| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 151,688 | C→G | 10.7% | V182L (GTA→CTA) | yadL ← | putative fimbrial‑like adhesin protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 151,688 | 0 | C | G | 10.7% | 1423.9 / 34.4 | 459 | V182L (GTA→CTA) | yadL | putative fimbrial‑like adhesin protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (248/153); new base G (2/53); total (251/208) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.50e-18 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 474 total aligned reads displayed.
AAAACAGTAATGACAGAAACAGAATTATTCTCTTCATCAGCTTACGTTGAGTGGGATGCATATATAGTTCCTGAATCTGTAAGTCTGTTAGTTATAGGTTACTGTAAATGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTGCTCCAGA > NC_000913/151539‑151837 | aaaaCAGTAATGACAGAAACAGAATTATTCTCTTCATCAGCTTACGTTGAGTGGGATGCATATATAGTTCCTGAATCTGTAAGTCTGTTAGTTATAGGTTACTGTAAATGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTAc > 1:6904178/1‑150 (MQ=255)aaaaCAGTAATGACAGAAACAGAATTATTCTCTTCATCAGCTTACGTTGAGTGGGATGCATATATAGTTCCTGAATCTGTAAGTCTGTTAGTTATAGGTTACTGTAAATGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTAc > 2:1595490/1‑150 (MQ=255)aaaaCAGTAATGACAGAAACAGAATTATTCTCTTCATCAGCTTACGTTGAGTGGGATGCATATATAGTTCCTGAATCTGTAAGTCTGTTAGTTATAGGTTACTGTAAATGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTAc > 2:1701519/1‑150 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aCCCGCTGTGACATTTTTTCCGGTTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGc < 2:4604288/150‑1 (MQ=255) cccGCTGTTACTTTGTTTCGGTTTTTATTTTTTTCCCCGACCCGGCGTGCACTCATGGTATAATACACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGcc < 1:3230323/150‑1 (MQ=255) cccGCAGTGACATTGTTTCCGGTTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGcc < 2:3523600/150‑1 (MQ=255) ccGCAGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCg > 2:3357921/1‑150 (MQ=255) ccGCAGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCg > 1:5226273/1‑150 (MQ=255) 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tACGTTTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACACATCGTATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTGCTCCa < 1:2763839/150‑1 (MQ=255) tACGGTTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTAATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTGCTCCa < 2:4389462/150‑1 (MQ=255) | AAAACAGTAATGACAGAAACAGAATTATTCTCTTCATCAGCTTACGTTGAGTGGGATGCATATATAGTTCCTGAATCTGTAAGTCTGTTAGTTATAGGTTACTGTAAATGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTGCTCCAGA > NC_000913/151539‑151837 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |