| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 3798221 = | 334 (3.590) | 10 (0.120) | 8/270 | 8.5 | 3.1% | intergenic (+14/+18) | waaL/waaU | O‑antigen ligase/lipopolysaccharide core biosynthesis |
| ? | NC_000913 | 3798249 = | 312 (3.680) | coding (1064/1074 nt) | waaU | lipopolysaccharide core biosynthesis | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CGGAATATCCCTCGCATTTAATTTGGTCCCCGAATCATCATAAATCTATACAAATAGTATCCCCAACATATACGGTAAAAGATATCGATACTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/3798381‑3798221‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aactcacttcttaTCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGG > NC_000913/3798249‑3798397 CGGAATATCCCTCGCATTTAATTTGGTCCCCGAATCATCATAAATCTATACAAATAGTATCCCCACCAGATACGGTAAAAGATATCGATACTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTGTTA > 1:828870/1‑149CGGAATATCCCTCGCATTTAATTTGGTCCCCGAATCATCATAAATCTATACAAATAGTATCCCCAACATATACGGTAAAAGATTTCGATACTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTA > 1:1217855/1‑149CGGAATATCCCTCGCATTTAATTTGGTCCCCGAATCATCATAAATCTATACAAATAGTATCCCCAACATATACGGTAAAAGATATCGATACTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAATTTTTAAATATAAAAATTGATTTTTA > 1:1092899/1‑149CGGAATATCCCTCGCATTTAATTTGGTCCCCGAATCATCATAAATCTATACAAATAGTATCCCCAACATATACGGTAAAAGATATCGATACTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATATATAAGAAGTGAGTTTTA > 2:1461546/1‑149CGGAATATCCCTCGCATTTAATTTGGTCCCCGAATCATCATAAATCTATACAAATAGTATCCCCAACATATACGGTAAAAGATATCGATACTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTA > 1:399071/1‑149CGGAATATCCCTCGCATTTAATTTGGTCCCCGAATCATCATAAATCTATACAAATAGTATCCCCAACATATAAGGTAAAAGATATCGATACTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTA > 1:509052/1‑149 GGAATATCCCTCGCATTTAATTTGGTCACCGAATCATCATAAATCTATACAAATAGTATCCCCAACATATACGGTAAAAGATATCGATACTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAA < 1:92863/149‑1 GGAATATCCCTCGAATTTAATTTGGTCCCCGAATCATCATAAATCTATACAAATATTATCACCAACATATACGGTAAAAGATATCGATACTTAAAATTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATATATAAGAATTGAGTTTTAA < 2:460045/149‑1 GAATATCCCTCGCATTTAATTTGGTCCCCGAATCATCATAAATCTATACAAATAGTATCCCCAACATATACGGTAAAAGATATCGATACTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAAC > 1:928270/1‑149 ATATCCCTCGCATTTAATTTGGTCCCCGAATCATCATAAATCTATACAAATAGTATCCCCAACATATACGGTAAAAGATATCGATACTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTC < 2:347117/149‑1 ATATCCCTCGCATTTAATTTGGTCCCCGAATCATCATAAATCTATACAAATAGTATCCCCAACATATACGGTAAAAGATATCGATACTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTC < 2:922148/149‑1 TATCCCTCGCATTTAATTTGGTCCCCGAATCATCATAAATCTATACAAATAGTATCCCCAACATATACGGTAAAAGATATCGATACTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCA > 1:545383/1‑149 TATCCCTCGCATTTAATTTGGTCCCCGAATCATCATAAATCTATACAAATAGTATCCCCAACATATACGGTAAAAGATATCGATACTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCA < 1:432828/149‑1 ATCCCTCTCATTTAATTTGTTCCCCTAATCATCATAAATCTATACAAATATTATCCCCAACATATACTGTAAAAGATATCTATACTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCAC < 2:909186/149‑1 ATCCCTCGCATTTAATTTGGTCCCCGAATCATCATAAATCTATACAAATAGTATCCCCAACATATACGGTAAAAGATATCGATACTGAAACTTTAACTAAATCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCAC < 1:1334957/149‑1 TCCCTCGCATTTAATTTGGTCCCCGAATCATCATAAATCTATACAAATAGTATCCCCAACATATACGGTAAAAGATATCGATACTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACT < 2:159633/149‑1 CCCTCGCATTTAATTTGGTCCCCGAATCATCATAAATCTATACAAATAGTATCCCCAACATATACGGTAAAAGATATCGATACTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTT > 2:611481/1‑149 CCCTCGCATTTAATTTGGTCCCCGAATCATCATAAATCTATACAAATAGTATCCCCAACATATACGGTAAAAGATATCGATACTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTT < 1:767973/149‑1 CCCTCGCATTTAATTTGGTCCCCGAATCATCATAAATCTATACAAATAGTATCCCCAACATATACGGTAAAAGATATCGATACTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTT < 1:1041580/149‑1 CCCTCGCATTTAATTTGGTCCCCGAATCATCATAAATCTATACAAATAGTATCCCCAACATATACGGTAAAAGATATCGATACTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTT > 1:1450828/1‑149 CCCTCGCATTTAATTTGGTCCCCGAATCATCATAAATCTATACAAATAGTATCCCCAACATATACGGTAAAAGATATCGATACTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAAATCACTT > 1:1086156/1‑149 CCCTCGCAGTTAATTTGTTCCGCGAATCATCATAAATCTATACAAATAGTATCCCCAACATATACGTTAAAAGATATCGATACTGAAACTTTAACTAATTCAGTACAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTT < 2:970342/149‑1 CCTCGCATTTAATTTGGTCCCCGAATCATCATAAATCTATACAAATAGTATCCCCAACATATACGGTAAAAGATATCGATACTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGGAGTGAGTTTTAACTCACTTC < 1:438657/149‑1 CTCGCATTTAATTTGGTCCCCGAATCATCATAAATCTATACAAATAGTATCCCCAACATATACGGTAAAAGATATCGATACTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCT > 2:1445979/1‑149 TCGCATTTAATTTGGTCCCCGAATCATCATAAATCTATACAAATAGTATCCCCAACATATACGGTAAAAGATATCGATACTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTT > 2:88358/1‑149 CCAACATATACGGTAAAAGATATCGATACTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGATTTAGTTAAAGTTTCAGTATAGAT > 2:1054078/1‑149 ATACTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGAT > 2:543793/1‑149 AGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTC > 1:399833/1‑149 GAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCG < 1:543793/149‑1 ATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTTAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACGGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGG > 1:990806/1‑149 TAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTAACGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAA > 1:312231/1‑149 aactAGTGAGTTTAAACTCAATTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTTAAGTTTCAGTTTCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGA < 2:971153/145‑1 AGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAG > 2:545902/1‑149 AAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGG > 1:1302282/1‑149 AAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGG > 1:1197574/1‑149 AACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAG < 1:27957/149‑1 CTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGTGACCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTA < 1:1161226/149‑1 TCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTAa > 1:1103876/1‑148 TCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTAC > 2:393963/1‑149 TCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTAC < 1:1290163/149‑1 TCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTAC > 1:429767/1‑149 TCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTAC < 1:1331521/149‑1 TCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCATTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGAATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGAATTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAAAGCGAGGGATTATACGGAGTAg > 1:641118/1‑148 ACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGT < 2:154158/149‑1 ACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTAATGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGT < 2:919833/149‑1 ACTTCTTATCTATACAACTTAATATCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACAGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTAGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGT > 1:710781/1‑149 CTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGATGGATATTCCGGAGTAAGTt > 1:958599/1‑148 CTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGGTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTG < 1:314336/149‑1 CTTCTTATCTATACAACTTAAGCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGAACTCTTTTACAGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTG < 1:1034283/149‑1 TTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCTATATCTTTTACAGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGTGGAACAAATTAAATGAGAGTGATATTAAGGAGTACGTGA > 2:964198/1‑149 TTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACGGAATTAGTTAAAGATTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATTATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGAATATTCCGGAGTACGTGA > 2:967396/1‑149 TTCTTATATATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAACTTTCCGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGCTACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGA < 2:698720/149‑1 CTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATTATTCGGGGACCAAATTAAATGCTAGGGATATTCAGGAGTACGTGAAT > 1:195318/1‑149 TATCTATACAACTTAATCTCATTACTGAATTAGTT‑‑AGTTTCAGAATCGATATCTTATACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGG < 1:802656/149‑1 ATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAG > 2:57656/1‑149 ATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTAACGATATCATTTAACGTATATGTTGGCGAAACTATTTGTATACATTTATGATGAATCGGGTACAAAATTAAATGCGATGGATATTCCGGAGTACTTGAATatt > 1:825231/1‑146 ATCTATACAACTTAATCTCTTTACAGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTAAATGTTGGGGATACTATATGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAG < 1:1214665/149‑1 CGGAATATCCCTCGCATTTAATTTGGTCCCCGAATCATCATAAATCTATACAAATAGTATCCCCAACATATACGGTAAAAGATATCGATACTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/3798381‑3798221‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aactcacttcttaTCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGG > NC_000913/3798249‑3798397 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |