| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,481,771 | G→T | 12.3% | P136T (CCG→ACG) | emrY ← | putative multidrug efflux system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,481,771 | 0 | G | T | 12.3% | 898.8 / 19.4 | 283 | P136T (CCG→ACG) | emrY | putative multidrug efflux system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (139/99); new base T (2/43); total (141/142) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.88e-12 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 290 total aligned reads displayed.
GACGATAATCCCCATAGGGACATTGATTAAAAATATCCAACCCCAGCTAAAGTTATCACAAATATAACCGCCCAATATCGGCCCACATATCGGAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCAGAGCAAATGTTC‑TTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGAAAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAA > NC_000913/2481622‑2481920 | gACGATAATCCCCATAGGGACATTGATTAAAAATATCCAACCCCAGCTAAAGTTATCACAAATATAACCGCCCAATATCGGCCCACATATCGTAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCAGAGCAAATGTTC‑TTTTTTCTGGCgg > 2:4717406/1‑150 (MQ=255)gACGATAATCCCCATAGGGACATTGATTAAAAATATCCAACCCCAGCTAAAGTTATCACAAATATAACCGCCCAATATCGGCCCACATATCGGAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCAGAGCAAATGTTC‑TTTTTTCTGGCgg > 2:5408643/1‑150 (MQ=255)gACGATAATCCCCATAGGGACATTGATTAAAAATATCCAACCCCAGCTAAAGTTATCACAAATATAACCGCCCAATATCGGCCCACATATCGGAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCAGAGCAAATGTTC‑TTTTTTCTGGCgg > 1:4727336/1‑150 (MQ=255) 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atCCAACCCCAGCTAAAGTTATCACAAATATAACCGCCCAATATCGGCCCACATATCGGAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCAGAGCAAATGTTC‑TTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGa > 1:2409978/1‑150 (MQ=255) atCCAACCCCAGCTAAAGTTATCACAAATATAACCGCCCAATATCGACCCACATATCGGAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCAGAGCAAATGTTC‑TTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGa < 2:2831301/150‑1 (MQ=255) tCCAACCCCAGCTAAAGTTATCACAAATATAACCGCCCAATATCGGCCCACATATCGGAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCAGAGCAAATGTTC‑TTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGaa > 2:12245/1‑150 (MQ=255) ccAACCCCAGCTAAAGTTATCACAAATATAACCGCCCAATATCGGCCCACATATCGGAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCAGAGCAAATGTTC‑TTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGAAt > 2:2866160/1‑150 (MQ=255) ccccAGCTAAAGTTATCACAAATATAACCGCCCAATATCGGCCCACATATCGGAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCAGAGCATATGTTC‑TTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGAATTAAc < 1:3705791/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |