| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 2,481,750 | C→A | 9.2% | A143S (GCT→TCT) | emrY ← | putative multidrug efflux system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,481,750 | 0 | C | A | 9.2% | 1732.4 / 31.3 | 536 | A143S (GCT→TCT) | emrY | putative multidrug efflux system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (245/225); new base A (2/64); total (247/289) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.33e-16 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 539 total aligned reads displayed.
TAAGGTTAAGCATAATGTCAGGACGATAATCCCCATAGGGACATTGATTAAAAATATCCAACCCCAGCTAAAGTTATCACAAATATAACCGCCCAATATCGGCCCACATATCGGAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGAA > NC_000913/2481601‑2481898 | ggTTAAGCATAATGTCAGGACGATAATCCCCATAGGGACATTGATTAAAAATATCCAACCCCAGCTAAAGTTATCACAAATATAACCGCCCAATATCGGCCCACATATCGGAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCAGAGCaaa > 2:5437125/1‑150 (MQ=255) ggTTAAGCATAATGTCAGGACGATAATCCCCATAGGGACATTGATTAAAAATATCCAACCCCAGCTAAAGTTATCACAAATATAACCGCCCAATATCGGCCCACATATCGGAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCAGAGCaaa < 2:2577116/150‑1 (MQ=255) gTTAAGCATAATGTCAGGACGATAATCCCCATAGGGACATTGATTAAAAATATCCAACCCCAGCTAAAGTTATCACAAATATAACCGCCCAATATCGGCCCACATATCGGAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCAGAGCAAAt > 1:956159/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |