New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | NC_000913 | = 4545126 | 518 (0.850) | 3 (0.010) | 3/264 | NT | 0.59% | coding (31/2637 nt) | fimD | fimbrial usher outer membrane porin protein; FimCD chaperone‑usher |
? | NC_000913 | = 4545164 | 523 (0.900) | coding (69/2637 nt) | fimD | fimbrial usher outer membrane porin protein; FimCD chaperone‑usher | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 629 total aligned reads displayed.
CAATAAATGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTGGCTGGTTTTTTTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCTTTTGCCGCACAGGCACCTTTGTCATCTGCCGACCTCTATTTTAATCCGCGCTTTTTAGCGGATGATCCCCAGGC > NC_000913/4544977‑4545274 | cAATAAATGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGC > 2:1635243‑M1/1‑150 (MQ=255) aaaTGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGaaa < 1:2138916/150‑1 (MQ=255) aaTGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAac < 2:7312647/150‑1 (MQ=255) 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aataatGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTGGCTGGTTTTTTTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCTTTTGCCGCACAGGCACCTTTGTCATCTGCCGACCTCTAttt > 2:6769270/1‑150 (MQ=255) aataatGTCATATCTGAATGTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTGGCTGGTTTTTTTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCTTTTGCCGCACAGGCACCTTTGTCATCTGCCGACCTCTAttt < 1:86754/150‑1 (MQ=255) taatGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTGGCTGGTTTTTTTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCTTTTGCCGCACAGGCACCTTTGTCATCTGCCGACCTCTATTTTa < 1:6797802/150‑1 (MQ=255) taatGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTGGCTGG‑TTTTTTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCTTTTGCCGCACAGGCACCTTTGTCATCTGCCGAc > 1:1450168/1‑139 (MQ=255) tatCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTGGCTGGTTTTTTTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCTTTTGCCGCACAGGCACCTTTGTCATCTGCCGACCTCTATTTTAATCCgcgc < 2:5450980/150‑1 (MQ=255) 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tttAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTGGCTGGTTTTTTTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCTTTTGCCGCACAGGCACCTTTGTCATCTGCCGACCTCTATTTTAATCCGCGCTTTTTAGc > 2:7612109/1‑150 (MQ=255) ttAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTGGCTGGTTTTTTTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCTTTTGCCGCACAGGCACCTTTGTCATCTGCCGACCTCTATTTTAATCCGCGCTTTTTAGCg < 2:2182072/150‑1 (MQ=255) aaGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTGGCTGGTTTTTTTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCTTTTGCCGCACAGGCACCTTTGTCATCTGCCGACCTCTATTTTAATCCGCGCTTTTTAGCGga > 2:3756945/1‑150 (MQ=255) tttACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTGGCTGGTTTTTTTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCTTTTGCCGCACAGGCACCTTTGTCATCTGCCGACCTCTATTTTAATCCGCGCTTTTTAGCGGATGATc < 1:711739/150‑1 (MQ=255) tttACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTGGCTGGTTTTATTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCTTTTGCCGCACAGGCACCTTTGTCATCTGCCGACCTCTATTTTAATCCGCGCTTTTTAGCGGATGATc > 2:788804/1‑150 (MQ=255) ttACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATTGTTTGGCTGGTTTTTTTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCTTTTGCCGCACAGGCACCTTTGTCATCTGCCGACCTCTATTTTAATCCGCGCTTTTTAGCGGATGATcc < 1:3168777/150‑1 (MQ=255) tACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTGGCTGGTTTTTTTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCTTTTGCCGCACAGGCACCTTTGTCATCTGCCGACCTCTATTTTAATCCGCGCTTTTTAGCGGATGATccc < 1:800202/150‑1 (MQ=255) aCCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTGGCTGGTTTTTTTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCTTTTGCCGCACAGGCACCTTTGTCATCTGCCGACCTCTATTTTAATCCGCGCTTTTTAGCGGATGATcccc < 1:10007769/150‑1 (MQ=255) cAGCcaaacgatgcttacgaatatgcaagcattgtgtgtttcgctggtaaagtcttaaattcagatatgacattgttcctccggcttaaaatcacccggcagtcaattctttttattcaggcgaaaaattccccctgcgttattccatta > 1:2590312‑M1/1‑4 (MQ=255) aGCcaaacgatgcttacgaatatgcaagcattgtgtgtttcgctggtaaagtcttaaattcagatatgacattattcctccggcttaaaatcacccggcagtcaattctttttattcaggcgaaaaattccccctgcgttattccattac > 1:3359843‑M1/1‑3 (MQ=255) aGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTGGCTGGTTTTTTTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCTTTTGCCGCACAGGCACCTTTGTCATCTGCCGACCTCTATTTTAATCCGCGCTTTTTAGCGGATGATCCCCAgg > 1:6376851/1‑150 (MQ=255) aGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTGGCTGGTTTTTTTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCTTTTGCCGCACAGGCACCTTTGTCATCTGCCGACCTCTATTTTAATCCGCGCTTTTTAGCGGATGATCCCCAgg > 2:8830517/1‑150 (MQ=255) | CAATAAATGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTGGCTGGTTTTTTTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCTTTTGCCGCACAGGCACCTTTGTCATCTGCCGACCTCTATTTTAATCCGCGCTTTTTAGCGGATGATCCCCAGGC > NC_000913/4544977‑4545274 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |