| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 676,686 | T→A | 7.5% | intergenic (‑139/‑25) | ybeQ ← / → ybeR | Sel1 family TPR‑like repeat protein/uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 676,686 | 0 | T | A | 7.5% | 209.9 / 9.2 | 94 | intergenic (‑139/‑25) | ybeQ/ybeR | Sel1 family TPR‑like repeat protein/uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (40/47); new base A (3/4); total (43/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.64e-02 | |||||||||||
GAAAATCATTATCATTTCCTTATGGTTGCAGATAAAACATATTATATTTTTATGTGTTCCATTTTTGCGTAAGCCTTATTTTATGCGTATTATGTCGCGTCAGAAAAGTATAAATAAACGAGCCTCGCAATGCGGCTAATATTCATTTAATGAATATTTAAGGATAAATTATATGGACATGGAGTCGCAAAAAATATTGTTTGCACTTTCCACTCCGATGGAAATACGCAATGAATGCTGTTTACCTTCGCATTCATCACCCAAAATGTATTTAGGTACATGCTTTTTTGACC > NC_000913/676539‑676831 | gAAAATCATTATCATTTCCTTATGGTTGCAGATAAAACATATTATATTTTTATGTGTTCCATTTTTGCGTAAGCATTATTTTATGCGTATTATGTCGCGTCAGAAAAGTATAAATAAAAGAGCCTCGCAATGCGGCTAATATTCATTTa > 1:356521/1‑149 (MQ=255)gAAAATCATTATCATTTCCTTATGGTTGCAGATAAAACATATTATATTTTTATGTGTTCCATTTTTGAGTAAGCCTTATTTTATGCATATTATGTCGCGTCAGAAAATTATAAATAAAAGAGCCTCGCAATGCGGCTAATATTCATTTa > 1:38086/1‑149 (MQ=255) aaaaTCATTATAATTTCCTTATGGTTGCAGATAAAACATATAATATTTTTATGTGTTCAATTTTTGCGTAATCCTTATTTTATGCGTATTATGTCTCTTCAGAAAAGTATAAATAAACGAGCCTCGCAATGCGGCTAATATTCATTTaa < 2:703876/149‑1 (MQ=255) aaaTCATTATCATTTCCTTATGGTTGCATATAAAACATATTATATTTTTATGTGTTCCATTTTTGCGTAAGCCTTATTTTATGCGTATTATGTCGCGTCAGAAAAGTATAAATAAACGAGCCTCGCAATGCGGCTAATATTCATTTAAt < 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atTCATTTAATGAATATTTAAGGATAAATTATATGGACATGGAGTCGCAAAAAATATTGTTTGCACTTTCCACTCCGATGGAAATACGCAATGAATGCTGTTTACCTTCGCATTCATCACCCAAAATGTATTTAGGTACATGCtttttt < 2:882982/149‑1 (MQ=255) atTCATTTAATGAATATTTAAGGATAAATTATATGGACATGGAGTCGCAAAAAATATTGTTTGCACTTTCCACTCCGATGGAAATACGCAATGAATGCTGTTTACCTTCGCATTCATCACCCAAAATGTATTTAGGTACATGCtttttt < 2:439105/149‑1 (MQ=255) ttCATTTAATTAATATTTAATGATAAATTAAATGGACATGGAGTAGCAAAAAATATTGTTTGAACTTTCCACTCCGATGGAAATACGCAATGAATGCTGGTTACCTTCGCATTCATCACCCAAAATGTATTTAGGTACATGCTTTTTTg < 2:811820/149‑1 (MQ=255) cATTTAATGAATATTTAAGGATAAATTATATGGACATGGAGTCGCAAAAAATATTGTTTGCACTTTCCACTCCGATGGAAATACGCAATGAATGCTGTTTACCTTCGCATTCATCACCCAAAATGTATTTAGGTACATGCTTTTTTGAc < 1:505217/149‑1 (MQ=255) aTTTAATGAATATTTAAGGATAAATTATATGGACATGGAGTCGCAAAAAATATTGTTTGCACTTTCCACTCCGATGGAAATACGCAATGAATGCTGTTTACCTTCGCATTCATCACCCAAAATGTATTTAGGTACATGCTTTTTTGAcc > 2:621874/1‑149 (MQ=255) | GAAAATCATTATCATTTCCTTATGGTTGCAGATAAAACATATTATATTTTTATGTGTTCCATTTTTGCGTAAGCCTTATTTTATGCGTATTATGTCGCGTCAGAAAAGTATAAATAAACGAGCCTCGCAATGCGGCTAATATTCATTTAATGAATATTTAAGGATAAATTATATGGACATGGAGTCGCAAAAAATATTGTTTGCACTTTCCACTCCGATGGAAATACGCAATGAATGCTGTTTACCTTCGCATTCATCACCCAAAATGTATTTAGGTACATGCTTTTTTGACC > NC_000913/676539‑676831 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |