| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,287,149 | G→A | 5.1% | noncoding (88/171 nt) R10* (CGA→TGA) |
rttR ← tpr ← |
rtT sRNA, processed from tyrT transcript protamine‑like protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,287,149 | 0 | G | A | 5.1% | 900.2 / 26.7 | 318 | noncoding (88/171 nt) R10* (CGA→TGA) | rttR tpr | rtT sRNA, processed from tyrT transcript protamine‑like protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (145/151); new base A (9/7); total (158/160) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.16e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.55e-01 | |||||||||||
Only 100 of 327 total aligned reads displayed.
TTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCA‑TGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTC > NC_000913/1287001‑1287298 | ttCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGTCCTTTTGAAAGTGAGGTTGGTGGGGGACGGATTACTCAGCTATGCGCGCTTCGCCCTGCGGGTCGTAGCCTGCGGCCACGCTCTCTCGCTGGCGCTCgg > 2:1280939/1‑149 (MQ=14) ggCAGAATATTTGCTTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGTCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTg < 2:3874570/150‑1 (MQ=255) ggCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGTCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTg < 2:7273398/150‑1 (MQ=255) ggCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTg < 2:7869790/150‑1 (MQ=255) ggCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTg < 1:7674619/150‑1 (MQ=255) ggCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGGGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTGCGCCCTTCGGGTCGTTGCCAGCCGCCACGCTCTCTCGCGGGCGCGCGAGGCGACCCGTg > 2:3142170/1‑150 (MQ=14) cAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAAAGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTAGAACCATGGt > 1:6395950/1‑150 (MQ=255) cAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCAGCGGCAACCCACTCTCGCTGGCGCTCGATTCGAACCGTGGt > 2:1666999/1‑150 (MQ=14) atTTGATTTCGGATTCGCGTGAGAGTTAAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGc < 1:5373288/150‑1 (MQ=255) tGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGTCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTtc < 2:2322288/150‑1 (MQ=255) gATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTtct < 1:8000680/150‑1 (MQ=255) tGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCGCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCAt > 2:5633579/1‑150 (MQ=255) gCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCCACCCTCTCTAGCTGGCGCTCGGGTCGAACCGTGGTCGGAGCGTCTCAta > 2:8018391/1‑149 (MQ=14) 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gggACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCATCCCCGCA‑TGGGCCGAata > 2:6291899/1‑150 (MQ=255) gcTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCA‑TGGGCAGAATAttt < 1:2459860/149‑1 (MQ=25) tttGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTTCCAGCGGCAACGATCTCTCGCTTTCGCTCGAATCGAACCGTGGTCGAAGCTTCTCAACCATCCCCGCAGTGGGC‑GAAAATTTCAt > 2:2702020/1‑150 (MQ=11) ttGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCATTGTCGAAGCTTCTCAAACTTACCCCCA‑TGGGCAGAATATTTAAtt > 2:1565481/1‑150 (MQ=11) ttGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCGGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGGTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCA‑TGGGCAGAATATTTAAtt < 1:859695/150‑1 (MQ=255) 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tcGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCA‑TGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGc < 1:2780433/150‑1 (MQ=255) gCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCA‑TGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGAATCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAg < 1:7933779/150‑1 (MQ=255) gCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCA‑TGGGCAGAATATTTaa > 2:5994744/1‑65 (MQ=18) gCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCA‑TGGGCAGAATATTTaa < 1:5994744/65‑1 (MQ=18) tGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCA‑TGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGAt < 1:2988348/150‑1 (MQ=255) tGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCT‑TGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAgg > 2:3207028/1‑88 (MQ=11) cgcTCGAGTAGATCATCGGTCGAAGCTTCTCATCCTCCCCCGAA‑TGGGCAGTATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTa < 2:5780015/150‑1 (MQ=21) gcTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCA‑TGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTAc < 1:1040635/150‑1 (MQ=255) gcTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCA‑TGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGtt > 2:7931048/1‑72 (MQ=21) gcTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCA‑TGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTg < 1:19938/73‑1 (MQ=25) gcTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCA‑TGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTg > 2:19938/1‑73 (MQ=25) cTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCA‑TGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACa < 1:3849520/150‑1 (MQ=255) tCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCA‑TGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAg > 2:7204866/1‑150 (MQ=255) tCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCA‑TGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAg > 2:3516563/1‑150 (MQ=255) gAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCA‑TGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTc > 1:6552588/1‑150 (MQ=255) gAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTATCATCCTTACCCGCA‑TGGGCAGAATATTTAATTTAGGATTAGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTAAAGTc > 1:3433245/1‑150 (MQ=21) | TTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCA‑TGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTC > NC_000913/1287001‑1287298 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |