| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,653,692 | A→T | 5.9% | intergenic (+353/‑163) | sseA → / → ryfA | 3‑mercaptopyruvate sulfurtransferase/novel sRNA, function unknown |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,653,692 | 0 | A | T | 5.9% | 418.3 / 13.1 | 118 | intergenic (+353/‑163) | sseA/ryfA | 3‑mercaptopyruvate sulfurtransferase/novel sRNA, function unknown |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (49/61); new base T (3/4); total (52/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.77e-01 | |||||||||||
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |