Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,481,249 | G→T | 6.8% | G114V (GGA→GTA) | ynbD → | putative phosphatase inner membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,481,249 | 0 | G | T | 6.8% | 198.1 / 2.7 | 59 | G114V (GGA→GTA) | ynbD | putative phosphatase inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (33/22); new base T (2/2); total (35/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.15e-01 |
CTGTTCGTTTGTAGCACGACATTCGAACAGCGCCGACTTGTCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCAACTTGAACTGTTTGATCTGCCTTATAACCAGTCTCCTTCGCTGCATATTATTCTCTGCTGGCTACTTTGGCGTCACTTTCGTCAGCATCTGGCTGAGAGGTGGCGTAAAGTCTGCGGCGGATG > NC_000913/1481110‑1481387 | cTGTTCGTTTGTAGCACGACATTCGAACAGCGCCGACTTGTCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACggg < 2:58982/140‑1 (MQ=255) ttCGTTTGTAGCACGACATTCGAACAGCGCCGACTTGTCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATg > 1:1303525/1‑140 (MQ=255) aGCACGACATTCGAACAGCGCCGACTTGTCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTc < 2:943424/140‑1 (MQ=255) gCACGACATTCGAACAGCGCCGACTTGTCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCg > 1:229752/1‑140 (MQ=255) cGACATTCGAACAGCGCCGACTTGTCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCaa > 2:340728/1‑140 (MQ=255) cGACATTCGAACAGCGCCGACTTGACCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCaa > 2:843441/1‑140 (MQ=255) aCAGCGCCGACTTGTCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCAACTTGAACTGt < 2:394356/140‑1 (MQ=255) cAGCGCCGACTTGTCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCAACTTGAACTGtt > 2:611544/1‑140 (MQ=255) cAGAGCCGACTTGTCCACCGGCTTATTATGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTGTATCCGCTGAATTTTAGTTTTATCATTCCTGATGTGAGTGGGTTGAGGGGATGGCTATTTTCGCTACTTGAAGTGtt > 2:1358883/1‑140 (MQ=255) cgcCGACTTGTCCACCGGCTTATTCTGGCACCGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGTAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCAACATGAACTGTTTGa > 2:511772/1‑140 (MQ=255) gcCGACTTGTCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCAACTTGAACTGTTTGAt < 1:392864/140‑1 (MQ=255) ccGACTTGTCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCAACTTGAACTGTTTGATc < 1:944616/140‑1 (MQ=255) tCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCAACTTGAACTGTTTGATCTGCCTtat > 1:1246878/1‑140 (MQ=255) tCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCAACTTGAACTGTTTGATCTGCCTtat > 2:1439535/1‑140 (MQ=255) tCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCAACTTGAACTGTTTGATCTGCCTtat > 1:459048/1‑140 (MQ=255) tCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCAACTTGAACTGTTTGATCTGCCTtat > 1:395936/1‑140 (MQ=255) tCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCAACTTGAACTGTTTGATCTGCCTtat > 1:395965/1‑140 (MQ=255) tCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCAACTTGAACTGTTTGATCTGCCTtat < 1:1279603/140‑1 (MQ=255) tCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCAACTTGAACTGTTTGATCTGCCTtat < 1:1278681/140‑1 (MQ=255) tCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCAACTTGAACTGTGTGATCTGCCTtat > 2:932484/1‑140 (MQ=255) tCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGGTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCAACTTGAACTGTTTGATCTGCCTtat > 2:890692/1‑140 (MQ=255) cGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCAACTTGAACTGTTTGATCTGCCTTATAACCa < 2:123436/140‑1 (MQ=255) gCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGTATGGCTATTTTCGCAACTTGAACTGTTTGAt > 2:878528/1‑124 (MQ=255) gCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGTATGGCTATTTTCGCAACTTGAACTGTTTGAt < 1:878528/124‑1 (MQ=255) gCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGTATGGCTATTTTCGCAACTTGAACTGTTTGAt < 1:878638/124‑1 (MQ=255) gCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGTATGGCTATTTTCGCAACTTGAACTGTTTGAt > 2:878638/1‑124 (MQ=255) gCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCAACTTGAACTGTTTGATCTGCCTTATAACCAGt < 2:323535/140‑1 (MQ=255) tATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCAACTTGAACTGTTTGATCTGCCTTATAACCAGtctc > 1:1351244/1‑140 (MQ=255) tGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCAACTTGAACTGTTTGATCTGCCTTATAACCAGTCTCCTTCg < 1:1409984/140‑1 (MQ=255) gCAACGGTAATGGCCTGCTGCGTTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCAACTTGAACTGTTTGATCTGCCTTATAACCAGTCTCCTTCGCt < 2:101002/140‑1 (MQ=255) gCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCAACTTGAACTGTTTGATCTGCCTTATAACCAGTCTCCTTCGCt > 1:108003/1‑140 (MQ=255) gCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCAACTTGAACTGTTTGATCTGCCTTATAACCAGTCTCCTTCGCt < 1:2894/140‑1 (MQ=255) gCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCAACTTGAACTGTTTGATCTGCCTTATAACCAGTCTCCTTCGCt > 1:716848/1‑140 (MQ=255) gCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCAACTTGAACTGTTTGATCTGCCTTATAACCAGTCTCCTTCGCt < 1:739020/140‑1 (MQ=255) gCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCAACTTGAACTGTTTGATCTGCCTTATAACCAGTCTCCTTCGCt < 1:1545796/140‑1 (MQ=255) gCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGAGACGGGATGGCTATTTTCGCAACTTGAACTGTTTGATCTGCCTTATAACCAGTCTCCTTCGCt > 2:830294/1‑140 (MQ=255) gCAACCGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATACGTCCTGAATAGAGTGGGGTGACGGGATGTCTATATTCTCAACATGAACTGTTTGATCTGCCTTATAACAAGTCTCCTTCgat > 2:275728/1‑138 (MQ=255) cAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCAACTTGAACTGTTTGATCTGCCTTATAACCAGTCTCCTTCGCTg > 2:1590537/1‑140 (MQ=255) tGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCAACTTGAACTGTTTGATCTGCCTTATAACCAGTCTCCTTCGCTGCATattatt < 1:1361840/140‑1 (MQ=255) tGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCAACTTGAACTGTTTGATCTGCCTTATAACCAGTCTCCTTCGCTGCATattatt < 1:946977/140‑1 (MQ=255) tgctgcGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCAACTTGAACTGTTTGATCTGCCTTATAACCAGTCTCCTTCGCTGCATATTATTCTctg < 1:739335/140‑1 (MQ=255) tgctgcCGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTATATCCGTCCTGACGTGAGTGGGGAGACGGGCTGGCTATTTACGCAACTTGAACTGTTTGATCTGCCTTAAAACCAGTCTCCTTCGCTGCATATTATtctcag > 2:1508861/1‑138 (MQ=255) ctgcGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCAACTTGAACTGTTTGATCTGCCTTATAACCAGTCTCCTTCGCTGCAGATTATTCTctgct > 2:294853/1‑140 (MQ=255) ctctATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCAACTTGAACTGTTTGATCTGCCTTATAACCAGTCTCCTTCGCTGCATATTATTCTCTGCTGGCTACTTTGGCg < 1:1590537/140‑1 (MQ=255) tATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCAACTTGAACTGTTTGATCTGCCTTATAACCAGTCTCCTTCGCTGCATATTATTCTCTGCTGGCTACTTTGGCGTCa > 2:1159882/1‑140 (MQ=255) tATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCAACTTGAACTGTTTGATCTGCCTTATAACCAGTCTCCTTCGCTGCATATTATTCTCTGCTGGCTACTTTGGCGTCa > 2:190563/1‑140 (MQ=255) tATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCAACTTGAACTGTTTGATCTGCCTTATAACCAGTCTCCTTCGCTGCATATTATTCTCTGCTGGCTACTTTGGCGTCa > 2:1073511/1‑140 (MQ=255) gtttagtttTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGCTGGCTATTTTCGCAACGTGAACAGTTTGATCTGCCTTATAACCAGTCTCCTTCGCTGGATATTATTCTCTGCTGGCTACTTTGGCGTCACTGTCGTCAGc < 2:1020307/140‑1 (MQ=255) gtttagtgtTCTCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCAACTTGAACGGATTGATCTGCCTGCTAACCAGACTCCTTCGCTGCATATTAGTCTCTGCGGGCTACTTTGGCGTCCCTTTCGTCAGc < 2:1020140/140‑1 (MQ=255) tttagtttTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCAACTTGAACTGTTTGATCTGCCTTATAACCAGTCTCCTTCGCTGCATATTATTCTCTGCTGGCTACTTTGGCGTCACTTTCGTCAGCa > 2:1087091/1‑140 (MQ=255) tttagtttTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCAACTTGAACTGTTTGATCTGCCTTATAACCAGTCTCCTTCGCTGCATATTATTCTCTGCTGGCTACTTTGGCGTCACTTTCGTCAGCa > 2:451421/1‑140 (MQ=255) ttagtttTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCAACTTGAACTGTTTGATCTGCCTTATAACCAGTCTCCTTCGCTGCATATTATTCTCTGCTGGCTACTTTGGCGTCACTTTCGTCAGCAt < 2:1406108/140‑1 (MQ=255) aTCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCAACTTGAACTGTTTGATCTGCCTTATAACCAGTCTCCTTCGCTGCATATTATTCTCTGCTGGCTACTTTGGCGTCACTTTCGTCAGCATCTGGCTga > 2:1571835/1‑140 (MQ=255) tCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCAACTTGAACTGTTTGATCTGCCTTATAACCAGTCTCCTTCGCTGCATATTATTCTCTGCTGGCTACTTTGGCGTCACTTTCGTCAGCATCTGGCTgag > 2:31831/1‑140 (MQ=255) tCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCAACTTGAACTGTTTGATCTGCCTTATAACCAGTCTCCTTCGCTGCATATTATTCTCTGCTGGCTACTTTGGCGTCACTTTCGTCAGCATCTGGCTgag > 2:753181/1‑140 (MQ=255) tCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCAACTTGAACTGTTTGATCTGCCTTATAACCAGTCTCCTTCGCTGCATATTATTCTCTGCTGGCTACTTTGGCGTCACTTTCGTCAGCATCTGGCTgag > 2:1015398/1‑140 (MQ=255) tCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCAACTTGAACTGTTTGATCTGCCTTATAACCAGTCTCCTTCGCTGCATATTATTCTCTGCTGGCTACTTTGGCGTCACTTTCGTCAGCATCTGGCTgag > 2:936683/1‑140 (MQ=255) cGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCAACTTGAACTGTTTGATCTGCCTTATAACCAGTCTCCTTCGCTGCATATTATTCTCTGCTGGCTACTTTGGCGTCACTTTCGTCAGCATCTGGCTGagag < 1:92290/140‑1 (MQ=255) tCCTGAAGTGTGTGGGGTGTCGGGATGGCTATTTTCGCAACTTGAACTGTTTGATCTGCCTTATAACCAGTCTCCTTCGCTGCATATTATTCTCTGCTGGCTACTTTGGCGTCACTTTCGTCAGCATCTGGCTGAGAGGt < 2:1340739/140‑1 (MQ=255) tGACGGGATGGCTATTTTCGCAACTTGAACTGTTTGATCTGCCTTATAACCAGTCTCCTTCGCTGCATATTATTCTCTGCTGGCTACTTTGGCGTCACTTTCGTCAGCATCTGGCTGAGTGGTGGCGTATGGTCTgcggc > 1:990184/1‑140 (MQ=255) gggATGGCTATTTTCGCAACTTGAACTGTTTGATCTGCCTTATAACCAGTCTCCTTCGCTGCATATTATTCTCTGCTGGCTACTTTGGCGTCACTTTCGTCAGCATCTGGCTGAGAGGTGGCGTAAAGTCTGCGGCGGAt < 1:150400/140‑1 (MQ=255) ggATGGCTAGGTTCGCAACTTGAACTGTTTGATCTGCCTTATAACCAGTCTCCTTCGCTGCATAGTATTCTCTGCTGGCTACTTTGGCGTCACTTTCGTCAGCCTCTGGCTGAGAGGTGGCGTAAAGTCTGCGGCGGATg > 2:988519/1‑140 (MQ=255) | CTGTTCGTTTGTAGCACGACATTCGAACAGCGCCGACTTGTCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCAACTTGAACTGTTTGATCTGCCTTATAACCAGTCTCCTTCGCTGCATATTATTCTCTGCTGGCTACTTTGGCGTCACTTTCGTCAGCATCTGGCTGAGAGGTGGCGTAAAGTCTGCGGCGGATG > NC_000913/1481110‑1481387 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |