New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 2455060 | 74 (1.250) | 6 (0.110) | 3/258 | NT | 7.7% | intergenic (‑59/+23) | yfcU/yfcV | pseudogene, FimD fimbrial export usher family;putative membrane; Not classified; putative outer membrane protein/putative fimbrial‑like adhesin protein |
? | NC_000913 | = 2455066 | 75 (1.350) | intergenic (‑65/+17) | yfcU/yfcV | pseudogene, FimD fimbrial export usher family;putative membrane; Not classified; putative outer membrane protein/putative fimbrial‑like adhesin protein |
CCCAGACACTGCTATAACTCCCTGACATTGCCAGCGCAATGCACCACGGAAGAATCCGTAATCGAAAAAGAGAATGGTCAGGCATACACGTTTTTATCCGTTTTTATTCTTGTTCGGTCAAAATCCATTTAAATACCCCATAGCAGTGTCGCTATGGGGGTATGCCTTACAGGTAAGTAATCTGGAAGGTGGTATTTGCTTCGAAATTACCCAGATCTGGCGCATCAGCTGCGCCGACCAGCCAGGCTTTAAAGTTCAGAGTCTGCTTCGCTTTGCCTTTATTAGTGGCAGT > NC_000913/2454917‑2455208 | cccAGACACTGCTATAACTCCCTGACATTGCCAGCGCAATGCACCACGGAAGAATCCGTAATCGAAAAAGAGAATGGTCAGGCATACACGTTTTTATCCGTTTTTATTCTTGTTCGGTCAAAATCCATTTAAATACCCCATAGCAgtgt < 1:206002/149‑1 (MQ=255) cccAGACACTGCTATAACTCCCTGACATTGCCAGCGCAATGCACCACGGAAGAATCCGTAATCGAAAAAGAGAATGGTCAGGCATACACGTTTTTATCCGTTTTTATTCTTGTTCGGTCAAAATACATTTAAATACCCCATAGCAgtgt > 1:56174/1‑149 (MQ=255) cgaCACTGCTATAAGTCCCTGACATTGCCAGCGCAATGCACCACTGAAGAATCCGTAATCGAAAAAGAGAATGGTCAGGCATACTCGTTTTTATCCGTTTTTATTCTTGTTCGGTCAAAATCCATTTAAATACCCCATAGCAGTGTCgc > 2:700046‑M2/2‑147 (MQ=255) acTGCTATAACTCCCTGACATTGCCAGCGCAATGCACCACGGAAGAATCCGTAATCGAAAAAGAGAATGGTCAGGCATACACGTTTTTATCCGTTTTTATTCTTGTTCGGTCAAAATACATTTAAATACCCCATAGCAGTGTCgatatt < 1:221553‑M2/149‑7 (MQ=255) tGCTATAACTCCCTGACATTGCCAGCGCAATTCACCACGGACGAATCCGTAATCGAAAAAGAGAATGGTCAGGCATACACGTTTTTATCCGTGTTTATTCTTGTTCGGTCAAAATCCATTTAAATACCCCATAGCgacactgctatggg < 1:268218‑M1/149‑15 (MQ=255) tGCTATAACTCCCTGACATTGCCAGCGCAATGCACCACGGAATAATCCGTAATCGATCACGAGACTGGTCCGGCATACACGTTTTAATCCGTTTTTATTCTTGTTCGGTCAAAATCCATTTAAATCCCCCATAGCgacactgctagggg < 2:353658‑M1/149‑15 (MQ=255) tGCTATAACTCCCTGACATTGCCAGCGCAATGCACCACGGAAGAATCCGTAATCGAAAACGAGAATCGTCAGGCATACACGTTTTTCTCCGTTTTTATTCTTGTTCGGTCAAAATCCATTTAAATACCCCATAGCgacactgctatggg < 2:349617‑M1/149‑15 (MQ=255) tGCTATAACTCCCTGACATTGCCAGCGCAATGCACCACGGAAGAATCCGTAATCGAAAAAGAGAATGGTCAGGCATACACGTTTTTATCCGTTTTTATTCTTGTTCGGTCAAAATCCATTTAAATACCCCATAGCgacactgctatggg < 1:406942‑M1/149‑15 (MQ=255) tctATAACTCACTGACATTGCCAGCGCAATGCACCACGTAAGAATCCGTAATCGAAAAAGAGAATGGTCAGGCATACACGTTTTTATCCGTTTTTATTCTTGTTCGGTCAAAATCCATTTAAATACCCCATAGCAGTGTCgctatgggg > 1:12326‑M2/2‑140 (MQ=255) cTATAACTCCCTGACATTGCCAGCGCAATGCACCACGGAAGAATCCGTAATCGAAAAAGAGAATGGTCAGGCATACACGTTTTTATCCGTTTTTATTCTTGTTCGGTCAAAATCCATTTAAATACCCCATAGCAGTGTCGCTATggggg > 2:117634/1‑149 (MQ=255) ataACTCCCTGACATTGCCAGCGCAATGCACCACGGAAGAATCCGTAATCGAAAAAGAGAATGGTCAGGCATACACGTTTTTATCCGTTTTTATTCTTGTTCGGTCAAAATCCATTTAAATACCCCATAGCAGTGTCGCTATGGGGGTa > 1:215374/1‑149 (MQ=255) ataACTCCCTGACATTGCCAGCGCAATGCACCACGGAAGAATCCGTAATCGAAAAAGAGAATGGTCAGGCATACACGTTTTTATCCGTTTTTATTCTAGTTCGGTCAAAAGCCATATAAATACCCCATAGCAGTTTCGCTATGGGGGTa > 2:947493/1‑149 (MQ=255) aCTCCCTGACATTGCCAGCGCAATTCACCACGGAAGAATCCGTAATCGAAAAAGAGAATGGGCAGGCATACACGTTTTTATCCGTTTTTATTCTTGTTCGGTCAAAATCCATTTAAATACCCCATAGCAGTGTCGCTATGGGGGTATGc < 1:926017/149‑1 (MQ=255) aCTCCCTGACATTGCCAGCGCAATGCACCACGGAAGAATCCGTAATCGAAAAAGAGAATGGTCAGGCATACACGTTTTTATCCGTTTTTATTCTTGTTCGGTCAAAATCCATTTAAATACCCCATAGCAGGGTCGCTATGGGGGTATGc > 1:186505/1‑149 (MQ=255) cTCCCTGACATTGCCAGCGCAATGCACCACGGAAGAATCCGTAATCGAAAAAGAGAATGGTCAGGCATACACGTTTTTATCCGTTTTTATTCTTGTTCGGTCAAAATCCATTTAAATACCCCATAGCAGTGTCGCTATGGGGGTATGcc > 1:230623/1‑149 (MQ=255) cTGACATTGCCAGCGCAATGCACCACGGAATAATCCGTAATCGAAAAAGAGAATGGTCAGTCATACACGTTTTTATCCGTTTTTATTCTTGTTCGGTCAAAATCCATTTAAATACCCCATATCAGTGTCGCTATGGGGGTATGCCTTAc < 2:982529/149‑1 (MQ=255) cTGACATTGCCAGCGCAATGCACCACGGAAGAATCCGTAATCGAAAAAGAGAATGGTCAGGCATACACGTTTTTATCCGTTTTTATTCTTGTTCGGTCAAAATCCATTTAAATACCCCATAGCAGTGTCGCTATGGGGGTATGCCTTAc < 1:253882/149‑1 (MQ=255) cTGACATTGCCAGCGCAATGCACCACGGAAGAATCCGTAATCGAAAAAGAGAATGGTCAGGCATACACGTTTTTATCCGTTTTTATTCTTGTTCGGTCAAAATCCATTTAAATACCCCATAGCAGTGTCGCTATGGGGGTATGCCTTAc < 2:589181/149‑1 (MQ=255) cTGACATTGCCAGCGCAATGCACCACGGAAGAATCCGTAATCGAAAAAGAGAATGGTCAGGCATACACGTTTTTATCCGTTTTTATTCTTGTTCGGTCAAAATCCATTTAAATACCCCATAGCAGCGTCGCTATGGGGGTATGCCTTAc < 1:26652/149‑1 (MQ=255) gACATTGCCAGCGCAATGCCCCACGGAAGAATCCGTAATCGAAAAAGAGAATGGTCAGGCATACACGTTTTAATACGTTTTTATTATTGTTCGGTCATAATCAATGTAAATACCCCATAGAAGGGTCGCGATGGTGGTATCCCtatgag > 2:696925/1‑144 (MQ=255) gACATTGCCAGCGCAATGCACCACGGAAGCATCCGTAATCGAAAAAGCGAAGGGGCAGGCATCCACGGTTTTATCCGAGTTTATTCTTGTTCGGGCACCAGCGATTAAATAACCCAATACCAGTGTCGCTAAGCGGCTATGCCATAccg > 2:694729/1‑147 (MQ=255) gACATTGCCAGCGCAATGCACCACGGAAGAATCCGTAATCGAAAAAGAGAATGGTCAGGCATACACGTTTTTATCCGTTTTTATTCTTGTTCGGTCAAAATCCATTTAAATACCCCATAGCAGTGTCGCTATGGGGGTATGCCTTACAg > 2:528922/1‑149 (MQ=255) cATAGCCAGCGCAATGCACCAAGGAAGAATCCTAAATCCAAAAAGAGATTGGTCATGCATACACGTTATTATCCGTTATTATTCATGTTCTTTCAAAATCCAATTAAATACCCCATAGCAGAGACGCTATGGGGGTATGCCTTACAGgt < 2:744525/149‑1 (MQ=255) accacGGAAGAATCCGTAATCGAAAAAGAGAATGGTCAGGCATACACGTTTTTATCCGTTTTTATTCTTGTTCGGTCAAAATCCATTTAAATACCCCATAGCAGTGTCGCTATGGGGGTATGCCTTACAGGTAAGTAATCTGGAAggtg > 2:112145/1‑149 (MQ=255) ccaaGGAAGAATCCGTAATCGAAAAAGAGTATGGTCAGGCATTGACGTTTTTATGCGTTTTTATTCTTGTTCGGTCAAAATCCATTTAAATACCCCATAGCAGTGTCGCTATGGGGGTATGCCTTACAGGTAAGTAATCTGGAAggtgg < 1:221286/149‑1 (MQ=255) cacGGAAGAATCCGTAATCGAAAAAGAGAATGGTCAGGCATACACGTTTTTATCCGTTTTTATTCTTGTTCGGTCAAAATCCATTTAAATACCCCATAGCAGTGTCGCTATGGGGGTATGCCTTACAGGTAAGTAATCTGGAAggtggt > 2:498901/1‑149 (MQ=255) cacGGAAGAATCCGTAATCGAAAAAGAGAATGGTCAGGCATACACGTTTTTAGCCGTTTTTATTCTTGTTCGGTCAAAATCCATTTAAATACCCCATAGCAGTGTCGCTATGGGGGTATGCCTTACAGGTAAGTAATCTGGAAggtggt > 1:71492/1‑149 (MQ=255) acGGAAGAATCCGTAATCGAAAAAGAGAATGGTCAGGCATACACGTTTTTATCCGTTTTTATTCTTGTTCGGTCAAAATCCATTTAAATACCCCATAGCAGTGTCGCTATGGGGGTATGCCTTACAGGTAAGTAATCTGGAAGGTGGTa < 2:42788/149‑1 (MQ=255) aagaaTCCGTAATCGAAAAAGAGAATGGTCAGGCATACACGTTTTTATCCGTTTTTATTCTTGTTCGGTCAAAATCCATTTAAATACCCCATAGCAGTGTCGCTATGGGGGTATGCCTTACAGGTAAGTAATCTGGAAGGTGGTATTTg < 1:14856/149‑1 (MQ=255) aaTCCGTAATCGGAAAAGAGAATGGTCAGGCTTACACGTATTTATCCGTTTTTATTCTTGTTCGGTCAAAATCCATTTAAATACCCCATAGCAGTGTCGCTATGGGTGTATGCCTTACAGGTAAGTAATCTGGAAGGTGGTATTTGCtt < 1:176873/149‑1 (MQ=255) aaTCCGTAATCGAAAAAGAGAATGGTCAGGCATACACGTTTTTATCCGTTTTTATTCTTGTTCGGTCAAAATCCATTTAAATACCCCATAGCAGTGTCGCTATGGGGGTATGCCTTACAGGTAAGTAATCTGGAAGGTGGTATTTGCtt < 1:90677/149‑1 (MQ=255) aaTCCGTAATCGAAAAAGAGAATGGTCAGGAATACACGTTTTTATCCGTTTTTATTCTTGTTCGGTCAAAATCCATTTAAATACCCCATAGCAGTGTCGCTATGGGGGTATGCCTTACAGGTAAGTAATCTGGAAGGTGGTATTTGCtt < 1:260841/149‑1 (MQ=255) aaTCCGTAAGCGAAAAAGAGAATGGTCAGGCATACACGTTTTTATCCGTTTTTATTCTTGTTCGGTCAAAATCCATTTAAATACCCCATAGCAGTGTCGCTATGGGGGTATGCCTTACAGGTAAGTAATCTGGAAGGTGGTATTTGCtt < 2:852399/149‑1 (MQ=255) aTCCGTAATCGAAAACGAGAATGGTCAGGCATACACGTTTTTATCCGTTTTAATTCTTGTTCGGTCAAAATCCATTTAAATACCCCATAGCAGTGTCGCTATGGGGGTATGCCTTACAGGTAAGTAATCTGGAAGGTGGTATTTGCTTc < 2:979896/149‑1 (MQ=255) aTCCGTAATCGAAAAAGAGAATGGTCAGGCATACACGTTTTTATCCGTTTTTATTCTTGTTCGGTCAAAATCCATTTAAATTCCCCATAGCAGTGTCGCTATGGGGGTATGCCTTACAGGTAAGTAATCTGGAAGGTGGTATTTGCTTc > 2:695375/1‑149 (MQ=255) tCCGTAATCGAAAATGAGAATGGTCAGGCATACACGTTTTTATCCGTTTTTATTCTTGTTCGGTCAAAATCCATTTAAATACCCCATAGCTGTGTCGCTATGGGGGTATGCCTTACAGGTAAGTAATCTGGAAGGTGGTATTTGCTTCg < 2:367944/149‑1 (MQ=255) tCCGTAATCGAAAAAGAGAATGGTCAGGCATACACGTTTTTATCCGTTTTTATTCTTGTTCGGTCAAAATCCATTTAAATACCCCATAGCAGTGTCGCTATGGGGGTATGCCTTACAGGTAAGTAATCTGGAAGGTGGTATTTGCTTCg > 1:450885/1‑149 (MQ=255) gTAATCGAAAAAGAGAATGGTCAGGCATACACGTTTTTATCCGTTTTTATTCTTGTTCGGTCAAAATCCATTTAAATACCCCATAGCAGTGTCGCTATGGGGGTATGCCTTACAGGTAAGTAAGCTGGAAGGTGGTATTTGCTTCGaaa > 2:938647/1‑149 (MQ=255) 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tttAAATACCCCATAGCAGTGTCGCTATGGGGGTATGCCTTACAGGTAAGTAATCTGGAAGGTGGTATTTGCTTCGAAATTACCCAGATCTGGCGCATCAGCTGCGCCGACCAGCCAGGCTTTAAAGTTCAGAGTCTGCTTCGCTTTGc > 2:217913/1‑149 (MQ=255) tttAAATACCCCATAGCAGTCTCGCTATGGGGGTATGCCTTACAGGTAAGTAATCTGGAAGGTGGTATTTGCTTCGAAATTACCCAGATCTGGCGCATCAGCTGCGCCGACCAGCCAGGCTTTAAAGTTCAGAGTCTGCTTCGCTTTGc < 2:139897/149‑1 (MQ=255) ttAAATACCCCATAGCAGTGTCGCTATGGGGGTATGCCTTACAGGTAAGTAATCTGGAAGGTGGTATTTGCTTCGAAATTACCCAGATCTGGCGCATCAGCTGCGCCGACCAGCCAGGCTTTAAAGTTCAGAGTCTGCTTCGCTTTGcc > 2:934612/1‑149 (MQ=255) aaaTACCCCATAGCAGTGTCGCTATGGGGGTATGCCTTACAGGTAAGTAATCTGGAAGGTGGTATTTGCTTCGAAATTACCCAGATCTGGCGCATCAGCTGCGCCGACCAGCCAGGCTTTAAAGTTCAGAGTCTGCTTCGCTTTGCCtt > 1:235434/1‑149 (MQ=255) tACCCCATAGCAGTGTCGCTTTGGGGGTATGCATTACAGGTAAGTAATCTGGAAGGTGGTATTTGCTTCGAAATTACCCAGATCTGGCGCATCAGCTGCGCCGACCAGCCAGGCTTTAAAGTTCAGAGTCTGCTTCGCTTTGCCTttat < 2:56174/149‑1 (MQ=255) ccccATAGCgacactgctatggggtatttaaatggattttgaccgaacaagaataaaaacggataaaaacgtgtatgcctgaccattctctttttcgattacggattcttacgtggtgcattgcgctggcaatgtcagtgagttataga > 1:12326‑M1/1‑9 (MQ=255) ccccTAGCAGTGTCgctatgggggatttaaatggattttgaccgaacaagaataaaaacggattaaaacgtgtatgccggaccagtctcgtgatcgattacggattattccgtggtgcattgcgctggcaatgtcagggagttatagca < 2:353658‑M2/149‑136 (MQ=255) cccATAGCAGTGTCgctatggggtatttaaatggattttgaccgaacaagaataaacacggataaaaacgtgtatgcctgaccattctctttttcgattacggattcgtccgtggtgaattgcgctggcaatgtcagggagttatagca < 1:268218‑M2/149‑136 (MQ=255) cccATAGCAGTGTCgctatggggtatttaaatggattttgaccgaacaagaataaaaacggataaaaacgtgtatgcctgaccattctctttttcgattacggattcttccgtggtgcattgcgctggcaatgtcagggagttatagca < 1:406942‑M2/149‑136 (MQ=255) cccATAGCAGTGTCgctatggggtatttaaatggattttgaccgaacaagaataaaaacggagaaaaacgtgtatgcctgacgattctcgttttcgattacggattcttccgtggtgcattgcgctggcaatgtcagggagttatagca < 2:349617‑M2/149‑136 (MQ=255) ccATAGCAGTGTCGCTATGGGGGTATGCCTTACAGGTAAGTAATCTGGAAGGTGGTATTTGCTTCGAAATTACCCAGATCTGGCGCATCAGCTGCGCCGACCAGCCAGGCTTTAAAGTTCAGAGTCTGCTTCGCTTTGCCTTTATTAGt > 1:820195/1‑149 (MQ=255) ccATAGCAGTGTCGCTATGGGGGTATGCCTTACAGGTAAGTAATCTGGAAGGTGGTATTTGCTTCGAAATTACCCAGATCTGGCGCATCAGCTGCGCCGACCAGCCAGGCTTTAAAGTTCAGAGTCTGCTTCGCTTTGCCTTTATTAGt < 2:186505/149‑1 (MQ=255) aatatcgacactgctatggggtatttaaatgtattttgaccgaacaagaataaaaacggataaaaacgtgtatgcctgaccattctctttttcgattacggattcttccgtggtgcattgcgctggcaatgtcagggagttatagcagt < 1:221553‑M1/148‑144 (MQ=255) aTAGCATTGTCGCTATGGGGGTATGCCTTACAGGTAAGTAATCTGGAAGGTGGTATTTGCTTCGAAATTACCCAGATCTGGCGCATCAGCTGCGCCGACCAGCCAGGCTTTAAAGTTCAGAGTCTGCTTCGCTTTGCCTTTATTAGTgg < 2:45785/149‑1 (MQ=255) aTAGCAGTGTCGCTATGGGGGTATGCCTTACAGGTAAGTAATCTGGAAGGTGGTATTTGCTTCGAAATTACCCAGATCTGGCGCATCAGCTGCGCCGACCAGCCAGGCTTTAAAGTTCAGAGTCTGCTTCGCTTTGCCTTTATTAGTgg < 1:695375/149‑1 (MQ=255) aTAGCAGTGTCGCTATGGGGGTATGCCTTACAGGTAAGTAATCTGGAAGGTGGTATTTGCTTCGAAATTACCCAGATCTGGCGCATCAGCTGCGCCGACCAGCCAGGCTTTAAAGTTCAGAGTCTGCTTCGCTTTGCCTTTATTAGTgg < 1:1006598/149‑1 (MQ=255) gCgacactgctatggggtatttaaatggattttgaccgaacaagaataaaaacggataaaaacgagtatgcctgaccattctctttttcgattacggattcttcagtggtgcattgcgctggcaatgtcagggacttatagcagtgtcg > 2:700046‑M1/1‑2 (MQ=255) cAGTGTCGCTATGGGGGTATGCCTTACAGGTAAGTAATCTGGAAGGTGGTATTTGCTTCGAAATTACCCAGATCTGGCGCATCAGCTGCGCCGACCAGCCAGGCTTTAAAGTTCAGAGTCTGCTTCGCTTTGCCTTTATTAGTGGCAGt < 1:569445/149‑1 (MQ=255) | CCCAGACACTGCTATAACTCCCTGACATTGCCAGCGCAATGCACCACGGAAGAATCCGTAATCGAAAAAGAGAATGGTCAGGCATACACGTTTTTATCCGTTTTTATTCTTGTTCGGTCAAAATCCATTTAAATACCCCATAGCAGTGTCGCTATGGGGGTATGCCTTACAGGTAAGTAATCTGGAAGGTGGTATTTGCTTCGAAATTACCCAGATCTGGCGCATCAGCTGCGCCGACCAGCCAGGCTTTAAAGTTCAGAGTCTGCTTCGCTTTGCCTTTATTAGTGGCAGT > NC_000913/2454917‑2455208 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |