New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | NC_000913 | 4539648 = | 512 (0.840) | 5 (0.010) | 5/260 | NT | 1.1% | intergenic (‑147/‑1309) | nanC/fimB | N‑acetylnuraminic acid outer membrane channel protein/tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA |
? | NC_000913 | 4539669 = | 442 (0.770) | intergenic (‑168/‑1288) | nanC/fimB | N‑acetylnuraminic acid outer membrane channel protein/tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 558 total aligned reads displayed.
GGATACAGAAAGCAATACAAAGCCCGCATAAACAATTAGCATTTATGTTGTGTAATATTTTTTTGCCAGGCTTATAGTGTCTTTGGCAACCGGTAGCTGTATTTTATATTTTTTTGTATAAGGTCTCCTGTGAAAAATCTCTTTTCACATTATTTAAATAAACAGAGATCCAGATTAAATACCTGAGTATAAAATCTCTTCTGATGTTTAATTGATTTGAATGTTCGTAAGCTATATCACTTACTCAATCCATTTTACCCAGAGTCATAAAATAGAATGTCTGTTGATCTCATTTTCAT > NC_000913/4539520‑4539818 | ggATACAGAAAGCAATACAAAGCCCGCATAAACAATTAGCATTTATGTTGTGTAATATTTTTTTGCCAGGCTTATAGTGTCTTTGGCACCCGGTAGCTGTATTTTATATTTTTTTGTATAAGGTATCCTGTGAAAAATCTCTTTTCACat > 2:2622212/1‑150 (MQ=255) ggATACAGAAAGCAATACAAAGCCCGCATAAACAATTAGCATTTATGTTGTGTAATATTTTTTTGCCAGGCTTATAGTGTCTTTGGCAACCGGTAGCTGTATTTTATATTTTTTTGTATAAGGTCTCCTGTGAAAAATCTCTTTTCACat < 1:3353502/150‑1 (MQ=255) aTACAGAAAGCAATACAAAGCCCGCATAAACAATTAGCATTTATGTTGTGTAATATTTTTTTGCCAGGCTTATAGTGTCTTTGGCAACCGGTAGCTGTATTTTATATTTTTTTGTATAAGGTCTCCTGTGAAAAATCTCTTTTCACatta > 2:5646213/1‑150 (MQ=255) aaaGCAATACAAAGCCCGCATAAACAATTAGCATTTATGTTGTGTAATATTTTTTTGCCAGGCTTATAGTGTCTTTGGCAACCGGTAGCTGTATTTTATATTTTTTTGTATAAGGTCTCCTGTGAAAAATCTCTTTTCACATTATTtaaa < 1:5815515/150‑1 (MQ=255) atgactctgggtaaaatggattgagtaagtgatatagcttacgaacattcaaatcaattaaacatcagaagagattttatactcaggtatttaatctggatctctgtttatttaaataaTGTGAAAAATCTCTTTTCACATTATTtaaat > 2:887990‑M1/120‑150 (MQ=255) aaGCAATACAAAGCCCGCATAAACAATTAGCATTTATGTTGTGTAATATTTTTTTGCCAGGCTTATAGTGTCTTTGGCAACCGGTAGCTGTATTTTATATTTTTTTGTATAAGGTCTCCTGTGAAAAATCTCTTTTCACATTATTtaaat < 2:8478194/150‑1 (MQ=255) cAATACAAAGCCCGCATAAACAATTAGCATTTATGTTGTGTAATATTTTTTTGCCAGGCTTATAGTGTCTTTGGCAACCGGTAGCTGTATTTTATATTTTTTTGTATAAGGTCTCCTGTGAAAAATCTCTTTTCACATTATTtaaataaa < 1:814600/150‑1 (MQ=255) cAATACAAAGCCCGCATAAACAATTAGCATTTATGTTGTGTAATATTTTTTTGCCAGGCTTATAGTGTCTTTGGCAACCGGTAGCTGTATTTTATATTTTTTTGTATAAGGTCTCCTGTGAAAAATCTCTTTTCACATTATTtaaataaa > 2:3618013/1‑150 (MQ=255) tACACAGCCCGCATAAACAATTAGCATTTATGTTGTGTAATATTTTTTTGCCAGGCTTATAGTGTCTTTGGCAACCGGTAGCTGTATTTTATATTTTTTTGTATAAGGTCTCCTGTGAAAAATCTCTTTTCACATTATTTAAATAAACag < 2:9191540/150‑1 (MQ=255) aCAACGCCCGCATAAACAATTAGCATTTATGTTGTGTAATATTTTTTTGCCAGGCTTATAGTGTCTTTGGCAACCGGTAGCTCTATTTTATATTTTTTTGTATAAGGTCTCCTGTGAAAAATCTCTTTTCACATTATTTAAATAAACaga < 2:9691247/150‑1 (MQ=255) aCAAAGCCCGCATAAACAATTAGCATTTATGTTGTGTAATATTTTTTTGCCAGGCTTATAGTGTCTTTGGCAACCGGTAGCTGTATTTTATATTTTTTTGTATAAGGTCTCCTGTGAAAAATCTCTTTTCACATTATTTAGATAAACagt > 2:2947095/1‑149 (MQ=255) aCAAAGCCCGCATAAACAATTAGCATTTATGTTGTGTAATATTTTTTTGCCAGGCTTATAGTGTCTTTGGCAACCGGTAGCTGTATTTTATATTTTTTTGTATAAGGTCTCCTGTGAAAAATCTCTTTTCACATTATTTAAATAAACaga < 2:5790032/150‑1 (MQ=255) aCAAAGCCCGCATAAACAAGTAGCATTTATGTTGTGTAATATTTTTTTGCCAGGCTTATAGTGTCTTTGGCAACCGGTAGCTGTATTTTATATTTTTTTGTATAAGGTCTCCTGTGAAAAATCTCTTTTCACATTATTTAAATAAACaga < 1:2604519/150‑1 (MQ=255) cccGCATAAACAATTAGCATTTATGTTGTGTAATATTTTTTTGCCAGGCTTATAGTGTCTTTGGCAACCGGTAGCTGTATTTTATATTTTTTTGTATAAGGTCTCCTGTGAAAAATCTCTTTTCACATTATTTAAATAAACAGAGATCCa > 1:1010134/1‑150 (MQ=255) cccGCAGAAACCATTAGCATTTATGTTGTGTAATATTTGTTTGCCAGGCTTATAGTGTCTTTGGCAACCGGTAGCTGTATTTTATATTTTTTGGTATAAGGTCTCCTGTGAAAAATCTCTTTTCACATTATTTAAATAAACAGAGATCCa < 2:7096324/150‑1 (MQ=255) ccGCATAAACAATTAGCATTTATGTTGTGTAATATTTTTTTGCCAGGCTTATAGTGTCTTTGGCAACCGGTAGCTGTATTTTATATTTTTTTGTATAAGGTCTCCTGTGAAAAATCTCTTTTCACATTATTTAAATAAACAGAGATCCAg < 1:6328369/150‑1 (MQ=255) cGCATAAACAATTAGCATTTATGTTGTGTAATATTTTTTTGCCAGGCTTATAGTGTCTTTGGCAACCGGTAGCTGTATTTTATATTTTTTTGTATAAGGTCTCCTGTGAAAAATCTCTTTTCACATTATTTAAATAAACAGAGATCCAGa < 2:2673561/150‑1 (MQ=255) gCATAAACAATTAGCATTTATGTTGTGTAATATTTTTTTGCCAGGCTTATAGTGTCTTTGGCAACCGGTAGCTGTATTTTATATTTTTTTGTATAAGGTCTCCTGTGAAAAATCTCTTTTCACATTATTTAAATAAACAGAGATCCAGAt < 1:4102339/150‑1 (MQ=255) 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tAGCATTTATGTTGTGTAATATTTTTTTGCCAGGCTTATAGTGTCTTTGGCAACCGGTAGCTGTATTTTATATTTTTTTGTATAAGGTCTCCTGTGAAAAATCTCTTTTCACATTATTTAAATAAACAGAGATCCAGATTAAATACCTGa < 1:2439712/150‑1 (MQ=255) tAGCATTTATGTTGTGTAATATTTTTTTGCCAGGCTTATAGTGTCTTTGGCAACCGGTAGCTGTATTTTATATTTTTTTGTATAAGGTCTCCTGTGAAAAATCTCTTTTCACATTATTTAAATAAACAGAGATCCAGATTAAATACCTGa < 2:6172393/150‑1 (MQ=255) gCATTTATGTTGTGTAATATTTTTTTGCCAGGCTTATAGTGTCTTTGGCAACCGGTAGCTGTATTTTATATTTTTTTGTATAAGGTCTCCTGTGAAAAATCTCTTTTCACATTATTTAAATAAACAGAGATCCAGATTAAATACCTGAGt < 2:3150381/150‑1 (MQ=255) ttATGTTGTGTAATATTTTTTTGCCAGGCTTATAGTGTCTTTGGCAACCGGTAGCTGTATTTTATATTTTTTTGTATAAGGTCTCCTGTGAAAAATCTCTTTTCACATTATTTAAATAAACAGAGATCCAGATTAAATACCTGAGTATaa < 2:154099/150‑1 (MQ=255) ttATGTTGTGTAATATTTTTTTGCCAGGCTTATAGTGTCTTTGGCAACCGGTAGCTGTATTTTATATTTTTTTGTATAAGGTCTCCTGTGAAAAATCTCTTTTAACATTATTTAAATAAACAGAGATCCAGATTAAATACCTGAGTATaa > 1:9626226/1‑150 (MQ=255) 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< 1:4837993‑M2/77‑1 (MQ=255) ttatttaaataatgtgaaaagagatttttcacaTTATTTAAATAAACAGAGATCCAGATTAAATACCTGAGTATAAAATCTCTTCTGATGTTTAATTGATTTGAATGTTc > 2:4837993‑M2/34‑110 (MQ=255) ataAGGTCTCCTGTGAAAAATCTCTTTTCACATTATTTAAATAAACAGAGATCCAGATTAAATACCTGAGTATAAAATCTCTTCTGATGTTTAATTGATTTGAATGTTCGTAAGCTATATCACTTACTCAATCCATTTTACCCAGAGTCa > 2:176484/1‑150 (MQ=255) taAGGTCTCCTGTGAAAAATCTCTTTTCACATTATTTACATAAACAGAGATCCAGATTAAATACCTGAGTATAAAATCTCTTCTGATGTTTAATTGATTTGAATGTTCGTAAGCTATATCACTTACTCAATCCATTTTACCCAGAGTCAt < 1:549266/150‑1 (MQ=255) taAGGTCTCCTGTGAAAAATCTCTTTTCACATTATTTAAATAACCGGAGATCCAGATTAAATACCTGAGTATAAAATCTCTTCTGATGTTTAATTGATTTGAATGTTCGTAAGCTATATCACTTACTCAATCCATTTTACCCAGAGTCAt < 1:8509039/150‑1 (MQ=255) ccTGTGAAAAATCTCTTTTCACATTATTTAAATAAACAGAGATCCAGATTAAATACCTGAGTATAAAATCTCTTCTGATGTTTAATTGATTTGAATGTTCGTAAGCTATATCACTTACTCAATCCATTTTACCCAGAGTCATAAAATAGa < 2:6544465/150‑1 (MQ=255) ccTGTGAAAAATCTCTTTTCACATTATTTAAATAAACAGAGATCCAGATTAAATACCTGAGTATAAAATCTCTTCTGATGTTTAATTGATTTGAATGTTCGTAAGCTATATCACTTACTCAATCCATTTTACCCAGAGTCATAAAATAGa < 1:9001281/150‑1 (MQ=255) ccTGTGAAAAATCTCTTTTCACATTATTTAAATAAACAGAGATCCAGATTAAATACCTGAGTATAAAATCTCTTCTGATGTTTAATTGATTTGAATGTTCGTAAGCTATATCACTTACTCAATCCATTTTACCCAGAGTCATAAAATAGa < 1:6244051/150‑1 (MQ=255) AAAAATCTCTTTTCACATTATTTAAATAAACAGAGATCCAGATTAAATACCTGAGTATAAAATCTCTTCTGATGTTTAATTGATTTGAATGTTCGTAAGCTATATCACTTACTCAATCCATTTTACCCAGAGTCATAAAATAGAATGTCt < 2:545588‑M1/150‑1 (MQ=255) AAAAATCTCTTTTCACATTATTTAAATAAACAGAGATCCAGATTAAATACCTGAGTATAAAATCTCTTCTGATGTTTAATTGATTTGAATGTTCGTAAGCTATATCACTTACTCAATCCATTTTACCCAGAGTCATAAAATAGAATGTCt < 1:5276949‑M1/150‑1 (MQ=255) AAAAATCTCTTTTCACATTATTTAAATAAACAGAGATCCAGATTAAATACCTGAGTATAAAATCTCTTCTGATGTTTAATTGATTTGAATGTTCGTAAGCTATATCACTTACTCAATCCATTTTACCCAGAGTCATAAAATAGAATGTCt > 1:6132331‑M1/1‑150 (MQ=255) AAATCTCTTTTCACATTATTTAAATAAACAGAGATCCAGATTAAATACCTGAGTATAAAATCTCTTCTGATGTTTAATTGATTTGAATGTTCGTAAGCTATATCACTTACTCAATCCATTTTACCCAGAGTCATAAAATAGAATGTCTGt > 2:9064592‑M1/1‑150 (MQ=255) AAATCTCTTTTCACATTATTTAAATAAACAGAGATCCAGATTAAATACCTGAGTATAAAATCTCTTCTGATGTTTAATTGATTTGAATGTTCGTAAGCTATATCACTTAATCAATCCATTTTACCCAGAGTCATAAAATAGAATGTCTGt < 1:7894130‑M1/150‑1 (MQ=255) AATCTCTTTTCACATTATTTAAATAAACAGAGATCCAGATTAAATACCTGAGTATAAAATCTCTTCTGATGTTTAATTGATTTGAATGTTCGTAAGCTATATCACTTACTCAATCCATTTTACCCAGAGTCATAAAATAGAATGTCTGtt > 2:7207847‑M1/1‑150 (MQ=255) AATCTCTTTTCACATTATTTAAATAAACAGAGATCCAGATTAAATACCTGAGTATAAAATCTCTTCTGATGTTTAATTGATTTGAATGTTCGTAAGCTATATCACTTACTCAATCCATTTTACCCAGAGTCATAAAATAGAATGTCTGtt > 2:1032128‑M1/1‑150 (MQ=255) ctctTTTCACATTATTTAAATAAACAGAGATCCAGATTAAATACCTGAGTATAAAATCTCTTCTGATGTTTAATTGATTTGAATGTTCGTAAGCTATATCACTTACTCAATCCATTTTACCCAGAGTCATAAAATAGAATGTCTGTTGAt > 1:9882558/1‑150 (MQ=255) tctTTTCACATTATTTAAATAAACAGAGATCCAGATTAAATACCTGAGTATAAAATCTCTTCTGATGTTTAATTGATTTGAATGTTCGTAAGCTATATCACTTACTCAATCCATTTTACCCAGAGTCATAAAATAGAATGTCTGTTGAtc < 1:4577425/150‑1 (MQ=255) acaTTATTTAAATAAACAGAGATCCAGATTAAATACCTGAGTATAAAATCTCTTCTGATGTTTAATTGATTTGAATGTTCGTAAGCTATATCACTTACTCAATCCATTTTACCCAGAGTCATAAAATAGAATGTCTGTTGATCTCAtttt < 1:1695529‑M2/147‑1 (MQ=255) caTTATTTAAATAAACAGAGATCCAGATTAAATACCTGAGTATAAAATCTCTTCTGATGTTTAATTGATTTGAATGTTCGTAAGCTATATCACTTACTCAATCCATTTTACCCAGAGTCATAAAATAGAATGTCTGTTGATCTCATTTTc > 2:3947919‑M2/3‑150 (MQ=255) aTTATTTAAATAAACAGAGATCCAGATTAAATACCTGAGTATAAAATCTCTTCTGATGTTTAATTGATTTGAATGTTCGTAAGCTATATCACTTACTCAATCCATTTTACCCAGAGTCATAAAATAGAATGTCTGTTGATCTCATTTTCa < 1:9155208‑M2/149‑1 (MQ=255) aTTATTTAAATAAACAGAGATCCAGATTAAATACCTGAGTATAAAATCTCTTCTGATGTTTAATTGATTTGAATGTTCGTAAGCTATATCACTTACTCAATCCATTTTACCCAGAGTCATAAAATAGAATGTCTGTTGATCTCATTTTCa > 2:4671034‑M2/2‑150 (MQ=255) aTTATTTAAATAAACAGAGATCCAGATTAAATACCTGAGTATAAAATCTCTTCTGATGTTTAATTGATTTGAATGTTCGTAAGCTATATCACTTACTCAATCCATTTTACCCAGAGTCATAAAATAGAATGTCTGTTGATCTCATTTTCa > 1:8764172‑M2/2‑150 (MQ=255) | GGATACAGAAAGCAATACAAAGCCCGCATAAACAATTAGCATTTATGTTGTGTAATATTTTTTTGCCAGGCTTATAGTGTCTTTGGCAACCGGTAGCTGTATTTTATATTTTTTTGTATAAGGTCTCCTGTGAAAAATCTCTTTTCACATTATTTAAATAAACAGAGATCCAGATTAAATACCTGAGTATAAAATCTCTTCTGATGTTTAATTGATTTGAATGTTCGTAAGCTATATCACTTACTCAATCCATTTTACCCAGAGTCATAAAATAGAATGTCTGTTGATCTCATTTTCAT > NC_000913/4539520‑4539818 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |