| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 297211 | 128 (0.900) | 5 (0.040) | 3/264 | NT | 3.9% | pseudogene (6/49 nt) | ptwF | tRNA‑OTHER |
| ? | NC_000913 | = 297214 | 125 (0.930) | pseudogene (9/49 nt) | ptwF | tRNA‑OTHER | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AATGTAACTGCTGGTGTAAGTAAATGGAGGGAATAAACATCAACTTTTGTTAATTTCAATCAACGGGTTTATTGCTATAACTTGGTGTTTTATAATATAAAGTATGTTGTTTTGATTGATTGCTCAAGTAGTTAAAAATGCATTAACATCGCATT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/297057‑297211‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tcgcattACGAATGCGATGTTAATGCATTTTTAACTACTTGAGCAATCAATCAAAACAACATACTTTATATTATAAAACACCAAGTTATAGCAATAAACCCGTTGATTGAAATTAACAAAAGTTGATGTTTATTCCCTCCATTTACTTACACC < NC_000913/297214‑297069 AATGTAACTGCTGGTGTAAGTAAATGGAGGGAATAAACATCAACTTTTGTTAATTTCAATCAACGGGTTTATTGCTATAACTTGGTGTTTTATAATATAAAGTATGTTGTTTTGATTGATTGCTCAAGTAGTTAAAAATGCATTAACATC < 1:1729384/150‑1AATGTAACTGCTGGTGTAAGTAAATGGAGGGAATAAACATCAACTTTTGTTAATTTCAATCAACGGGTTTATTGCTATAACTTGGTGTTTTATAATATAAAGTATGTTGTTTTGATTGATTGCTCAAGTAGTTAAAAATGCATTAACATC < 1:2062430/150‑1AATGTAACTGCTGGTGTAAGTAAATGGAGGGAATAAACATCAACTTTTGTTAATTTCAATCAACGGGTTTATTGCTATAACTTGGTGTTTTATAATATAAAGTATGTTGTTTTGATTGATTGCTCAAGTAGTTAAAAATGCATTAACATC < 1:479138/150‑1AATGTAACTGCTGGTGTAAGTAAATGGAGGGAATAAACATCAACTTTTGTTAATTTCAATCAACGGGTTTATTGCTATAACTTGGTGTTTTATAATATAAAGTATGTTGTTTTGATTGATTGCTCAAGTAGTTAAAAATGCATTAACATC < 2:2373534/150‑1AATGTAACTGCTGGTGTAAGTAAATGGAGGGAATAAACATCAACTTTTGTTAATTTCAATCAACGGGTTTATTGCTATAACTTGGTGTTTTATAATATAAAGTATGTTGTTTTGATTGATTGCTCAAGTAGTTAAAAATGCATTAACATC < 1:625656/150‑1AATGTAACTGCTGGTGTAAGTAAATGGAGGGAATAAACATCAACTTTTGTTAATTTCAATCAACGGGTTTATTGCTATAACTTGGTGTTTTATAATATAAAGTATGTTGTTTTGATTGATTGCTCAAGTAGTTAAAAATGCATTAACATC < 2:146317/150‑1 TGTAACTGCTGGTGTAAGTAAATGGAGGGAATAAACATCAACTTTTGTTAATTTCAATCAACGGGTTTATTGCTATAACTTGGTGTTTTATAATATAAAGTATGTTGTTTTGATTGATTGCTCAAGTAGTTAAAAATGCATTAACATCGC < 1:1367563/150‑1 AGTAAATGGAGGGAATAAACATCAACTTTTGTTAATTTCAATCAACGGGTTTATTGCTATAACTTGGTGTTTTATAATATAAAGTATGTTGTTTTGATTGATTGCTCAAGTAGTTAAAAATGCATTAACATCGCATTACGAATGCGATGT < 1:1339816/150‑1 AGTAAATGGAGGGAATAAACATCAACTTTTGTTAATTTCAATCAACGGGTTTATTGCTATAACTTGGTGTTTTATAATATAAAGTATGTTGTTTTGATTGATTGCTCAAGTAGTTAAAAATGCATTAACATCGCATTACGAATGCGATGT < 2:158250/150‑1 AGTAAATGGAGGGAATAAACATCAACTTTTGTTAATTTCAATCAACGGGTTTATTGCTATAACTTGGTGTTTTATAATATAAAGTATGTTGTTTTGATTGATTGCTCAAGTAGTTAAAAATGCATTAACATCGCATTACGAATGCGATGT < 2:158246/150‑1 AATAAACATCAACTTTTGTTAATTTCAATCAACGGGTTTATTGCTATAACTTGGTGTTTTATAATATAAAGTATGTTGTTTTGATTGATTGCTCAAGTAGTTAAAAATGCATTAACATCG > 1:1401503/1‑120 AATAAACATCAACTTTTGTTAATTTCAATCAACGGGTTTATTGCTATAACTTGGTGTTTTATAATATAAAGTATGTTGTTTTGATTGATTGCTCAAGTAGTTAAAAATGCATTAACATCG < 2:1401503/120‑1 AATCAACGGGTTTATTGCTATAACTTGGTGTTTTATAATATAAAGTATGTTGTTTTGATTGATTGCTCAAGTAGTTAAAAATGCATTAACATCGCATTACGAATGCGATGTTAATGCATTTTTAACTACTTGAGCAAT < 2:739581/138‑1 AATCAACGGGTTTATTGCTATAACTTGGTGTTTTATAATATAAAGTATGTTGTTTTGATTGATTGCTCAAGTAGTTAAAAATGCATTAACATCGCATTACGAATGCGATGTTAATGCATTTTTAACTACTTGAGCAAT > 1:739581/1‑138 GCATTACGAATGCGATGTTAATGCATTTTTAACTACTTGAGCAATCAATCAAAACAACATACTTTATATTATAAAACACCAAGTTATAGCAATAAACCCGTTGATTGAAATTAACAAAAGTTGATGTTTATTCCCTCCATTTACTTACAC < 2:1295574/150‑1 GCATTACGAATGCGATGTTAATGCATTTTTAACTACTTGAGCAATCAATCAAAACAACATACTTTATATTATAAAACACCAAGTTATAGCAATAAACCCGTTGATTGAAATTAACAAAAGTTGATGTTTATTCCCTCCATTTACTTACAC > 2:2176583/1‑150 GCATTACGAATGCGATGTTAATGCATTTTTAACTACTTGAGCAATCAATCAAAACAACATACTTTATATTATAAAACACCAAGTTATAGCAATAAACCCGTTGATTGAAATTAACAAAAGTTGATGTTTATTCCCTCCATTTACTTACAC < 2:465586/150‑1 CATTACGAATGCGATGTTAATGCATTTTTAACTACTTGAGCAATCAATCAAAACAACATACTTTATATTATAAAACACCAAGTTATAGCAATAAACCCGTTGATTGAAATTAACAAAAGTTGATGTTTATTCCCTCCATTTACTTACACC > 1:541857/1‑150 CATTACGAATGCGATGTTAATGCATTTTTAACTACTTGAGCAATCAATCAAAACAACATACTTTATATTATAAAACACCAAGTTATAGCAATAAACCCGTTGATTGAAATTAACAAAAGTTGATGTTTATTCCCTCCATTTACTTACACC > 1:541743/1‑150 CATTACGAATGCGATGTTAATGCATTTTTAACTACTTGAGCAAACAATCAAAACAACATACTTTATATTAAAAAACAACAAGTTATAGCAATAAACCCGTTGATTGAAATTAACAAAAGTTGATGTTTATTACCACCATTTACATACAac > 1:1600195/1‑148 AATGTAACTGCTGGTGTAAGTAAATGGAGGGAATAAACATCAACTTTTGTTAATTTCAATCAACGGGTTTATTGCTATAACTTGGTGTTTTATAATATAAAGTATGTTGTTTTGATTGATTGCTCAAGTAGTTAAAAATGCATTAACATCGCATT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/297057‑297211‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tcgcattACGAATGCGATGTTAATGCATTTTTAACTACTTGAGCAATCAATCAAAACAACATACTTTATATTATAAAACACCAAGTTATAGCAATAAACCCGTTGATTGAAATTAACAAAAGTTGATGTTTATTCCCTCCATTTACTTACACC < NC_000913/297214‑297069 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |