| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,959,526 | T→G | 6.8% | intergenic (+81/+6) | ilvC → / ← ppiC | ketol‑acid reductoisomerase, NAD(P)‑binding/peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase C (rotamase C) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,959,526 | 0 | T | G | 6.8% | 1262.6 / 2.6 | 401 | intergenic (+81/+6) | ilvC/ppiC | ketol‑acid reductoisomerase, NAD(P)‑binding/peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase C (rotamase C) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (169/183); new base G (38/3); total (215/186) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.75e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 412 total aligned reads displayed.
ATTGAGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAGCGGGCCGGTCGGCTCCAGTACCGGACAAGAGAAAACCACTTTATCGAACGCCGGAACCATCTGACCCTGGCGGAATTCACCTAAATCACCGCC > NC_000913/3959377‑3959675 | ttGAGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCtt < 2:3614659/150‑1 (MQ=255) gAGCAGGTAGGTAAGACACTGCGCGGCTATATTACAGATATTAACCGTATTTCTTTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGACTTATCCTGTAGAAGGCGTTGc < 2:5008880/150‑1 (MQ=37) gAGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCACACCCCCAGGGAGAGGGAGAAAAAACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAACGCCGTGc > 2:1024831/1‑150 (MQ=39) 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atGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAatgatg < 1:5525713/150‑1 (MQ=255) tGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGAGGCCCACAACCCCACCCACTCCCCCAGGGAGAGGGAGAAAACACACAACGCCGAATCCAGGAGAAGGGCTTGCTAATAATTTCGGTAAAGCACCATaaatatgg > 2:6731432/1‑144 (MQ=255) aCAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGa < 2:4270494/150‑1 (MQ=255) cAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCACACCCCCCCCCACAACCACCGGGGGGGGGAGAAAACACACAAGGCCGTCTCCGGGTGAAGGCCGGGCGATTAGTTTCGGTACAGCACCATAATGTtgtggt > 2:8105113/1‑148 (MQ=255) aGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGAGGCCCACACCCCCAACCAAAACCACAGGGCGAGGGGGAAAACAAACAAGGCCATCACCTGGAGAAGGCCATTCTAATAGTTGCGGTAAAGCACCATAATGATTTGata > 2:6017038/1‑150 (MQ=255) 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cTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAGCGGGCCGGTCGGCTCCAGTACCGGACAAGAGAAAACCACTTTATCGAACGCCGGAACCATCTGACCCTGGCGGAATTCACCTAAATCAccgc > 1:3088625/1‑150 (MQ=255) | ATTGAGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAGCGGGCCGGTCGGCTCCAGTACCGGACAAGAGAAAACCACTTTATCGAACGCCGGAACCATCTGACCCTGGCGGAATTCACCTAAATCACCGCC > NC_000913/3959377‑3959675 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |