| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,959,462 | T→A | 6.2% | intergenic (+17/+70) | ilvC → / ← ppiC | ketol‑acid reductoisomerase, NAD(P)‑binding/peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase C (rotamase C) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,959,462 | 0 | T | A | 6.2% | 1148.9 / 7.8 | 395 | intergenic (+17/+70) | ilvC/ppiC | ketol‑acid reductoisomerase, NAD(P)‑binding/peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase C (rotamase C) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (83/252); new base A (31/2); total (140/255) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.08e-15 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 403 total aligned reads displayed.
TCCGGAAGGCGCGGTAGATAACGGGCAACTGCGTGATGTGAACGAAGCGATTCGCAGCCATGCGATTGAGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAGCGGGCCGGTCGGCTCCAGTACCGGACAAG > NC_000913/3959313‑3959611 | tCCGGAAGGCGCGGTAGATAACGGGCAACTGCGTGATGTGAACGAAGCGATTCGCAGCCATGCGATTGAGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCt < 2:7581740/150‑1 (MQ=255) cGGAAGGCGCGGTAGATAACGGGCAACTGCGTGATGTGAACGAAGCGATTCGCAGCCATGCGATTGAGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCcaca > 2:4707106/1‑150 (MQ=255) aaGGCGCGGTAGATAACGGGCAACTGCGTGATGTGAACGAAGCGATTCGCAGCCATGCGATTGAGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCAccc < 2:5918065/150‑1 (MQ=255) 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cGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAGCGGGc < 2:5090213/150‑1 (MQ=255) cGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCGCAACCCCACCCACCACCCCACGGAGCGGGAGAAAACACACAAAGCCATCTCCGGGAGAAGGCCGTGCTATTAGTTTCGGGAAACCACCCTAATGATTTGATATACCAACACGGTGTGCAGCGGGc > 2:8169192/1‑150 (MQ=255) ggTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCCACCCTCACCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACACAAGGCCTTCTACTGGATAAGGCCGTGCTATTAGTTGCGGTACACCACCTTAATTATGTGATATACGAACTGGGTGTTCAGCGGGCCg > 2:7818319/1‑150 (MQ=37) ggTTAAGTGCGCGCTGATGCCCACACCCCCACCCACAACCACAGGGCGAGGGAGAAAACACAAAAGGCCTTCACCAGGGGAAGGCCTTGCGATTAGTTGCGGTACAGCACCAAAAAGATGTGATAAACCAACAGGGTGTTCCCCGGGCCg > 2:426339/1‑150 (MQ=255) tAAGTGCGCGCTGATGCCCGCAACCCGAACCACTACCCCAGGGAGAGGGAGAAAAAAAGCAACGCCATATCCTGGAGAAGGCCGTGCTATTATTTGCGGTAAAGCACCTTAATGATGTGTTATACGAACAGGGTGTGCAGCCGGCCCGTc > 2:4909828/1‑150 (MQ=255) 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cTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAGCGGGCCGGTCGGCTCCAGTACCGGACaa > 2:2888659/1‑150 (MQ=255) | TCCGGAAGGCGCGGTAGATAACGGGCAACTGCGTGATGTGAACGAAGCGATTCGCAGCCATGCGATTGAGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAGCGGGCCGGTCGGCTCCAGTACCGGACAAG > NC_000913/3959313‑3959611 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |