| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 781369 = | 241 (0.800) | 22 (0.070) +G |
9/274 | NT | 9.1% | noncoding (1/76 nt) | lysZ | tRNA‑Lys |
| ? | NC_000913 | = 2521128 | 204 (0.670) | intergenic (+2/‑45) | valX/valY | tRNA‑Val/tRNA‑Val | |||||
TTCGTCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAACGCAACGTTATCCTTCACGTTCTCTACCAGTAACCACCTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/781517‑781369‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCTCAATTTCTTGCTACACGGCGGAGACTACATAAAGTAG < NC_000913/2521128‑2521008 ||| TTCGTCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAACGCAACGTTATCCTTCACGTTCTCTACCAGTAACCACCTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑G > 2:5026284/1‑150TTCGTCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAACGCAACGTTATCCTTCACGTTCTCTACCAGTAACCACCTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑G > 2:5026243/1‑150 TAACGCAACGTTATCCTTCACGTTCTCTACCAGTAACCACCTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑G‑AGTGGTGGGT > 1:1588564/1‑135 TAACGCAACGTTATCCTTCACGTTCTCTACCAGTAACCACCTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑G‑AGTGGTGGGT < 2:1588564/135‑1 ACGCAACGTTATCCTTCACGTTCTCTACCAGTAACCACCTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑G‑AGGGGGGGGTGCGGACGGGATCGAACC > 2:3690378/1‑150 CTCTACCTGTAACCACGTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGG < 2:3996629/150‑1 aaaacTAAACAACTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGT < 2:2311603/145‑1 CACCTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTATGGGAGGTGCTCTCCCA < 1:5100027/150‑1 TGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAAT < 1:2054048/150‑1 TGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAAT < 1:2167169/150‑1 TGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAAT < 1:2167227/150‑1 TGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAAT < 2:4767815/150‑1 GGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCC < 1:1485775/150‑1 TCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTC < 1:2818259/109‑1 TCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTC > 2:2818259/1‑109 TCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTC < 1:2818216/109‑1 TCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTC > 2:2818216/1‑109 TTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCT < 2:1315966/108‑1 TTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCT > 1:1315966/1‑108 TTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑GAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCTCAATTTCTTGCTACACGGCGGAGACT > 1:897820/1‑150 ACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCAA‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCTCAATTTCTTGCTACACGGCGGAGACTACATATAGga > 2:1400327/1‑148 CTGCTCTACACAATGATCTATCGACCC‑GAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCTCAATTTCTTGCTACACGGCGGAGACTACATAAAGTAG < 2:936072/150‑1 TACCAACTGAGCTAACGACCC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACC < 2:2614902/49‑1 TACCAACTGAGCTAACGACCC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACC > 1:2614902/1‑49 CC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCA < 2:1776263/78‑1 CC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCA > 1:1776263/1‑78 C‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTT > 1:4965731/1‑44 ||| TTCGTCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAACGCAACGTTATCCTTCACGTTCTCTACCAGTAACCACCTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/781517‑781369‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCTCAATTTCTTGCTACACGGCGGAGACTACATAAAGTAG < NC_000913/2521128‑2521008 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |