| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,639,267 | T→G | 5.4% | N6T (AAC→ACC) | yfgM ← | ancillary SecYEG translocon subunit; putative anti‑RcsB factor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,639,267 | 0 | T | G | 5.4% | 1652.9 / 9.2 | 546 | N6T (AAC→ACC) | yfgM | ancillary SecYEG translocon subunit; putative anti‑RcsB factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (157/341); new base G (43/4); total (201/345) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.29e-16 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 566 total aligned reads displayed.
CAAGAGAAGCGGAGCGTGCAGAATCAACCTGATGGCTGTTCCAGTAGCGCCAGCCAATCAGTGCGCCAACGCCCAAAATCACCCCAACAGCCAGTGCTTTGCCATTTTCAGCAAAAAAGCGTTTAACCGCTTCTACCTGGTCGTTTTCGTTCTCGTAAATTTCCACGCTGTCCTTCTCCTTCCTTAACCCAGTAACGTGCGCAAATGCGCGGCTACGCTATCCTGCGCAACTGCCGTTTGCTCACCAGAGCGCAAATCCTTCACTACTGCTGTGCCGTTAGCCACTTCAGACTCACCCA > NC_000913/2639118‑2639416 | cAAGAGAAGCGGAGCGTGCAGAATCAACCTGATGGCTGTTCCAGTAGCGCCAGCCAATCAGTGCGCCAACGCCCAAAATCACCCCAACAGCCAGTGCTTTGCCATTTTCAGCAAAAAAGCGTTTAACCGCTTCTACCTGGTCGTTTTCGt < 1:7282719/150‑1 (MQ=255)cAAGAGAAGCGGAGCGTGCAGAATCAACCTGATGGCTGTTCCAGTAGCGCCAGCCAATCAGTGCGCCAACGCCCAAAATCACCCCAACAGCCAGTGCTTTGCCATTTTCAGCAAAAAAGCGTTTAACCGCTTCTACCTGGTCGTTTTCGt > 2:2588006/1‑150 (MQ=255) gagaAGCGGAGCGTGCAGAATCAACCTGATGGCTGTTCCAGTAGCGCCAGCCAATCAGTGCGCCAACGCCCAAAATCACCCCAACAGCCAGTGCTTTGCCATTTTCAGCAAAAAAGCGTTTAACCGCTTCTACCTGGTCGTTTTCGTtct < 2:5501413/150‑1 (MQ=255) agaAGCGGAGCGTGCAGAATCAACCTGATGGCTGTTCCAGTAGCGCCAGCCAATCAGTGCGCCAACGCCCAAAATCACCCCAACAGCCAGTGCTTTGCCATTTTCAGCAAAAAAGCGTTTAACCGCTTCTACCTGGTCGTTTTCGTtctc < 1:4575210/150‑1 (MQ=255) agaAGCGGAGCGTGCAGAATCAACCTGATGGCTGTTCCAGTAGCGCCAGCCAATCAGTGCGCCAACGCCCAAAATCACCCCAACAGCCAGTGCTTTGCCATTTTCAGCAAAAAAGCGTTTAACCGCTTCTACCTGGTCGTTTTCGTtctc < 1:6595991/150‑1 (MQ=255) gaAGCGGAGCGTGCAGAATCAACCTGATGGCTGTTCCAGTAGCGCCAGCCAATCAGTGCGCCAACGCCCAAAATCACCCCAACAGCCAGTGCTTTGCCATTTTCAGCAAAAAAGCGTTTAACCGCTTCTACCTGGTCGTTTTCGTTCTCg < 1:5764159/150‑1 (MQ=255) cGGAGCGTGCAGAATCAACCTGATGGCTGTTCCAGTAGCGCCAGCCAATCAGTGCGCCAACGCCCAAAATCACCCCAACAGCCAGTGCTTTGCCATTTTCAGCAAAAAAGCGTTTAACCGCTTCTACCTGGTCGTTTTCGTTCTCGTaaa > 2:3073451/1‑150 (MQ=255) cGGAGCGTGCAGAATCAACCTGATGGCTGTTCCAGTAGCGCCAGCCAATCAGTGCGCCAACGCCCAAAATCACCCCAACAGCCAGTGCTTTGCCATTTTCAGCAAAAAAGCGTTTAACCGCTTCTACCTGGTCGTTTTCGTTCTCGTaaa < 2:7548739/150‑1 (MQ=255) 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2:944674/1‑150 (MQ=255) ttCTCGTAAATTTCCACGCTGTCCTTCTCCTTCCTTAACCCAGTAACGTGCACAAATGCGCGGCTACGCTATCCTGCGCAACTGCCGTTTGCTCACCAGAGCGCAAATCCTTCACTACTGCTGTGCCGTTAGCCACTTCAGACTCACCCa > 2:2922499/1‑150 (MQ=255) | CAAGAGAAGCGGAGCGTGCAGAATCAACCTGATGGCTGTTCCAGTAGCGCCAGCCAATCAGTGCGCCAACGCCCAAAATCACCCCAACAGCCAGTGCTTTGCCATTTTCAGCAAAAAAGCGTTTAACCGCTTCTACCTGGTCGTTTTCGTTCTCGTAAATTTCCACGCTGTCCTTCTCCTTCCTTAACCCAGTAACGTGCGCAAATGCGCGGCTACGCTATCCTGCGCAACTGCCGTTTGCTCACCAGAGCGCAAATCCTTCACTACTGCTGTGCCGTTAGCCACTTCAGACTCACCCA > NC_000913/2639118‑2639416 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |