| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,086,965 | G→T | 7.0% | intergenic (+116/‑37) | fdhD → / → yiiG | formate dehydrogenase formation protein/DUF3829 family lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,086,965 | 0 | G | T | 7.0% | 1251.8 / 10.9 | 388 | intergenic (+116/‑37) | fdhD/yiiG | formate dehydrogenase formation protein/DUF3829 family lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (142/205); new base T (38/3); total (180/208) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.44e-11 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 391 total aligned reads displayed.
GTTTATACCCATCCGCAGCGTTTGAGCAATTAATTAAAATAAGTCCTGCGAAATATATTAAATTGCAGGACTTATTCATTTCGTGAATTTTATTATTTTATTTATAAACAAAATGCGTGTAGTGGCGTTTTCTTTTTTCATTTATTATGTTCACTCTCTTATCTATATATTTATAAGGCAATTAAATGAAAAGGAATTTATTATCTTCCGCTATTATAGTCGCCATCATGTCCCTCGGTCTGACGGGTTGTGATGATAAAAAAGCCGAAACAGAAACGCTCCCGCCTGCCAATAGTCA > NC_000913/4086817‑4087114 | ataCCCATCCGCAGCGATTGAGCAATTAAATAAAATAAGTCCTGCCAAATATAATAAATTGCAGGACTTATTCATTTCGTGAATTTTATTATTTTATTTATAAACAAAATGCGTGTAGTGGCGTTTTCTTTTTTCATTTATTATGTTCAc < 1:602616/150‑1 (MQ=255) taCCCATCCGCAGCGTTTGAGCAATTAATTAAAATAAGTCCTGCGAAATATATTAAATTGCAGGACTTATTCATTTCGTGAATTTTATTATTTTATTTATAAACAAAATGCGTGTAGTGGCGTTTTCTTTTTTCATTTATTATGTTCAct < 1:3347901/150‑1 (MQ=255) ccATCCGCAGCGTTTGAGCAATTACTTAAAATAAGTCCTGCGAAATATATTACATTGCAGGACTTATTCATTTCGTGAATTTTATTATTTTATTTATAAACAAAATGCGTGTAGTGGCGTTTTCTTTTTTCATTTATTATGTTCActctc < 1:4801595/150‑1 (MQ=255) ccATCCGCAGCGTTTGAGCAATTAATTAAAATAAGTCCTGCGAAATATATTAAATTGCAGGACTTATTCATTTCGTGAATTTTATTATTTTATTTATAAACAAAATGCGTGTAGTGGCGTTTTCTTTTTTCATTTTTTATGTTAActctc > 1:1891690/1‑150 (MQ=255) ccATCCGCAGCGTTTGAGCAATTAATTAAAATAAGTCCTGCGAAATATATTAAATTGCAGGACTTATTCATTTCGTGAATTTTATTATTTTATTTATAAACAAAATGCGTGTAGTGGCGTTTTCTTTTTTCATTTATTATGTTCActctg > 2:7693488/1‑149 (MQ=255) ccATCCGCAGCGTTTGAGCAATTAATTAAAATAAGTCCTGCGAAATATATTAAATTGCAGGACTTATTCATTTCGTGAATTTTATTATTTTATTTATAAACAAAATGCGTGTAGTGGCGTTTTCTTTTTTCATTTATTATGTTCActctc < 2:3711881/150‑1 (MQ=255) ccATCCGCAGCGTTTGAGCAATTAATTAAAATAAGTCCTGCGAAATATATTAAATTGCAGGACTTATTCATTTCGTGAATTTTATTATTTTATTTATAAACAAAATGCGTGTAGTGGCGTTTTATTTTTTCATTTATTATGTTAActctc > 1:1811961/1‑150 (MQ=255) ccATCCGCAGCGTTTGAGCAATTAATTAAAATAAGTCCTGCGAAATATATTAAATTGCAGGACTTATTCATTTCGTGAATTTTATTATTTTATTTATAAACAAAATGCGTGTAGTGGCGTTTTATTTTTTAATTTATTAttttaaatata > 1:1634184/1‑143 (MQ=255) cATCCGCAGCGTTTGAGCAATTAATTAAAATAAGTCCTGCGAAATATATTAAATTGCAGGACTTATTCATTTCGTGAATTTTATTATTTTATTTATAAACAAAATGCGTGTAGTGGCGTTTTATTTTTTAATTTATTATGTTAActctat > 2:1718176/1‑148 (MQ=255) cGCAGCGTTTGAGCTATTAATTAAAATAAGTCCTGCGAAATATATTAAATTGCAGGACTTATTCATTTCGTGAATTTTATTATTTTATTTATAAACAAAATGCGTGTAGTGGCGTTTTCTTTTTTCATTTATTATGTTCACTCTCTTATc < 1:298772/150‑1 (MQ=255) cGCAGCGTTTGAGCACTTAATTAAAATAAGTCCTGCGAAATATATTAAATTGCAGGACTTATTCATTTCGTGAATTTTATTATTTTATTTATAAACAAAATGCGTGTAGTGGCGTTTTCTTTTTTCATTTATTATGTTCACTCTCTTATc < 1:7578613/150‑1 (MQ=255) gCAGCGTTTGAGCAATTAATTAAAATAAGTCCTGCGAAATATATTAAATTGCAGGACTTATTCATTTCGTGAATTTTATTATTTTATTTATAAACAAAATGCGTGTAGTGGCGTTTTCTTTTTTCATTTATTATGTTCACTCTCTTATCt < 2:5262535/150‑1 (MQ=255) aGCGTTTGAGCAATTAATTAAAATAAGTCCTGCGAAATATATTAAATTGCAGGACTTATTCATTTCGTGAATTTTATTATTTTATTTATAAACAAAATGCGTGTAGTGGCGTTTTCTTTTTTCATTTATTATGTTCACTCTCTTATCtat < 2:4378089/150‑1 (MQ=255) 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GTTTATACCCATCCGCAGCGTTTGAGCAATTAATTAAAATAAGTCCTGCGAAATATATTAAATTGCAGGACTTATTCATTTCGTGAATTTTATTATTTTATTTATAAACAAAATGCGTGTAGTGGCGTTTTCTTTTTTCATTTATTATGTTCACTCTCTTATCTATATATTTATAAGGCAATTAAATGAAAAGGAATTTATTATCTTCCGCTATTATAGTCGCCATCATGTCCCTCGGTCTGACGGGTTGTGATGATAAAAAAGCCGAAACAGAAACGCTCCCGCCTGCCAATAGTCA > NC_000913/4086817‑4087114 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |