| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,348,756 | C→A | 5.5% | intergenic (‑12/+559) | dcuB ← / ← dcuR | C4‑dicarboxylate transporter, anaerobic; DcuS co‑sensor/response regulator in two‑component regulatory system with DcuS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,348,756 | 0 | C | A | 5.5% | 258.2 / 2.5 | 72 | intergenic (‑12/+559) | dcuB/dcuR | C4‑dicarboxylate transporter, anaerobic; DcuS co‑sensor/response regulator in two‑component regulatory system with DcuS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (28/40); new base A (2/2); total (30/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.74e-01 | |||||||||||
TGAAGGTGGAAGACGAAGACCAGAATGACCAGACCGATACCGCCTAATAAACCCAGCGCGATACCACCCTTTCTGGCACCATAAAACAGACATATCAGTATTATGATAAGTTGGATAGTAAATAACATGTGTGAACCCTCGCGATAATCCTATTTAAATTTTTGCTGAATAGATCACAGTCACGTTCTGTTTTGTATGAACTGTTTTCAGAGCCTGACTAAATATCCGTTTGGTCGTTACCGGCTTTAGCAAATACCTCACAGTGAATATTGGCTGATT > NC_000913/4348617‑4348895 | tGAAGGTGGAAGACGAAGACCAGAATGACCAGACCGATACCGCCTAATAAACCCAGCGCGATACCACCCTTTCTGGCACCATAAAACAGACATATCAGTATTATGATAAGTTGGATAGTAAATAACATGTGTGAACCCTc > 2:388294/1‑140 (MQ=255) acgaagacCAGAATGACCAGACCGATACCGCCTAATAAACCCAGCGCGATACCACCCTTTCTGGCACCATAAAACAGACATATCAGTATTATGATAAGTTGGATAGTAAATAACATGTGTGAACCCTCGCGATAATCCTa > 1:1204885/1‑140 (MQ=255) aTGACCAGACCGATACCGCCTAATAAACCCAGCGCGATACCACCCTTTCTGGCACCATAAAACAGACATATCAGTATTATGATAAGTTGGATAGTAAATAACATGTGTGAACCCTCGCGATAATCCTATTTAAATTTTTg < 2:472056/140‑1 (MQ=255) aTGACCAGACCGATACCGCCTAATAAACCCAGCGCGATACCACCCTTTCTGGCACCATAAAACAGACATATCAGTATTATGATAAGTTGGATAGTAAATAACATGTGTGAACCCTCGCGATAATCCTATTTAAATTTTTg < 2:474237/140‑1 (MQ=255) aTGACCAGACCGATACCGCCTAATAAACCCAGCGCGATACCACCCTTTCTGGCACCATAAAACAGACATATCAGTATTATGATAAGTTGGATAGTAAATAACATGTGTGAACCCTCGCGATAATCCTATTTAAATTTTTg < 2:1177162/140‑1 (MQ=255) aTGACCAGACCGATACAGCCTAATAACCCCAGCGCGATACCACCCTTTCTGGCACCATAAAACAGACATATCAGTATTATGATAAGTTGGATAGAAAATAACATGTGTGAACCCTCGCGATAATCCTATTTAAATTTTTg < 1:558625/140‑1 (MQ=255) gACCAGACCGATACCGCCTAATAAACCCAGCGCGATACCACCCTTTCTGGCACCATAAAACAGACATATCAGTATTATGATAAGTTGGATAGTTAATAACATGTGTGAACCCTCGCGATAATCCTATTTAAATTTTTGCt < 1:1860/140‑1 (MQ=255) gACCAGACCGATACCGCCTAATAAACCCAGCGCGATACCACCCTTTCTGGCACCATAAAACAGACATATCAGTATTATGATAAGTTGGATAGTAAATAACATGTGTGAACCCTCGCGATAATCCTATTTAAATTTTTGCt < 1:363365/140‑1 (MQ=255) cGATACCGCCTAATAAACCCAGCGCGATACCACCCTTTCTGGCACCATAAAACAGACATATCAGTATTATGATAAGTTGGATAGTAAATAACATGTGTGAACCCTCGCGATAATCCTATTTAAATTTTTGCTGAATAGAt < 1:11612/140‑1 (MQ=255) cGATACCGCCTAATAAACCCAGCGCGATACCACCCTTACTGGCACCATAAAACAGACATATCAGTATTATGATAAGTTGGATAGTAAATAACATGAGTGAACCCTCGCGATAATCCTATTTAAATTTTTGCTGAATAGAt < 2:379823/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ataaACCCAGCGCGATACCACCCTTTCTGGCACCATAAAACAGACATATCAGTATTATGATAAGTTGGATAGTAAATAACATGTGTGAACCCTCGCGATAATCCTATTTAAATTTTTGCTGAATAGATCACAGTCACGtt < 1:1569582/140‑1 (MQ=255) ataaACCCAGCGCGATACCACCCTTTCTGGCACCATAAAACAGACATATCAGTATTATGATAAGTTGGATAGTAAATAACATGTGTGAACCCTCGCGATAATCCTATTTAAATTTTTGCTGAATAGATCACAGTCACGtt < 2:915339/140‑1 (MQ=255) ataaACCCAGCGCGATACCACCCTTTCTGGCACCATAAAACAGACATATCAGTATTATGATAAGTTGGATAGTAAATAACATGTGTGAACCCTCGCGATAATCCTATTTAAATTTTTGCTGAATAGATCACAGTCACGtt < 2:14513/140‑1 (MQ=255) taaACCCAGCGCGATACCACCCTTTCTGGCACCATAAAACAGACATATCAGTATTATGATAAGTTGGATAGTAAATAACATGTGTGAACCCTCGCGATAATCCTATTTAAATTTTTGCTGAATAGATCACAGTCACGTTc > 1:345453/1‑140 (MQ=255) aaaCCCAGCGCGATACCACCCTTTCTGGCACCATAAAACAGACATATCAGTATTATGATAAGTTGGATAGTAAATAACATGTGTGAACCCTCGCGATAATCCTATTTAAATTTTTGCTGAATAGATCACAGTCACGTTCt < 2:147199/140‑1 (MQ=255) aCCCAGCGCGATACCACCCTTTCTGGCACCATAAAACAGACATATCAGTATTATGATAAGTTGGATAGTAAATAACATGTGTGAACCCTCGCGATAATCCTATTTAAATTTTTGCTGAATAGATCACAGTCACGTTCTGt < 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cgcgATACCACCCTTTCTGGCACCATAAAACAGACATATCAGTATTATGATAAGTTGGATAGTAAATAACATGTGTGAACCCTCGCGATAATCCTATTTAAATTTTTGCTGAATAGATCACAGTCACGTTCTGTTTTGTa > 1:1231384/1‑140 (MQ=255) gATACCACCCTTTCTGGCACCATAAAACAGACATATCAGTATTATGATAAGTTGGATAGTAAATAACATGTGTGAACCCTCGCGATAATCCTATTTAAATTTTTGCTGAATAGATCACAGTCACGTTCTGTTTTGTATGa < 1:1266321/140‑1 (MQ=255) tGGCACCATAAAACAGACATATCAGTATTATGATAAGTTGGATAGTAAATAACATGTGTGAACCCTCGCGATAATCCTATTTAAATTTTTGCTGAATAGATCACAGTCACGTTCTGTTTTGTATGAACTGTTTTCAGAGc < 2:211736/140‑1 (MQ=255) tGGCACCATAAAACAGACATATCAGTATTATGATAAGTTGGATAGTAAATAACATGTGTGAACCCTCGCGATAATCCTATTTAAATTTTTGCTGAATAGATCACAGTCACGTTCTGTTTTGTATGAACTGTTTTCAGAGc < 2:804998/140‑1 (MQ=255) tGGCACCATAAAACAGACATATCAGTATTATGATAAGTTGGATAGTAAATAACATGTGTGAACCCTCGCGATAATCCTATTTAAATTTTTGCTGAATAGATCACAGTCACGTTCTGTTTTGTATGAACTGTTTTCAGAGc < 2:608030/140‑1 (MQ=255) gCACCATAAAACAGACATATCAGTATTATGATAAGTTGGATAGTAAATAACATGTGTGAACCCTCGCGATAATCCTATTTAAATTTTTGCTGAATAGATCACAGTCACGTTCTGTTTTGTATGAACTGTTTTCAGAGCCt < 1:867425/140‑1 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2:1079620/1‑140 (MQ=255) aGTTGGATAGTAAATAACATGTGTGAACCCTCGCGATAATCCTATTTAAATTTTTGCTGAATAGATCACAGTCACGTTCTGTTTTGTATGAACTGTTTTCAGAGCCTGACTAAATATCCGTTTGGTCGTTACCGGCTTTa > 1:1091205/1‑140 (MQ=255) aGTTGGATAGTAAATAACATGTGTGAACCCTCGCGATAATCCTATTTAAATTTTTGCTGAATAGATCACAGTCACGTTCTGTTTTGTATGAACTGTTTTCAGAGCCTGACTAAATATCCGTTTGGTCGTTACCGGCTTTa > 1:1478744/1‑140 (MQ=255) aGTTGGATAGTAAATAACAGGTGTGAACCCTCGCGATAATCCTATTTAAATTTTTGCTGAATAGATCACAGTCACGTTCTGTTTTGTATGAACTGTTTTCAGAGCCTGACTAAATATCCGTTTGGTCGTTACCGGCTTTa > 1:1476449/1‑140 (MQ=255) ttGGATAGTAAATAACATGTGTGAACCCTCGCGATAATCCTATTTAAATTTTTGCTGAATAGATCACAGTCACGTTCTGTTTTGTATGAACTGTTTTCAGAGCCTGACTAAATATCCGTTTGGTCGTTACCGGCTTTAGc < 2:305028/140‑1 (MQ=255) ttGGATAGTAAATAACATGTGTGAACCCTAGCGATAATCCTATTTAAATTTTTGCTGAATAGATCACAGTCACGTTCTGTTTTGTATGAACTGTTTTCAGAGCCTGACTAAATATCCGTTTGGTCGTTACCGGCTTTAGc < 1:1052315/140‑1 (MQ=255) ttGGATAGTAAATAACATGTGTGAACCCTAGCGATAATCCTATTTAAATTTTTGCTGAATAGATCACAGTCACGTTCTGTTTTGTATGAACTGTTTTCAGAGCCTGACTAAATATCCGTTTGGTCGTTACCGGCTTTAGc < 1:1051751/140‑1 (MQ=255) ggATAGTAAATAACATGTGTGAACCCTCGCGATAATCCTATTTAAATTTTTGCTGAATAGATCACAGTCACGTTCTGTTTTGTATGAACTGTTTTCAGAGCCTGACTAAATATCCGTTTGGTCGTTACCGGCTTTAGCaa < 1:1120696/140‑1 (MQ=255) tAAATAACATGTGTGAACCCTCGCGATAATCCTATTTAAATTTTTGCTGAATAGATCACAGTCACGTTCTGTTTTGTATGAACTGTTTTCAGAGCCTGACTAAATATCCGTTTGGTCGTTACCGGCTTTAGCAAATACCt > 2:965433/1‑140 (MQ=255) tAAATAACATGTGTGAACCCTCGCGATAATCCTATTTAAATTTTTGCTGAATAGATCACAGTCACGTTCTGTTTTGTATGAACTGTTTTCAGAGCCTGACTAAATATCCGTTTGGTCGTTACCGGCTTTAGCAAATACCt < 2:1622745/140‑1 (MQ=255) tAAATAACATGTGTGAACCCTCGCGATAATCCTATTTAAATTTTTGCTGAATAGATCACAGTCACGTTCTGTTTTGTATGAACTGTTTTCAGAGCCTGACTAAATATCCGTTTGGTCGTTACCGGCTTTAGCAAATACCt < 2:1371143/140‑1 (MQ=255) tAAATAACATGTGTGAACCCTCGCGATAATCCTATTTAAATTTTTGCTGAATAGATCACAGTCACGTTCTGTTTTGTATGAACTGTTTTCAGAGCCTGACTAAATATCCGTTTGGTCGTTACCGGCTTTAGCAAATACCt < 2:1371126/140‑1 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(MQ=255) cgcgATAATCCTATTTAAATTTTTGCTGAATAGATCACAGTCACGTTCTGTTTTGTATGAACTGTTTTCAGAGCCTGACTAAATATCCGTTTGGTCGTTACCGGCTTTAGCAAATACCTCACAGTGAATATTGGCTGAtt > 1:1248958/1‑140 (MQ=255) cgcgATAATCCTATTTAAATTTTTGCTGAATAGATCACAGTCACGTTCTGTTTTGTATGAACTGTTTTCAGAGCCTGACTAAATATCCGTTTGGTCGTTACCGGCTTTAGCAAATACCTCACAGTGAATATTGGCTGAtt > 1:1246349/1‑140 (MQ=255) | TGAAGGTGGAAGACGAAGACCAGAATGACCAGACCGATACCGCCTAATAAACCCAGCGCGATACCACCCTTTCTGGCACCATAAAACAGACATATCAGTATTATGATAAGTTGGATAGTAAATAACATGTGTGAACCCTCGCGATAATCCTATTTAAATTTTTGCTGAATAGATCACAGTCACGTTCTGTTTTGTATGAACTGTTTTCAGAGCCTGACTAAATATCCGTTTGGTCGTTACCGGCTTTAGCAAATACCTCACAGTGAATATTGGCTGATT > NC_000913/4348617‑4348895 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |