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| Missing coverage evidence... | ||||||||||
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| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_000913 | 1979279 = | 0 (0.000) | intergenic (‑64/‑474) | insA/uspC | IS1 repressor TnpA/universal stress protein | |||||
Only 100 of 333 total aligned reads displayed.
TTACAAATAGAAATGGGTCTTTACACTTATCTAAGATTTTTCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/1978347‑1978502‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGC‑AAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTGCTATAAATAA > NC_000913/1979279‑1979427 AATAGAAATGGGTCTTTACACTTATCTAAGATTTTTCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAAT > 1:2983229/1‑150 ATAGAAATGGGTCTTTACACTTATCTAAGATTTTTCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATG > 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> 2:1027964/1‑150 AATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGC‑AAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAA > 1:3102024/1‑150 TTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGC‑AAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATC < 2:2254006/150‑1 CTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGC‑AAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATC < 2:3468142/150‑1 CTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGC‑AAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATC < 1:3468321/150‑1 TTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGC‑AAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCT < 1:509870/150‑1 TTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGC‑AAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCT > 1:5050538/1‑150 TAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGC‑AAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTG < 1:4435871/150‑1 AACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTG < 2:1768576/150‑1 ATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGC‑AAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTGCTAT > 2:3386549/1‑150 ATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGC‑AAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTGCTAT > 1:1527939/1‑150 AAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGC‑AAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTGCTATAA > 2:4766143/1‑150 TTACAAATAGAAATGGGTCTTTACACTTATCTAAGATTTTTCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/1978347‑1978502‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGC‑AAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTGCTATAAATAA > NC_000913/1979279‑1979427 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |