| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,044,733 | T→C | 7.8% | intergenic (+109/‑205) | asnT → / → yeeJ | tRNA‑Asn/putative adhesin |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,044,733 | 0 | T | C | 7.8% | 177.9 / 5.8 | 64 | intergenic (+109/‑205) | asnT/yeeJ | tRNA‑Asn/putative adhesin |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (30/29); new base C (2/3); total (32/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.11e-01 | |||||||||||
AATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCTAAAAATTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTCGATTATAAAACTTGAGTTATTCAGTAGTCTCCCCTCTTGCAACTCACACCCAAAACTGCCTAACGAAAAGTTATTAATTTTCAATCATATTGCTATCAGTATTTACAT > NC_000913/2044585‑2044881 | aaTCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGTAGCCAAATTCTAAAAATTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGtt < 1:599119/149‑1 (MQ=255) aTCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCTAAAAATTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGtt > 1:510961/1‑148 (MQ=255) aTCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCTAAAAATTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGtt < 2:510961/148‑1 (MQ=255) tCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCTAAAAATTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGTGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACATTTATGGTTGa > 2:943525/1‑149 (MQ=255) cGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCTAAAAATTCGCTTTTTTAGCGCTATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAgg < 2:851091/149‑1 (MQ=255) cGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCTAAAAATTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAgg < 2:444660/149‑1 (MQ=255) gTATGGCACTGGTTAGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCTAAAAATTCGCTTTTATAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCAACCATAAAGGTCGAggg < 2:608372/149‑1 (MQ=38) tATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCTAAAAATTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCAACCATAAAGGTCGAGGGc < 1:686208/149‑1 (MQ=39) 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aaaTTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCCCTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCCTCACCATTTTCCCCTCGATTATaa > 1:252730/1‑149 (MQ=255) aTTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTCGATTATaaaa < 1:468807/149‑1 (MQ=255) ttCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGCCCTTTGGTGTACATTTTTTTTTAACGGATAGGGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCAGCACCATTTTCCCCTCGATTATAAAAc < 1:633733/149‑1 (MQ=255) ttttttAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTCGATTATAAAACTTGAg > 2:9487/1‑149 (MQ=255) tAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTCGATTATAAAACTTGAGTTAtt < 1:645924/149‑1 (MQ=255) aGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTCGATTATAAAACTTGAGTTATTc < 1:532185/149‑1 (MQ=255) cAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCTACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTCGATTATAAAACTTGAGTTATTCagta < 1:435206/149‑1 (MQ=255) aTGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTCGATTATAAAACTTGAGTTATTCagtagt > 2:515266/1‑149 (MQ=255) tGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCTTCACCATTTTCCCCTCGATTATAAAACTTTAGTTATTCaggagtg > 2:188123/1‑148 (MQ=255) tCACTGACCTTAGTTGAACATTTTTTTTTTACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGAACTTTTTGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTCGATTATAAAACTTGAGTTATTCAGTAGtctc < 2:581070/149‑1 (MQ=255) 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ttAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTCGATTATAAAACTTGAGTTATTCAGTAGTCTCCCCTCTTGCAACTCACACCCAAAACTGCCTAACGAAAAGttatta > 1:42345/1‑149 (MQ=255) aaCATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTCGATTATAAAACTTGAGTTATTCAGTAGTCTCCCCTCTTGCAACTCACACCCAAAACTGCCTAACGAAAAGTTATTAAt > 2:415371/1‑149 (MQ=255) catAAGCGCCCTCGCCCTATATGGGTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCAACACCACTGTCCCCGCGAATATCAAACTCGAGATATTCAGTAGGCTCCCCTCTTCCACCTCACACCCACACCTCCCTAACGAAAAGTTATTAATTTTCa < 2:62441/147‑1 (MQ=255) cccTCAACCATAAAGGTCGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCAACGATTATAAAACTTGAGTTATTCAGTAGTAACCCCTCTTGCACCTCACACCCAAACCTGCCTAACGATTAGTTAATAATATTCAATCATAtt > 1:54212/1‑149 (MQ=255) cccTCAACCATAAAGGTCGAGGGCGCTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTCGATTATAAAACTTGAGTTATTCAGTAGTCTCCCCTCTTGCAACTCACACCCAAAACTGCCTAACGAAAAGTTATTAATTTTCAATCATAtt > 2:312900/1‑149 (MQ=255) 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ccTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTCGATTATAAAACTTGAGTTATTCAGTAGTCTCCCCTCTTGCAACTCACACCCAAAACTGCCTAACGAAAAGTTATTAATTTTCAATCATATTGCTATCa < 1:188123/149‑1 (MQ=255) tGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGTACGCCATCACCATTTTCCCCTCGATTTTAAAACTTGAGTTATTCAGTAGTCTCCCCTCTTGCAACTCACACCCAAAACTGCCTAACGAAAAGTTATTAATTTTCAATCATATTGCTATCAGTAttt < 2:146861/149‑1 (MQ=255) ggTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTCGATTATAAAACTTGAGTTATTCAGTAGTCTCCCCTCTTGCAACTCACACCCAAAACTGCCTAACGAAAAGTTATTAATTTTCAATCATATTGCTATCAGTATTTa < 1:943525/149‑1 (MQ=255) gTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCGCGATTATAAAACTTGAGTTATTCAGTAGTCTCCCCTCTTGCACCTCACACCCAAAACTGCCTAACGAAAAGTTATTAATTTTCAATCATTGTGATATCAGTATTTAc > 2:474575/1‑149 (MQ=255) tGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTCGATTATAAAACTTGAGTTATTCAGTAGTCTCCCCTCTTGCAACTCACACCCAAAACTGCCTAACGAAAAGTTATTAATTTTCAATCATATTGCTATCAGTATTTACAt < 2:252730/149‑1 (MQ=255) | AATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCTAAAAATTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTCGATTATAAAACTTGAGTTATTCAGTAGTCTCCCCTCTTGCAACTCACACCCAAAACTGCCTAACGAAAAGTTATTAATTTTCAATCATATTGCTATCAGTATTTACAT > NC_000913/2044585‑2044881 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |