| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,904,212 | G→A | 100% | intergenic (+838/+535) | ygcE → / ← queE | putative kinase/7‑carboxy‑7‑deazaguanine synthase; queosine biosynthesis |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,904,212 | 0 | G | A | 99.8% | 2913.0 / ‑5.9 | 808 | intergenic (+838/+535) | ygcE/queE | putative kinase/7‑carboxy‑7‑deazaguanine synthase; queosine biosynthesis |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/0); major base A (394/399); minor base T (3/7); total (401/407) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.41e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 818 total aligned reads displayed.
GTCAGGCTCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACCTGTTTTCGCAAATCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCATGACCACGTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAATGCCGCAAACACAGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACATTACGCCTTTT > NC_000913/2904065‑2904358 | tCAGGCTCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACCTTTATGCGCAAATCGATGGACTCGTGATATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGGATCTGCTCGGGTTATCCCCGCTGgcgc > 2:4380834/1‑150 (MQ=255) tCAGGCTCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACCTGTTTTCGCAAATCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGGGCGCACGGAATAAAAATCCGTGTATCTGATCGGTTTATCCACGCTGacgc > 1:1244900/1‑150 (MQ=255) aGGCTCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACCTGTTTTCGCAAATCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCgg > 2:8074732/1‑150 (MQ=255) tCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACCTGTTTTCGCAAATCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCGCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGaa > 2:2232025/1‑150 (MQ=255) tCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACCTGTTTTCGCAAATCTATCGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGGGCGCACGGAATACAAACCCGTGTATCTGCTCGGTTTATACCCGCTGACGCGGGGac > 2:7760825/1‑149 (MQ=255) cGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACCTGTTTTCGCAAATCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACTGGCGCACCGACTGCAGCGCCCATGACCTCCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCaggggcga > 2:8780776/1‑146 (MQ=18) cGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACCAGTTTTCGCAAATCTATGGACAATTGCTATTCGGTTTATACCCGCAGGCGCGGGGAACACGGGCGCACGGAATACAAATCCGTGTATAAGCTAGGTTTATACCCGCAGACGCGGGGcaca > 1:2711389/1‑150 (MQ=255) gTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACCTGTTTTCGCAAATCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGAACACt > 1:9983873/1‑150 (MQ=255) tATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACCTGTTTTCGCAAATCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGGGCGCACGGACTACGAAGCCGTGTATCTGCGCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGACCACAGGc > 1:9025204/1‑150 (MQ=255) caTCCCCGCAGGCGCGGGGATCTACTGACTTCGCAAAGCGATTGACTGTTGCTTTTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCAGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGAACACTGGc < 2:5021657/149‑1 (MQ=255) tCCCCGCTGGCGCGGGGAACACCTGTTTTCGCAAATCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGAACACTGGctc < 1:2197824/150‑1 (MQ=255) ccccGCTGGCGCGGGGAACACCTGTTTTCGCAAATCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGAACACTGGctct < 1:454883/150‑1 (MQ=255) cccGCTGGCGCGGGGAACACCTGTTTTCGCAAATCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGAACACTGGCTCTg > 1:3709321/1‑150 (MQ=255) 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cTGTTTTCGCAAATCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGAACACTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCATGAcc > 1:7038603/1‑150 (MQ=255) cGCAAATCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGAACACTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCATGACCACGTCgg < 2:9377037/150‑1 (MQ=255) gCAAATCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGAACACTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCATGACCACGTCGGt > 2:5106161/1‑150 (MQ=255) gCAAATCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGAACACTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCATGACCACGTCGGt > 1:6492888/1‑150 (MQ=255) aaTCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGGGCGCACGGAATACAAAGACGTGTATCAGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGAACACTGGCTCTGCAACACCAGCACCCATGACCACGTCGGTTTa > 1:3210478/1‑150 (MQ=255) 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ggTTTATCCCCGCTGACGCGGGGAACACTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCATGACCACGTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTCATGCCGCAACCACAGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAacac < 2:3817167/150‑1 (MQ=255) tttATCCCCGCTGACGCGGGGAACACTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCATGACCACGTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAATGCCGCAAACACAGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACAt < 1:6756401/150‑1 (MQ=255) ttATCCCCGCTGACGCGGGGAACACTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCATGACCACGTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAATGCCGCAAACACAGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACAtt > 2:6065761/1‑150 (MQ=255) ttATCCCCGCTGACGCGGGGAACACTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCATGACCACGTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAATGCCGCAAACACAGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACAtt > 2:5527931/1‑150 (MQ=255) tATCCCCGCTGACGCGGGGAACACTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCATGACCACGTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAATGCCGCAAACACAGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACATTa < 1:7723094/150‑1 (MQ=255) 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gCTGACGCGGGGAACACTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCATGACCACGTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAATGCCGCAAACACAGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACATTACGCCttt < 2:6307840/150‑1 (MQ=255) | GTCAGGCTCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACCTGTTTTCGCAAATCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCATGACCACGTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAATGCCGCAAACACAGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACATTACGCCTTTT > NC_000913/2904065‑2904358 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |