| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 784,979 | G→T | 6.5% | I113I (ATC→ATA) | ybgS ← | putative periplasmic protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 784,979 | 0 | G | T | 6.5% | 1411.9 / 5.8 | 438 | I113I (ATC→ATA) | ybgS | putative periplasmic protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (172/220); new base T (44/2); total (216/222) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e-12 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 446 total aligned reads displayed.
TCATCCCTTAATTATTCTCACTTAACTTTATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGACTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGTTTTGGTATCGACATCATTATTGATGCCATCACCGGTTTGTACCTTTTTATTGATATCCGGACAGCGACCATCTTTGCACATGGTGTTCTTGTGCTCTTCATCTTTGGTCATTCCGTCATTGTTCATTGAAGAACCATCCGAATGCAGCATTGTGCCGCCAGAACCGGTATT > NC_000913/784830‑785128 | tCATCCCTTAATTATTCTCACTTAACTTTATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGACTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGTTTTGGTATCGACATCATTATTg < 2:4370390/150‑1 (MQ=255)tCATCCCTTAATTATTCTCACTTAACTTTATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGACTCCGCTCTCCCATGATTGGCTAGTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGTTTTGGGCTCGACATCATTATTg > 2:8666280/1‑150 (MQ=255) aTCCCTTAATTATTCTCACTTAACTTTCTGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGACTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGTTTTGGTATCGACATCATTATTGAt < 1:8136980/150‑1 (MQ=255) 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2:6314464/1‑150 (MQ=255) cGACATCATTATTGATGCCATCACCGGTTTGTACCTTTTTATTGATATCCGGACAGCGACCATCTTTGCACATGGTGTTCTTGTGCTCTTCATCTTTGGTCATTCCGTCATTGTTCATTGAAGAACCATCCGAATGCAGCATTGTgccgc < 1:1866646/150‑1 (MQ=255) cGACATCATTATTGATGCCATCACCGGTTTGTACCTTTTTATTGATATCCGGACAGCGACCATCTTTGCACATGGTGTTCTTGTGCTCTTCATCTTTGGTCATTCCGTCATTGTTCATTGAAGAACCATCCGAATGCAGCATTGTgccgc < 2:5616944/150‑1 (MQ=255) gACATCATTATTGATGCCATCACCGGTTTGTACCTTTTTATTGATATCCGGACAGCGACCATCTTTGCACATGGTGTTCTTGTGCTCTTCATCTTTGGTCATTCCGTCATTGTTCATTGAAGAACCATCCGAATGCAGCATTGTgccgcc > 2:3220501/1‑150 (MQ=255) aCATCATTATTGATGCCATCACCGGTTTGTACCTTTTTATTGATATCCGGACAGCGACCATCTTTGCACATGGTGTTCTTGTGCTCTTCATCTTTGGTCATTCCGTCATTGTTCATTGAAGAACCATCCGAATGCAGCATTGTGCCGCCa < 1:5450089/150‑1 (MQ=255) catcatTATTGATGCCATCACCGGTTTGTACCTTTTTATTGATATCCGGACAGCGACCATCTTTGCACATGGTGTTCTTGTGCTCTTCATCTTTGGTCATTCCGTCATTGTTCATTGAAGAACCATCCGAATGCAGCATTGTGCCGCCAg > 1:2310663/1‑150 (MQ=255) attattGATGCCATCACCGGTTTGTACCTTTTTATTGATATCCGGACAGCGACCATCTTTGCACATGGTGTTCTTGTGCTCTTCATCTTTGGTCATTCCGTCATTGTTCATTGAAGAACCATCCGAATGCAGCATTGTGCCGCCAGAAcc > 2:1318066/1‑150 (MQ=255) ttattGATGCCATCACCGGTTTGTACCTTTTTATTGATATCCGGACAGCGACCATCTTTGCACATGGTGTTCTTGTGCTCTTCATCTTTGGTCATTCCGTCATTGTTCATTGAAGAACCATCCGAATGCAGCATTGTGCCGCCAGAACCg < 2:7342557/150‑1 (MQ=255) ttattGATGCCATCACCGGTTTGTACCTTTTTATTGATATCCGGACAGCGACCATCTTTGCACATGGTGTTCTTGTGCTCTTCATCTTTGGTCATTCCGTCATTGTTCATTGAAGAACCATCCGAATGCAGCATTGTGCCGCCAGAACCg < 1:5802930/150‑1 (MQ=255) ttattGATGCCATCACCGGTTTGTACCTTTTTATTGATATCCGGACAGCGACCATCTTTGCACATGGTGTTCTTGTGCTCTTCATCTTTGGTCATTCCGTCATTGTTCATTGAAGAACCATCCGAATGCAGCATTGTGCCGCCAGAACCg < 2:5023690/150‑1 (MQ=255) attGATGCCATCACCGGTTTGTACCTTTTTATTGATATCCGGACAGCGACCATCTTTGCACATGGTGTTCTTGTGCTCTTCATCTTTGGTCATTCCGTCATTGTTCATTGAAGAACCATCCGAATGCAGCATTGTGCCGCCAGAACCGGt > 1:1613234/1‑150 (MQ=255) attGATGCCATCACCGGTTTGTACCTTTTTATTGATATCCGGACAGCGACCATCTTTGCACATGGTGTTCTTGTGCTCTTCATCTTTGGTCATTCCGTCATTGTTCATTGAAGAACCATCCGAATGCAGCATTGTGCCGCCAGAACCGGt < 1:302685/150‑1 (MQ=255) | TCATCCCTTAATTATTCTCACTTAACTTTATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGACTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGTTTTGGTATCGACATCATTATTGATGCCATCACCGGTTTGTACCTTTTTATTGATATCCGGACAGCGACCATCTTTGCACATGGTGTTCTTGTGCTCTTCATCTTTGGTCATTCCGTCATTGTTCATTGAAGAACCATCCGAATGCAGCATTGTGCCGCCAGAACCGGTATT > NC_000913/784830‑785128 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |