| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,588,928 | T→G | 5.6% | I445S (ATT→AGT) | acrD → | aminoglycoside/multidrug efflux system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 2,588,928 | 0 | T | G | 5.6% | 1976.4 / 47.3 | 588 | I445S (ATT→AGT) | acrD | aminoglycoside/multidrug efflux system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (311/236); new base G (2/39); total (313/275) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.55e-12 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 600 total aligned reads displayed.
TTCGCGATGGTGCTGGCGATCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGAGGAAGGACTCACTCCTCGCGAAGCCACACGTAAATCGATGGGGCAGATCCAGGGGGCACTGGTCGGGATTGCGATGGTTCTTTCGGCGGTATTTGTACCAATGGCCTTCTTCGGCGGCACCACCGGTGCCATCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCA > NC_000913/2588780‑2589077 | ttCGCGATGGTGCTGGCGATCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGAGGAAGGACTCACTCCTCGCGAAGCCACACGTAAATCGATGGGGCAGATCCAGGGGGCACTGGTCGGGAtt > 1:3413213/1‑150 (MQ=255)gtCGCGATGGTGCGGGCGATCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGAGGAAGGACTCACTCCTCGCGAAGCCACACGTAAATCGATGGGGCAGATCCAGGGGGCACTGGTCGGGAtt < 2:1814388/149‑1 (MQ=255) tCGCGATGGTGCTGGCGATCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAAAGTCGAACGTATTATGAGTGAGGAAGGACTCACTCCTCGCGAAGCCACACGTAAATCGATGGGGCAGATCCAGGGGGCACTGGTCGGGATTg > 2:9211714/1‑150 (MQ=255) cgATGGTGCTGGCGATCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGAGGAAGGACTCACTCCTCGCGAAGCCACACGTAAATCGATGGGGCAGATCCAGGGGGCACTGGTCGGGATTGCGa > 2:9338966/1‑150 (MQ=255) cgATGGTGCTGGCGATCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGAGGAAGGACTCACTCCTCGCGAAGCCACACGTAAATCGATGGGGCAGATCCAGGGGGCACTGGTCGGGATTGCGa < 2:6672141/150‑1 (MQ=255) cgAGGGTGCTGGCGATCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGAGGAAGGACTCACTCCTCGCGAAGCCACACGTAAATCGATGGGGCAGATCCAGGGGGCACTGGTCGGGATTGCGa < 2:454810/150‑1 (MQ=255) tGGTGCTGGCGATCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGAGGAAGGACTCACTCCTCGCGAAGCCACACGTAAATCGATGGGGCAGATCCAGGGGGCACTGGTCGGGATTGCGATgg > 2:8055838/1‑150 (MQ=255) gCTGGCGATCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGAGGAAGGACTCACTCCTCGCGAAGCCACACGTAAATCGATGGGGCAGATCCAGGGGGCACTGGTCGGGATTGCGATGGTTCt > 1:9020124/1‑150 (MQ=255) cTGGCGATCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGAGGAAGGACTCACTCCTCGCGAAGCCACACGTAAATCGATGGGGCAGATCCAGGGGGCACTGGTCGGGATTGCGATGGTTCtt > 1:1331900/1‑150 (MQ=255) tGGCGATCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGAGGAAGGACTCACTCCTCGCGAAGCCACACGTAAATCGATGGGGCAGATCCAGGGGGCACTGGTCGGGATTGCGATGGTTCttt < 1:5657229/150‑1 (MQ=255) tGGCGATCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGAGGAAGGACTCACTCCTCGCGAAGCCACACGTAAATCGATGGGGCAGATCCAGGGGGCACTGGTCGGGATTGCGATGGTTCttt < 1:3981377/150‑1 (MQ=255) ggCGATCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGAGGAAGGACTCACTCCTCGCGAAGCCACACGTAAATCGATGGGGCAGATCCAGGGGGCACTGGTCGGGATTGCGATGGTTCTTTc < 2:2160339/150‑1 (MQ=255) gATCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGAGGAAGGACTCACTCCTCGCGAAGCCACACGTAAATCGATGGGGCAGATCCAGGGGGCACTGGTCGGGATTGCGATGGTTCTTTcggc > 1:9400925/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |