| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,121,445 | T→C | 8.7% | intergenic (‑166/+189) | glcA ← / ← glcB | glycolate transporter/malate synthase G |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,121,445 | 0 | T | C | 8.7% | 508.5 / 30.6 | 161 | intergenic (‑166/+189) | glcA/glcB | glycolate transporter/malate synthase G |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (76/71); new base C (7/7); total (83/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 163 total aligned reads displayed.
TATCTTTATATGCTTGATATACTTAAGGTTGTAATAAGCAAAAGAGGACTGAACTGTAAAATATAGGCGTTATACTTTACAGCAACAGTACGCCGCTAACGCAATTGCTACCTCTGGCATAACAAGTATATCGGGTAAGGGTTTCTGTTCCGCACACGCAGACGCAGAGTATCGTTAAGATGTCCATATTGTTGTTTTAGGCCCGCTAGTAATGCGCTACGGGTATTTAATATTGTTAAACCCTGATAATCGCTCCGGTTATTTCCGGGATAAATGTACTACCGCAGTTACTATCATA > NC_000913/3121297‑3121594 | tatCTTTATATGCTTGATATACTTAAGGTTGTAATAAGCAAAAGAGGACTGAACTGTAAAATTTAGGCGTTATACTTTTCAGCAACAGTACGCCGCTAACGCAATTGCGACCTCTGGCATAACAAGTATATCGGGTAAGGGTTTCTGTTc < 2:1942603/150‑1 (MQ=255)tatCTTTATATGCTTGATATACTTAAGGTTGTAATAAGCAAAAGAGGACTGAACTGTAAAATATAGGCGTTATACTTTACAGCAACAGTACGCCGCTAACGCAATTGCTACCTCTGGCATAACAAGTATATCGGGTAAGGGTTTCTGTTc < 2:849724/150‑1 (MQ=255) atCTTTATATGCTTGATATACTTAAGGTTGTAATAAGCAAAAGAGGACTGAACTGTAAAATATAGGCGTTATACTTTACAGCAACAGTACGCCGCTAACGCAATTGCTACCTCTGGCATAACAAGTATATCGGGTAAGGGTTTCTGTTcc < 1:1658034/150‑1 (MQ=255) atCTTTATATGCTTGATATACTTAAGGTTGTAATAAGCAAAAGAGGACTGAACTGTAAAATATAGGCGTTATACTTTACAGCAACAGTACGCCGCTAACGCAATTGCTACCTCTGGCATAACAAGTATATCGGGTAAGGGTTTCTGTTcc < 1:555639/150‑1 (MQ=255) tCTTTATATGCTTGATATACTTAAGGTTGTAATAAGCAAAAGAGGACTGAACTGTAAAATATAGGCGTTATACTTTACAGCAACAGTACGCCGCTAACGCAATTGCTACCTCTGGCATAACAAGTATATCGGGTAAGGGTTTCTGTCCCg > 2:1859313/1‑150 (MQ=255) tCTTTATATGCTTGATATACTTAAGGTTGTAATAAGCAAAAGAGGACTGAACTGTAAAATATAGGCGTTATACTTTACAGCAACAGTACGCCGCTAACGCAATTGCTACCTCTGGCATAACAAGTATATCGGGTAAGGGTTTCTGTCCCg > 1:1707732/1‑150 (MQ=255) tCTTTATATGCTTGATATACTTAAGGTTGTAATAAGCAAAAGAGGACTGAACTGTAAAATATAGGCGTTATACTTTACAGCAACAGTACGCCGCTAACGCAATTGCTACCTCTGGCATAACAAGTATATCGGGTAAGGGTTTCTGTCCCg > 1:443516/1‑150 (MQ=255) tCTTTATATGCTTGATATACTTAAGGTTGTAATAAGCAAAAGAGGACTGAACTGTAAAATATAGGCGTTATACTTTACAGCAACAGTACGCCGCTAACGCAATTGCTACCTCTGGCATAACAAGTATATCGGGTAAGGGTTTCTGTCCCg > 1:508620/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |