| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 1,371,830 | A→T | 5.2% | S539C (AGT→TGT) | ycjM → | alpha amylase catalytic domain family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,371,830 | 0 | A | T | 5.2% | 379.5 / 7.8 | 106 | S539C (AGT→TGT) | ycjM | alpha amylase catalytic domain family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (58/42); new base T (3/3); total (61/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
ATAATAATTTTACCATTGATACGATTAATTCATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTAAATATTACTAATCTGCATGGTCGGGATCTGATTAGTGAAGTTGATATATTGGGTAATGAAATAACGCTGCGCCCCTGGCAGGTTATGTGGATTAAATAAAAAGGAACATCTCATGATTAAATCAAAAATCGTGCTGTTATCAGCACTGGTTTCATGCGCCCTGATTTCAGGCTGTAAAGAAGA > NC_000913/1371681‑1371979 | ataataATTTTACCATTGATACGATTAATTCATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTAAATATTACTAATCTGCATGGTCGGGATCTGATTa < 1:180349/150‑1 (MQ=255) aataatTTTACCATTGATACGATTAATTCATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTAAATATTACTAATCTGCATGGTCGGGATCTGATTAGt > 1:2284157/1‑150 (MQ=255) atTTTACCATTGATACGATTAATTCATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTAAATATTACTAATCTGCATGGTCGGGATCTGATTAGTGAAg > 2:189009/1‑150 (MQ=255) 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ttAGTGAAGTTGATATATTGGGTAATGAAATAACGCTGCGCCCCTGGCAGGTTATGTGGATTAAATAAAAAGGAACATCTCATGATTAAATCAAAAATCGTGCTGTTATCAGCACTGGTTTCATGCGCCCTGATTTCAGGCTGTAaagaa > 2:1674737/1‑150 (MQ=255) aGTGAAGTTGATATATTGGGTAATGAAATAACGCTGCGCCCCTGGCAGGTTATGTGGATTAAATAAAAAGGAACATCTCATGATTAAATCAAAAATCGTGCTGTTATCAGCACTGGTTTCATGCGCCCTGATTTCAGGCTGTAAagaaga < 1:1408410/150‑1 (MQ=255) | ATAATAATTTTACCATTGATACGATTAATTCATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTAAATATTACTAATCTGCATGGTCGGGATCTGATTAGTGAAGTTGATATATTGGGTAATGAAATAACGCTGCGCCCCTGGCAGGTTATGTGGATTAAATAAAAAGGAACATCTCATGATTAAATCAAAAATCGTGCTGTTATCAGCACTGGTTTCATGCGCCCTGATTTCAGGCTGTAAAGAAGA > NC_000913/1371681‑1371979 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |