=255) gAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTC‑GTTGCCTGCGGCAACGctcgc > 1:1389341/1‑148 (MQ=255) 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ggTC‑GTTGCCTGCGGCAAAGCTCTAACCCTGAAGCTCGAGCCGAACCTAAGTCGAAGCGTCTCAAACTTACCCCCATGGGCAGAAAAATTTATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTTGTGGGGGGAGGAt > 2:739661/1‑150 (MQ=14) tC‑GTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTTGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTa < 1:1197580/150‑1 (MQ=255) cTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAgcg > 2:5439298/1‑150 (MQ=255) cGGCAACGCTCTCTCGCTGCCGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTg < 2:5490201/150‑1 (MQ=255) gCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGTGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTgcg < 2:2740055/150‑1 (MQ=255) 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tctctcGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTACCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTAGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGAGCGCTTCg > 1:4370279/1‑150 (MQ=255) | GTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTC‑GTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCG > NC_000913/1286806‑1287104 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |