| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 2,481,750 | C→A | 5.9% | A143S (GCT→TCT) | emrY ← | putative multidrug efflux system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 2,481,750 | 0 | C | A | 5.9% | 1801.3 / 19.3 | 525 | A143S (GCT→TCT) | emrY | putative multidrug efflux system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (258/220); new base A (2/45); total (260/265) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.66e-12 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 534 total aligned reads displayed.
TAAGGTTAAGCATAATGTCAGGACGATAATCCCCATAGGGACATTGATTAAAAATATCCAACCCCAGCTAAAGTTATCACAAATATAACCGCCCAATATCGGCCCACATATCGGAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGAAA > NC_000913/2481601‑2481899 | taagGTTAAGCAAAATGTCAGGACGATAATCCCCATAGGGACAATGAATAAAAATATCCAACCCCACCTAAACTTATCACAAATATAACCGCCCAATATCGGCCCACATATCGGAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCAGAGc < 2:369669/150‑1 (MQ=255) agGTTAAGCATAATGTCAGGACGATAATCCCCATAGGGACATTGATTAAAAATATCCAACCCCAGCTAAAGTTATCACAAATATAACCGCCCAATATCGGCCCACATATCGGAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCAGAGCaa < 2:4857968/150‑1 (MQ=255) aaGCATAATGTCAGGACGATAATCCCCATAGGGACATTGATTAAAAATATCCAACCCCAGCTAAAGTTATCACAAATATAACCGCCCAATATCGGCCCACATATCGGAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCAGAGCAAATGtt < 2:5681818/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |