| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,406,129 | T→C | 100% | intergenic (+144/‑61) | purA → / → nsrR | adenylosuccinate synthetase/nitric oxide‑sensitive repressor for NO regulon |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,406,129 | 0 | T | C | 99.1% | 1602.1 / ‑0.5 | 421 | intergenic (+144/‑61) | purA/nsrR | adenylosuccinate synthetase/nitric oxide‑sensitive repressor for NO regulon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/2); new base C (196/221); total (198/223) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 421 total aligned reads displayed.
GTAATTCTGGTACGCCTGGCAGATATTTTGCCTGCCGGGCGAACAGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTTTCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCTTGTGGCTGGTTTATCATCAATATAAATGTATTTTTTCCCGATTTCCCTTTTGAGGTTGATGTGCAGTTAACGAGTTTCACTGATTACGGATTACGTGCGCTGATCTACATGGCGTCATTGCCAGAAGGGCGGATGACCAGTATTTC > NC_000913/4405982‑4406275 | gTAATTCTGGTACGCCTGGCAGATATTTTGCCTGCCGGGCGAACAGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTTTCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCCtg > 1:4010738/1‑150 (MQ=255)gTAAGTCTGTTACGCCTGGCAGATATTTTGCCTGCCGGGCGAAAAGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTTTCCGTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCCtg < 2:747575/150‑1 (MQ=255) tatttCGGGTAGGCCTGGCATATTTTTTGCTGGCGGGGCTAACTGTTTTATAATTTGCTGGTTGGGGTAAGCATTTACGCTATCGGACAATGTGTTAAACCCACGATTTTTTCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCCtgt < 2:512210/147‑1 (MQ=255) tAATTCTGGTACGCCTGGCAGATATTTTGCCTGCCGGGCGAACAGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTTTCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCCtgt > 2:4360850/1‑150 (MQ=255) aTTCTGGTACGCCTGGCATATATTTTGCCTGCGGGGCTAACTGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGTATGCCATTACGCTATCCTACACAGTTTTAAATCCTCGCTTTTTTCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCCTGTgg < 1:731529/150‑1 (MQ=255) aTTCTGGTACGCCTGGCAGATATTTTGCCTGCCGGGCGAACAGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTTTCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCCTGAgg > 2:3273943/1‑150 (MQ=255) cTGGTACGCCTGGCAGATATTTTGCCTGCCGGGCGAACAGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTTTCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCCTGTGGCTg < 1:4455136/150‑1 (MQ=255) gTACGCCTGGCAGATATTTTGCCTGCCGGGCGAACAGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTTTCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCCTGTGGCTGGtt < 2:5286101/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |